재단법인의 납골시설 운영 중 특수관계법인 거래 세금 분쟁

재단법인 E는 납골시설 사업 운영 중 특수관계법인 K와의 거래로 인해 법인세 및 부가가치세를 과도하게 부과받았다고 주장하며 세무서의 처분을 다퉜습니다. 주요 쟁점은 K의 차용금 이자를 원고가 대납한 것, K에 지급한 업무대행보수가 시가를 초과한 것, K에 계상된 선급금이 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부였습니다. 법원은 법인세 부과 처분 중 상당 부분을 취소했지만, 일부 법인세와 부가가치세 부과 처분은 적법하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 재단법인 E: 1976년 설립되어 납골묘 분양 및 유지관리업을 영위하는 원고 법인입니다.
• 경기광주세무서장: 재단법인 E에게 법인세 및 부가가치세를 부과한 피고 세무 당국입니다.
• 주식회사 K: 원고 재단법인 E의 특수관계법인으로, 부동산 임대업 등을 영위하며 원고의 납골공원 조성 사업을 위탁대행했습니다.
• 주식회사 M: 납골공원 조성 사업의 공사도급계약을 체결하고 K에게 사업 추진 자금을 대여했던 회사입니다.
• N: M으로부터 채권을 양수한 회사입니다.
• S 주식회사: N 지분을 양수하고 원고에게 변제자금을 대여해주기 위한 목적으로 사채를 발행한 회사입니다.

분쟁 상황

재단법인 E는 납골공원 조성 사업을 추진하면서 특수관계법인인 K에 사업 시행을 위탁했습니다. K는 사업 자금을 조달하기 위해 M으로부터 261억 원을 차용했으며, 이 과정에서 재단법인 E는 K의 차용금에 대한 이자를 대신 변제하고 K로부터 용역을 제공받는 대가로 업무대행보수를 지급했습니다. 또한, 재단법인 E는 K에 선급금을 계상했습니다.

중부지방국세청은 재단법인 E에 대한 세무조사 결과, K의 이자 비용을 재단법인 E가 대납한 것이 법인세 손금불산입 및 부가가치세 매입세액 불공제 대상이라고 판단했습니다. 또한, K에 지급된 업무대행보수 중 상당 부분이 법인세법상 시가를 초과하며, K에 계상된 선급금은 업무와 무관한 가지급금에 해당한다고 보아 재단법인 E에게 총 67억여 원의 법인세 및 부가가치세를 부과했습니다. 이에 재단법인 E는 과세 처분에 불복하여 심판청구를 제기했으나 기각되자, 행정소송을 제기하여 과세 처분의 취소를 구하게 되었습니다.

핵심 쟁점

주식회사 K가 M으로부터 차용한 사업 추진 자금의 이자 비용을 재단법인 E가 대신 변제한 것이 법인세 손금불산입 및 부가가치세 매입세액 불공제 대상인지 여부가 첫 번째 쟁점이었습니다. 두 번째는 재단법인 E가 K로부터 용역을 제공받고 지급한 업무대행보수 중 법인세법상 시가를 초과하는 부분이 손금불산입 대상인지와 그 시가 산정 방법의 적법성 여부였습니다. 마지막으로 재단법인 E가 K에 계상한 선급금이 업무와 관련 없는 가지급금에 해당하여 세법상 불이익을 받아야 하는지가 문제되었습니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같이 판단했습니다:

