택시회사가 받은 부가세 감면액을 운수종사자 복지에 쓰지 않아 추징된 사건

일반택시 운송사업자인 한일산업운수 주식회사가 운수종사자 처우 개선 및 복지 향상 목적으로 받은 부가가치세 감면액을 실제 사용한 방식이 적법한지 다툰 사건입니다. 회사는 노동조합과의 합의에 따라 감면액을 운수종사자에게 추가 임금 및 회식비 등으로 사용했다고 주장했지만, 금천세무서장은 일부 금액이 법정 사용 기한 내에 사용되지 않았거나 노사 합의만으로 실제 사용된 것으로 볼 수 없다며 추징 처분을 내렸습니다. 원심 법원은 회사의 손을 들어주었으나, 대법원은 노사 합의로 '지급된 것으로 본다'는 규정만으로는 실제 사용으로 인정하기 어렵고, 새로운 단체협약이 이전 협약의 효력을 대체할 수 있다는 법리를 들어 원심 판결을 파기하고 사건을 환송했습니다.

관련 당사자

• 한일산업운수 주식회사 (원고, 피상고인): 일반택시 운송사업자로서 조세특례제한법에 따라 부가가치세를 감면받았으며, 이 감면액의 사용 문제로 세무 당국의 추징 처분을 받은 회사입니다.
• 금천세무서장 (피고, 상고인): 한일산업운수 주식회사가 부가가치세 감면액을 법률의 취지에 맞게 사용하지 않았다고 판단하여 추징 처분을 내린 세무 당국입니다.
• 한일산업운수 주식회사 노동조합 및 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합: 일반택시 운수종사자들의 이익을 대변하며 회사와 부가가치세 감면액 사용 방식에 대해 합의한 당사자들입니다.

분쟁 상황

일반택시 운송사업자인 한일산업운수 주식회사는 2007년 11월 1일 노동조합과 2008년 12월 31일까지의 부가가치세 감면액에 대해 운수종사자 1인당 월 5만 원을 기존 임금에 추가 지급하고, 회식비 명목으로 5백만 원을 지급하기로 합의했습니다. 2008년 6월 20일에는 추가 합의를 통해 2007년 1월부터 2008년 12월까지의 감면액 2년분을 2007년 11월부터 2009년 3월까지 17개월에 걸쳐 1인당 월 5만 원씩 지급하고, 차액은 '제 간접비용·조합원 후생복리기금·임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다'고 정했습니다. 회사는 이에 따라 운수종사자들에게 월 5만 원씩을 지급했지만, 금천세무서장은 2007년 제1기 예정분 감면세액 26,241,560원 전액과 제1기 확정분 감면세액 24,594,530원 중 4,340,650원, 제2기 예정분 감면세액 25,558,630원 중 9,466,150원을 목적대로 사용하지 않은 것으로 보고, 총 40,286,710원(가산세 포함)과 12,256,770원(가산세 포함)을 추징하는 처분을 내렸습니다. 이에 회사는 이 처분이 부당하다며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

1. 일반택시 운송사업자가 부가가치세 감면액을 운수종사자의 처우 개선 및 복지 향상을 위해 '사용'했다고 볼 수 있는 범위는 어디까지이며, 특히 노사 합의에 따라 '지급된 것으로 본다'고 정한 금액이 실제 사용으로 인정될 수 있는가?
2. 새로운 단체협약이나 임금협정이 체결될 때, 이전 단체협약(특히 부가가치세 감면액을 임금 인상분에 포함하여 계산하기로 한 내용)의 효력이 언제까지 유지되는가?

법원의 판단

대법원은 원심 판결을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 대법원은 노사 간 합의가 있더라도 '실제로는 지급하지 않은 채 합의에 따라 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 감면액 상당액'은 운수종사자의 처우 개선이나 복지 향상에 사용된 것으로 볼 수 없어 추징 대상에 해당한다고 판단했습니다. 또한, 새로운 단체협약이 체결되면 이전 단체협약 중 개별적인 노동 조건에 관한 부분의 효력이 그대로 미친다고 단정하기 어렵다고 보았습니다. 이에 따라 원심 법원이 부가가치세 감면액의 사용 범위에 대한 법리를 오해했거나 새로운 단체협약의 효력에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미쳤다고 판단했습니다.

