세금 · 행정
봉제완구 도소매업을 하는 A 주식회사는 대표이사 B로부터 B 명의로 등록된 특허권을 7억 1,400만 원에 양수하는 계약을 체결했습니다. A 주식회사는 이 특허권을 무형자산으로 처리하고 감가상각비를 법인세 손금에 산입하여 신고 납부했습니다. 하지만 경기광주세무서장은 법인세 조사 결과, 이 특허권의 실질적인 소유권이 A 주식회사에 있다고 판단하여, A 주식회사가 대표이사 B로부터 특허권을 양수한 거래를 부당행위계산 부인 대상으로 보았습니다. 이에 따라 세무서장은 A 주식회사가 손금 처리한 감가상각비를 부인하여 2017년부터 2021년까지의 법인세 총 1억 7천만 원 상당을 추가로 부과하고, 대표이사 B가 받은 7억 1,400만 원의 특허권 양수대금을 B의 상여 소득으로 처리하는 소득금액변동통지를 했습니다. A 주식회사는 이 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 행정소송을 제기했습니다.
봉제완구 도소매업을 하는 A 주식회사가 대표이사 B로부터 B 명의로 등록된 특허권을 7억 1,400만 원에 양수하는 계약을 체결했습니다. A 주식회사는 이 특허권을 무형자산으로 처리하고 2017년부터 2021년까지의 사업연도 감가상각비를 법인세 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부했습니다. 그러나 세무서의 법인세 조사 결과, 세무 당국은 이 특허권의 실질적인 발명 및 소유권이 A 주식회사에 있다고 보고, A 주식회사가 특수관계인인 대표이사 B로부터 특허권을 양수한 거래를 '부당행위계산 부인' 대상으로 판단했습니다. 이에 따라 세무 당국은 감가상각비를 손금으로 인정하지 않아 약 1억 7천만 원의 법인세(가산세 포함)를 추가로 부과하고, 특허권 양수대금 7억 1,400만 원을 대표이사 B의 '상여' 소득으로 보아 소득금액변동통지를 했습니다. A 주식회사는 이러한 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되자, 해당 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분을 취소해달라는 행정소송을 제기하기에 이르렀습니다.
원고 A 주식회사가 대표이사 B로부터 양수한 특허권의 실질적인 발명자 또는 소유권자가 누구인지, 해당 특허권 양수거래가 법인세법상 '부당행위계산 부인' 대상에 해당하는지, 그리고 특허권 양수대금을 대표이사 B에 대한 '상여'로 소득처분한 것이 적법한지 여부입니다.
법원은 원고 A 주식회사의 청구를 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.
법원은 이 사건 특허권이 원고 A 주식회사가 발명·창작한 것으로 보거나, 설령 대표이사 B가 발명했더라도 원고의 대표이사로서의 직무에 관하여 행한 '직무발명'에 해당한다고 판단했습니다. B가 개인적으로 연구 비용을 지출했음을 인정할 자료가 없고, 원고 회사의 인적·물적 자원이 이용된 점 등을 고려할 때, B는 기본적인 과제와 아이디어만을 제공한 것에 불과하다고 보았습니다. 또한, 발명진흥법에 따른 정당한 직무발명 보상금 지급 절차를 준수했다고 볼 자료가 없으므로, 특허권 양수대금을 정당한 보상금으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 이 사건 특허권의 양도거래를 부당행위계산 부인 대상으로 판단하여 감가상각비를 손금불산입하고 법인세를 부과하며, 특허권 양수대금을 B에 대한 상여로 소득처분한 세무 당국의 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.
이 사건은 주로 법인세법상 '부당행위계산 부인' 원칙과 특허법상 '발명 및 발명자'의 개념, 그리고 발명진흥법상 '직무발명 보상금' 규정을 중심으로 판단되었습니다.
1. 법인세법 제52조 및 동법 시행령 제88조 제1항 (부당행위계산의 부인): 이 규정은 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 않고 조세 부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우, 과세권자가 해당 거래를 부인하고 법령에 정하는 방법에 따라 객관적이고 타당한 소득이 있는 것으로 의제하는 제도입니다. 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래에 한하여 적용되며, 경제적 합리성 유무는 거래 행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 판단합니다.
2. 특허법 제2조 제1호 및 제33조 제1항 (발명 및 발명자): '발명'이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말하며, '발명을 한 자'는 이러한 발명 행위를 실질적으로 한 사람을 가리킵니다. 단순히 발명에 대한 기본적인 과제나 아이디어만 제공하거나, 연구자의 지시로 데이터 정리·실험만 한 경우, 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁한 정도로는 발명자로 인정되지 않습니다. 발명자로 인정되려면 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통해 새로운 착상을 구체화하는 등 기술적 사상의 창작 행위에 실질적으로 기여해야 합니다. 발명자 여부는 특허출원서의 기재와 상관없이 실질적으로 판단됩니다.
3. 발명진흥법 제15조 제1항, 제2항, 제4항, 제6항 (직무발명 보상금): 이 법은 종업원 등의 직무발명에 대해 정당한 보상을 받을 권리를 규정하고 있습니다. 사용자는 보상규정의 작성 및 변경 절차, 보상에 관한 통지 방법을 구체적으로 준수해야 하며, 보상액은 '직무발명으로 사용자 등이 얻을 이익'과 '그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도'를 모두 고려하여 정해야만 '정당한 보상'으로 인정됩니다. 이 사건에서는 원고 회사가 직무발명 보상금 지급 절차를 준수하거나 양수대금 산정 시 직무발명에 의한 이익과 B의 공헌 정도를 고려했다는 증거가 없어서 정당한 보상으로 볼 수 없다고 판단되었습니다.
회사 대표이사나 임원이 자신의 명의로 특허를 출원하고 이를 회사에 양도하는 경우, 해당 특허가 개인의 순수한 발명인지 아니면 회사의 인적·물적 자원을 활용한 '직무발명'인지 명확히 구분해야 합니다. 회사의 인적·물적 자원(직원들의 연구개발 참여, 디자인 개발실 운영, 경상개발비 계상 등)을 사용하여 발명한 경우, 이는 회사의 발명으로 간주될 가능성이 높습니다. 개인 발명임을 주장하려면, 발명 아이디어부터 구체화, 실험 과정까지 개인적인 시간과 비용을 들였음을 입증할 수 있는 명확하고 객관적인 자료(예: 구체적인 발명 일지, 개인 비용 지출 증빙 등)를 충분히 준비해야 합니다. 직무발명으로 인정되는 경우, 발명진흥법에 따라 정당한 보상 절차와 기준(예: 직무발명으로 회사가 얻을 이익, 발명자의 기여도 고려)을 준수하여 보상금을 산정하고 지급해야 합니다. 이러한 절차를 지키지 않은 특허권 양도 거래는 세법상 부당행위계산 부인 대상으로 간주될 수 있습니다. 특수관계자 간의 거래는 세무 당국의 엄격한 심사를 받으므로, 거래 가격 산정의 합리성과 경제적 타당성을 입증할 수 있는 객관적인 근거를 마련하는 것이 중요합니다. 특히, 회사의 이익잉여금이 많음에도 배당 대신 특수관계자에게 자금이 지급되는 경우 세금 회피 목적으로 오해받을 수 있으므로, 사전에 세무 관련 법규와 판례를 충분히 검토하여 신중하게 접근해야 합니다.