1. K 차용금 이자 대납 관련 (제1처분사유):
   • 법인세 손금불산입: K가 차용한 261억 원 중 224억 7,900만 원에 대한 이자 비용은 재단법인 E의 사업 목적과 관련이 있다고 보아 손금산입이 타당하며, 이 부분에 대한 세무서의 법인세 부과 처분은 위법하여 취소되었습니다. 그러나 나머지 36억 2,100만 원은 사업 관련성이 불분명하여 손금불산입 처분이 적법하다고 판단되었습니다.
   • 부가가치세 매입세액 불공제: 해당 이자 비용은 K가 제공하는 금융용역인 자금 대출의 대가로서 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하므로, 매입세액 공제는 불가능하며 세무서의 처분은 적법했습니다.
2. K에 대한 초과 용역대금 지급 관련 (제2처분사유):
   • 재단법인 E가 K에 지급한 업무대행보수는 K가 제공한 용역의 시가를 훨씬 초과하는 것으로 보았으며, 세무서가 '묘지분양 및 관리업' 업체의 평균수익률을 적용하여 산정한 시가 산정 방법은 합리적이고 적법하다고 판단했습니다. 이에 따라 피고가 재산정한 정당세액을 초과하는 법인세 부과 부분은 취소되었습니다.
3. K에 대한 선급금의 업무무관 가지급금 여부 관련 (제3처분사유):
   • 총 90억 6,731만 434원의 지급금 중 K 차용금 224억 7,900만 원에 대한 이자 부분은 업무무관 가지급금으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 월 운영경비 명목으로 K에게 지급된 12억 원 역시 원고의 목적사업과 관련 없는 돈이라고 보기 어렵다고 판단했습니다. 그러나 나머지 36억 2,100만 원에 대한 이자 부분은 K에 대한 업무무관 가지급금 또는 무상대여금에 해당한다고 보았습니다.
4. 최종 결론: 2014년부터 2016년 사업연도 법인세 경정처분 중 피고가 재산정한 정당세액을 초과한 부분은 취소되었습니다. 2017년 및 2018년 사업연도 법인세 경정처분은 법원이 정당세액을 특정할 수 없어 전부 취소되었습니다. 그러나 2017년 2기부터 2018년 2기까지의 부가가치세 경정처분은 모두 적법하다고 유지되었습니다.

결론

재단법인 E는 세무서가 부과한 법인세 중 상당 금액을 취소시키는 데 성공했습니다. 이는 특수관계법인과의 거래에서 발생한 비용의 적격성과 용역대금의 시가 산정 방식의 중요성을 보여주는 사례입니다. 하지만 부가가치세 면제 금융용역에 대한 매입세액 공제는 불가능하며, 불분명한 지출에 대한 비용 인정은 여전히 어렵다는 점을 확인시켜 주었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결에는 다음과 같은 법령과 법리들이 적용되었습니다:

• 법인세법 제19조 제2항 (손금의 범위): 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것만을 손금으로 인정합니다. 이 사건에서는 재단법인 E가 특수관계법인 K의 차용금 이자를 대신 변제한 것이 원고의 사업과 통상적이고 관련된 비용인지가 쟁점이었습니다. 법원은 '장사 등에 관한 법률'이 재단법인의 업무 위임을 금지하지 않으므로 이 비용을 통상적이지 않은 비용으로 볼 수 없다고 판단했습니다.
• 민법 제688조 제2항 (수임인의 비용상환청구권): 위임 계약에서 수임인(K)이 위임사무(납골시설 사업) 처리에 필요한 채무를 부담한 때에는 위임인(재단법인 E)에게 자기에 갈음하여 이를 변제하게 할 수 있습니다. 이 법리에 따라 K가 사업 자금 조달을 위해 차입한 대여금에 대한 이자 비용은 재단법인 E가 상환할 의무가 있는 비용으로 인정될 수 있었습니다.
• 장사 등에 관한 법률 제15조 제4항 (사설봉안시설 설치·관리 주체): 500구 이상을 안치할 수 있는 사설봉안시설은 민법에 따른 재단법인만이 설치·관리할 수 있도록 규정되어 있습니다. 이는 영세하고 부실한 시설의 난립을 방지하고 시설 관리의 안정성 및 영속성을 보장하기 위함입니다. 법원은 이 규정이 재단법인이 그 업무를 위임하는 것 자체를 금지하는 것은 아니라고 해석했습니다.
• 법인세법 제52조 제2항 (부당행위계산 부인) 및 시행령 제89조 (시가의 범위 등): 특수관계인과의 거래에서 정상적인 거래보다 낮은 가격이나 높은 가격으로 용역을 제공받아 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 시가와 거래 가격의 차액을 익금에 산입하거나 손금에 불산입할 수 있습니다. 시가는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하며, 시행령에서 구체적인 시가 산정 방법을 규정합니다. 이 사건에서는 재단법인 E가 K에 지급한 업무대행보수가 시가를 초과하여 손금불산입 대상이 되는지가 쟁점이었습니다. 법원은 법인세법 시행령 제89조의 개정 취지 및 예시 규정임을 고려하여, 세무서가 '특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공 거래를 할 때의 수익률'을 적용하여 산정한 시가가 적법하다고 보았습니다.
• 부가가치세법 제26조 제1항 제11호 및 시행령 제40조 제1항 제1호, 제2항 (금융·보험 용역의 면세): 자금 대출 또는 어음의 할인 등 금융·보험 용역은 부가가치세 면제 대상입니다. 따라서 이 사건에서 K가 제공한 자금 조달 및 대출 관련 용역은 금융용역으로 보아 부가가치세가 면제되므로, 재단법인 E가 지급한 이자 비용에 대한 매입세액은 공제될 수 없었습니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고할 수 있습니다:

