세금 · 행정
이 사건은 원고인 B 주식회사가 C고속도로의 건설 및 운영을 목적으로 설립된 법인으로, 국가에 도로를 기부채납하고 30년간 도로의 관리운영권을 갖는 방식으로 사업을 진행하였습니다. 원고는 자금재조달 과정에서 출자사 및 은행과 대출약정을 체결하고, 이후 세무조사에서 후순위차입금에 대한 지급이자를 손금산입한 것이 부당하다는 이유로 손금불산입 처분을 받았습니다. 또한, 원고가 도로에 설치한 교통관리 및 통행료 징수 시스템 등을 대체하면서 발생한 비용을 감가상각한 것도 문제가 되었습니다. 원고는 이 처분이 부당하다며 소송을 제기하였고, 피고인 국세청은 처분이 정당하다고 주장하였습니다.
판사는 원고가 후순위차입금에 대해 지급한 이자율이 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라 보기 어렵다고 판단하여, 이에 대한 손금산입을 부당행위계산으로 볼 수 없다고 결론지었습니다. 또한, 원고가 도로 시스템을 대체하면서 발생한 비용을 감가상각한 것은 자본적 지출로 보기 어렵고, 피고가 적용한 재계산 방법이 적법하지 않다고 판단하였습니다. 따라서 원고의 청구를 인용하여, 원고에 대한 세무조사 결과로 부과된 법인세 경정·고지 처분 중 후순위차입금의 지급이자 손금불산입 부분과 도로 시스템 대체비용의 감가상각비 손금불산입 부분을 모두 취소하였습니다.
