비영리 조합의 토지 지상권 설정 사용료 과세 적법 판결

비영리 조합인 A조합이 자신의 소유 토지에 태양광 발전설비를 설치할 목적으로 주식회사 I에 존속기간 15년의 지상권을 설정해주고 연간 1억 5천만 원의 사용료를 받았습니다. 제주세무서장은 이 지상권 설정 대가를 수익사업으로 보아 2018년 3월 2일 A조합에 부가가치세 및 법인세를 부과했습니다. A조합은 지상권 설정 행위가 법인세법상 수익사업인 ‘부동산 임대업’에 해당하지 않아 과세 대상이 아니라고 주장하며 세금 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 하지만 1심과 2심 법원 모두 지상권 설정 행위를 한국표준산업분류상 ‘기타 부동산 임대업’에 포함되는 수익사업으로 판단하여 A조합의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• A조합: 태양광 발전설비 설치를 위해 토지에 지상권을 설정해주고 사용료를 받은 비영리 조합이자 이번 사건의 원고(항소인)
• 제주세무서장: A조합에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 기관이자 이번 사건의 피고(피항소인)

분쟁 상황

A조합은 태양광 발전설비 설치를 위해 소유 토지에 지상권을 설정해주고 사용료를 받았습니다. 제주세무서장은 이 사용료에 대해 부가가치세와 법인세를 부과했으나, A조합은 자신들이 비영리내국법인으로서 지상권 설정이 수익사업에 해당하지 않으므로 세금을 낼 의무가 없다고 주장하며 세금 부과 취소 소송을 제기했습니다. A조합은 지상권 설정이 한국표준산업분류상 부동산 임대업이 아니라고 보았습니다.

핵심 쟁점

비영리내국법인이 토지에 지상권을 설정해주고 받은 대가가 법인세법상 수익사업인 ‘부동산 임대업’에 해당하는지 여부와 이로 인해 발생한 소득이 부가가치세 및 법인세 과세 대상인지 여부가 쟁점이었습니다. 특히, 한국표준산업분류상 ‘지상권 설정 행위’를 ‘기타 부동산 임대업’으로 볼 수 있는지가 핵심 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 원고 A조합의 항소를 모두 기각하고, 항소 비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 제주세무서장이 A조합에 부과한 부가가치세 및 법인세 부과처분은 정당하다고 판단했습니다.

결론

비영리내국법인이라 하더라도 토지에 대한 지상권 설정 행위는 한국표준산업분류상의 '기타 부동산 임대업'에 해당하여 법인세법상 수익사업으로 보아야 하며, 그로 인한 소득은 법인세 및 부가가치세 과세 대상이 됩니다. 법원은 지상권 설정 대가를 받고 토지 사용권을 제공하는 행위가 토지를 임대하고 임대료를 받는 행위와 유사하다고 보아 과세처분이 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

구 법인세법 제3조 제1항 제1호 및 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령 제2조 제1항에 따르면 비영리내국법인은 수익사업에서 생기는 소득에 대해서만 법인세를 납부할 의무가 있습니다. 이때 수익사업의 범위는 한국표준산업분류를 기준으로 하는데, 한국표준산업분류는 생산 활동의 유사성에 따라 체계화된 것으로 조세 관련 법령에서도 업종 분류 기준으로 널리 준용됩니다. 법원은 한국표준산업분류상 ‘기타 부동산 임대업(68119)’이 ‘부동산과 관련한 권리를 임대하는 산업활동’을 포함하며, ‘토지를 임대하고 임대료를 받는 행위’와 ‘지상권을 설정하여 주고 그 대가를 받는 행위’는 ‘자신 또는 자신이 권리를 가지고 있는 토지를 타인에게 사용하게 하고 그에 대한 대가를 받는 행위’로서 산업활동의 유사성이 크다고 판단했습니다. 따라서 지상권 설정 행위 역시 한국표준산업분류상 부동산 임대업에 해당하므로, 그로 인한 소득은 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 것으로 보아 법인세 과세 대상이 됩니다. 또한, 부가가치세법 시행령 제4조 제1항에 따라 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분도 한국표준산업분류에 따르므로, 지상권 설정은 부가가치세 과세 대상에도 해당합니다.

참고 사항

비영리법인이라 할지라도 수익사업으로 분류되는 활동을 통해 얻은 소득에 대해서는 법인세를 납부할 의무가 있습니다. 토지를 타인에게 사용하게 하고 그 대가를 받는 행위, 즉 토지 임대와 유사하게 지상권을 설정해주고 사용료를 받는 행위는 한국표준산업분류상 ‘기타 부동산 임대업’으로 분류될 수 있습니다. 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 특별한 규정이 없는 한 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따릅니다. 따라서 비영리법인도 새로운 사업 활동을 시작할 때는 해당 활동이 한국표준산업분류상 어떤 업종으로 분류되는지 확인하여 세금 부과 여부를 미리 검토하는 것이 중요합니다. 어떤 소득이 소득세법상 기타소득에 해당하더라도, 그 자체로 부가가치세의 과세 대상이 아니라고 단정할 수는 없으므로 각 세목별 과세 요건을 별도로 검토해야 합니다.