• 특수관계법인과의 거래는 신중하게: 법인 운영 시 특수관계법인과의 거래는 세무당국의 엄격한 감시 대상이 됩니다. 모든 거래는 상거래 관행과 사회 통념에 부합하는지, 그리고 적절하고 객관적인 증빙을 갖추었는지 항상 확인해야 합니다.
• 업무 대행 계약의 명확한 문서화: 업무를 위임하거나 대행하는 계약을 체결할 때는 위임 사무의 범위, 대행 보수의 산정 기준, 비용 상환 의무 등을 구체적이고 명확하게 문서화해야 합니다. 특히 민법상 위임 계약의 조항을 참고하여 비용 상환 의무를 명확히 하는 것이 중요합니다.
• 비용의 사업 관련성 입증: 법인이 지출하는 모든 비용은 법인의 사업 목적과 직접적인 관련성이 있음을 입증할 수 있는 객관적인 증빙 자료를 철저히 갖추어야 합니다. 특히 용처가 불분명하거나 적격 증빙이 없는 비용은 세무조사 시 손금으로 인정받기 어렵습니다.
• 용역대금 시가 산정의 합리성 확보: 특수관계법인에 용역을 제공하고 대가를 지급할 경우, 해당 용역에 대한 시가 산정이 합리적이고 객관적인 기준에 따라 이루어져야 합니다. 법인세법 시행령의 시가 산정 규정을 준수하고, 유사 업체의 평균 수익률 등 객관적인 지표를 참고하여 적절한 시가를 결정해야 합니다. 부당행위계산 부인 규정에 따라 시가를 초과하는 부분은 손금으로 인정받지 못할 수 있습니다.
• 가지급금 관리의 중요성: 특수관계법인에 대한 선급금이나 대여금 등은 업무와 무관한 가지급금으로 간주될 경우, 해당 가지급금에 대한 이자를 손금불산입하거나 인정이자를 익금에 산입하는 등 세법상 불이익을 받을 수 있습니다. 따라서 대여의 목적, 업무 관련성, 회수 계획 등을 철저히 관리하고 증빙해야 합니다.
• 금융용역 관련 부가가치세 규정 인지: 자금 대출 등 금융용역은 부가가치세 면제 대상에 해당하므로, 이러한 용역의 대가로 지급되는 이자 비용에 대해서는 매입세액 공제를 받을 수 없음을 인지하고 부가가치세 신고 시 주의해야 합니다.