결론

원심 법원(서울고등법원)은 대법원의 판단에 따라, 한일산업운수 주식회사가 운수종사자 처우 개선 및 복지 향상을 위해 실제로 사용한 부가가치세 감면액을 재산정하고 추징 여부 및 금액을 다시 판단해야 합니다.

연관 법령 및 법리

1. 구 조세특례제한법 (2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제106조의4 (택시운송사업자에 대한 부가가치세 경감)​: 이 조항은 일반택시 운송사업자에게 부가가치세 납부세액의 50%를 2008년 12월 31일까지 경감하도록 규정합니다. 이 제도는 운수종사자의 열악한 처우를 개선하고 복지를 향상하기 위한 것으로, 경감된 세액은 이러한 목적으로만 사용되어야 합니다. 과거 이 제도가 본래 취지와 달리 사용되어 노사 분규를 유발하자, 법 개정을 통해 사용 목적과 미사용 시 추징 조항이 강화되었습니다.
2. 조세특례제한법 제106조의4 제2항 (경감세액의 사용 목적)​: 경감세액은 건설교통부장관(현 국토교통부장관)이 정하는 바에 따라 '일반택시 운수종사자의 처우 개선 및 복지 향상'에 사용해야 합니다. 관련 지침인 「택시 부가가치세 경감세액 사용지침」은 경감세액을 원칙적으로 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금 지급하고, 사업자가 부가가치세 감면 이전부터 부담해왔던 부분에 사용하는 것을 금지합니다.
3. 조세특례제한법 제106조의4 제3항 (미사용 시 추징)​: 운송사업자가 경감된 세액을 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 제2항의 목적에 따라 사용하지 않았음이 확인되면, 미사용 경감세액 상당액, 이자 상당액, 그리고 가산세(미사용 경감세액 상당액의 100분의 20)를 합산하여 추징하도록 명시하고 있습니다.
4. 새로운 단체협약의 효력에 대한 법리: 단체협약이 만료되더라도 임금과 같은 개별적인 근로조건은 근로계약의 내용으로 남아있을 수 있습니다. 그러나 이를 변경하는 새로운 단체협약이 체결될 경우, 이전 협약의 해당 부분은 더 이상 개별 근로계약의 내용으로 유지되지 않습니다. 따라서 특정 내용이 이전 협약에 있었다고 해서 새로운 협약에 명시되지 않아도 그 효력이 계속된다고 보기는 어렵습니다.

참고 사항

1. 실질적인 사용 증빙의 중요성: 부가가치세 감면액은 법률에서 정한 목적, 즉 운수종사자의 처우 개선 및 복지 향상에 '실질적으로' 사용되었음을 증명해야 합니다. 단순히 노사 합의로 '지급된 것으로 간주'하거나 '임금 등에 포함되었다'고 포괄적으로 정하는 것만으로는 세무 당국의 추징을 피하기 어려울 수 있습니다.
2. 사용 기한 준수: 감면세액은 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 목적대로 사용해야 합니다. 기한을 넘겨 사용된 금액에 대해서는 추징 대상이 될 수 있으므로, 노사 협의를 통해 사용 계획을 조속히 확정하고 이행하는 것이 중요합니다.
3. 명확한 사용처 및 금액: 감면세액을 운수종사자에게 현금으로 직접 지급하는 것이 가장 명확한 사용 방법으로 권장됩니다. 만약 회식비, 복지 기금 등으로 사용하는 경우에는 구체적인 사용 내역과 금액을 명확히 기록하고 증빙을 갖추어야 합니다. 특히, 기존에 사업자가 부담해왔던 비용에 충당하는 것은 법에서 금지됩니다.
4. 단체협약 및 임금협정의 최신화: 새로운 단체협약이나 임금협정을 체결할 때, 이전 협약에 포함되었던 부가가치세 감면액 관련 조항이 새로운 협약에서 어떻게 적용되거나 변경되는지를 명확하게 명시해야 합니다. 이전 협약의 내용이 무조건적으로 다음 협약에도 이어진다고 단정할 수 없으므로, 매 협약 시 구체적으로 재논의하고 명문화하는 것이 분쟁 예방에 도움이 됩니다.