세금 · 행정
황칠나무를 원료로 건강보조식품을 생산하는 농업회사법인이 법인세 감면을 신청하였으나, 세무서가 감면액 산정 시 특구 밖 경작지 등 사업용 자산의 가액을 투자누계액에서 제외하여 감면을 거부하자, 법원이 이는 법문의 축소해석으로 위법하다고 판단하여 세무서의 거부처분을 취소한 사건입니다.
농업회사법인 주식회사 A는 2013년 설립되어 황칠나무를 원료로 한 건강보조식품 사업을 영위했습니다. 이 사업의 생산 과정은 제주 지역에 있는 경작지 7필지에서 재배된 황칠나무를 원재료로 하여 외부 공장에서 주문자 생산 방식으로 이루어졌습니다. 원고는 구 조세특례제한법 제121조의8에 따라 법인세를 감면받아 신고했으나, 2016년 제주세무서장의 안내로 감면을 적용하지 않은 세액으로 수정 신고 및 납부했습니다. 이후 원고는 과학기술정보통신부와 농림축산식품부로부터 해당 사업이 생명공학 및 농생명산업 기술개발사업에 해당한다는 회신을 받고, 2018년 5월 감액경정청구를 했습니다. 원고는 2014년 법인세 223,623,184원, 2015년 법인세 409,609,924원을 환급받아야 한다고 주장했습니다. 피고는 이 경정청구에 대해 사업소득 법인세 감면을 인정하면서도, 감면 한도액(투자누계액의 50%)을 산정할 때 B단지 내 자산만 투자누계액에 포함하고, B단지 밖 경작지 및 수목 등은 제외하여 일부 금액(2014년 17,545,550원, 2015년 37,604,400원)만 감액 경정하고 나머지는 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되자, 법원에 행정소송을 제기했습니다.
조세특례제한법상 법인세 감면 한도액 산정 시, '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산'의 범위에 지정된 특구(B단지) 밖에 소재하는 경작지 및 그 위에 식재된 수목 등의 취득가액이 포함되는지 여부입니다. 특히 세무서가 해당 자산을 특구 내 자산으로 한정하여 해석한 것이 타당한지가 쟁점이었습니다.
법원은 피고(제주세무서장)가 원고에게 한 2014년 및 2015년 귀속 법인세 부과처분의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다고 판결했습니다.
법원은 세무서가 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호의 '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산'이라는 법문을 근거 없이 'B단지 안에서 취득한 사업용 유형자산'으로 축소 해석하여 이 사건 경작지 등의 취득가액을 투자누계액에서 제외한 것은 위법하다고 판단했습니다. 따라서 원고의 청구를 인용하여 세무서의 법인세 감면 거부 처분을 취소했습니다.
이 사건은 주로 '조세법률주의' 원칙과 '조세특례제한법'의 해석에 중점을 둡니다.
1. 조세법률주의 원칙 (대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 인용) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다. 특히 감면 요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하지만, 이는 법문의 의미를 넘어서는 자의적인 축소 해석까지 허용한다는 의미는 아닙니다.
2. 구 조세특례제한법 (2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제121조의8 (제주투자진흥지구 등에 대한 법인세 등의 감면) 이 조항은 제주투자진흥지구 등 특정 지역의 활성화를 지원하기 위한 목적으로 해당 지역에 입주한 기업에 대해 법인세 등을 감면해주는 규정입니다.
3. 구 조세특례제한법 제121조의8 제2항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제8조의3 제1호 (감면 한도액 산정 기준) 법인세 감면액에는 한도가 있는데, 이는 '투자누계액'의 50%에 해당합니다. 구 시행령 제116조의14 제2항은 '투자누계액'을 '사업용 자산에 대한 투자 합계액'으로, 구 시행규칙 제8조의3은 다시 '사업용 자산'을 '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산' 등으로 한정했습니다.
이 사건의 핵심은 이 '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산'에 특구 밖 자산도 포함될 수 있는지였습니다. 법원은 법문의 문언 자체에서 장소적 요건이 도출되지 않으며, 특구 밖 자산도 특구 내 사업장에서 발생하는 소득에 충분히 기여할 수 있다고 보았습니다. 특히 식품 원료가 되는 수목과 경작지는 소득 발생에 상당한 관련이 있으므로, 단지 특구 밖에 있다는 이유로 그 가액을 감면액에서 제외할 논리적 근거가 없다고 판단했습니다.
또한, 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호가 2020. 3. 13. 개정되어 '해당 특구 등에 소재하거나 해당 특구 등에서 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산'으로 장소적 요건이 명시적으로 추가된 점은, 개정 전 법문으로는 장소적 요건이 도출될 수 없었기 때문에 개정된 것으로 해석하는 것이 타당하다고 보았습니다.
세법 조항 해석 시 문언의 의미를 합리적 이유 없이 확장하거나 축소해서는 안 되며, 특히 감면 규정이라고 해서 무조건 엄격하게 해석하여 특혜를 줄여야 하는 것은 아니라는 점을 인지해야 합니다. 이 사건처럼 법인세 감면 한도액 산정 시 '사업용 유형자산'의 범위에 대해 다툼이 있다면, 해당 자산이 특구 외부에 있더라도 해당 사업의 소득 발생에 기여하는 정도와 그 중요성을 입증하는 것이 중요합니다. 세법 조항이 개정되어 장소적 요건이 추가되었다면, 개정 전에는 해당 요건이 없었음을 역으로 증명하는 근거로 활용될 수 있습니다. 법령 개정의 취지를 잘 살펴 개정 전 법령에 대한 해석에 활용하는 것이 필요합니다.
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