세무조사 기간 산정 및 범위 확대의 적법성 판단 사건

주식회사 A는 2011년부터 2015년까지의 사업연도에 대한 법인세 부과처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다. 중부지방국세청은 주식회사 A가 원재료비 및 외주가공비 명목으로 약 1,180억 원의 가공 비용을 계상했다고 보고 이를 손금불산입하고 대표자 인정상여로 소득처분하여 법인세를 부과했습니다. 주식회사 A는 세무조사 중지기간 산정의 오류로 인해 세무조사 종료일이 잘못되었고, 이로 인해 이후 이루어진 세무조사 기간 연장 및 조사 유형 전환, 그리고 조사 대상 사업연도 확대(2011년, 2015년 추가)가 위법하다고 주장했습니다. 법원은 세무조사 중지 통지일 기준으로 종료일을 다시 계산했지만, 주식회사 A가 자신의 이익을 위해 중지 신청을 했고, 종료일 차이가 크지 않으며, 조사 연장 신청 등 주식회사 A의 양해가 있었다고 보아 최종적으로 주식회사 A의 주장을 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 (주식회사 A): 의약용 화합물 및 항생물질 제조·도매업을 영위하며, 세무조사의 적법성에 이의를 제기하고 법인세 부과처분 취소를 구한 법인.
• 피고 (평택세무서장): 주식회사 A에 대해 2011년부터 2015년 사업연도 법인세 총 426억 9천만여 원을 부과처분하였고, 이후 재조사를 거쳐 일부 감액된 잔존 세액에 대한 처분을 유지하고 있는 세무서장.

분쟁 상황

주식회사 A는 2011년부터 2015년 사업연도에 걸쳐 약 1,180억 원에 달하는 원재료비 및 외주가공비를 장부에 허위로 기재한 혐의로 중부지방국세청의 세무조사를 받게 되었습니다. 국세청은 이 비용들을 가공의 비용으로 보아 법인의 손금으로 인정하지 않고, 법인 대표에 대한 인정상여로 처리하여 막대한 법인세(총 426억 9천만여 원)를 부과했습니다. 주식회사 A는 이 처분에 불복하여 조세심판원 심판청구 및 재조사를 거쳐 일부 세액을 감액받았지만, 여전히 상당한 법인세(2011 사업연도 23억 5천만여 원, 2015 사업연도 16억 4천만여 원)가 남아있었습니다. 주식회사 A는 남은 법인세 부과처분마저 취소해달라고 법원에 소송을 제기하며, 이 사건 세무조사 자체가 절차적 위법성을 가지고 있다고 주장했습니다. 특히 세무조사 중지 신청 후 통지 지연으로 인해 중지기간의 시작일이 세무당국의 계산과 달라져, 세무조사 종료일이 당초 통보된 2016년 10월 22일보다 앞당겨진 2016년 10월 15일로 보아야 하며, 이 경우 2016년 10월 20일에 이루어진 조사기간 연장 및 조사 유형 전환, 그리고 2011년, 2015년 사업연도 추가는 이미 종료된 세무조사에 대한 것이므로 무효라고 주장하며 다투었습니다.

핵심 쟁점

세무조사 중지기간의 기산일을 언제로 볼 것인지, 이에 따라 적법한 세무조사 종료일이 달라지는지 여부와, 만약 세무조사 종료일이 통보된 날짜보다 앞당겨진다면 그 이후 이루어진 세무조사 기간 연장 및 조사유형 전환, 그리고 조사 대상 사업연도 확대가 위법하여 관련 법인세 부과처분이 취소되어야 하는지 여부가 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 주식회사 A의 청구를 기각했습니다. 세무조사 중지기간의 기산일은 납세자가 중지 신청을 한 날짜가 아닌 세무서장이 중지를 통지한 날짜를 기준으로 해야 한다고 판단하여, 세무조사의 정당한 종료일이 중부지방국세청장이 통지한 날짜보다 7일 앞당겨진 2016년 10월 15일이라는 점은 인정했습니다. 그러나 법원은 세무조사 대상자가 자신의 이익을 위해 중지 신청을 했고, 정당한 종료일과 실제 수행된 종료일의 차이가 7일로 그리 크지 않았으며, 주식회사 A가 세무조사 연장 신청을 하는 등 조사 종료일에 대해 이의를 제기하지 않아 종료일 변경을 양해 또는 승낙한 것으로 볼 수 있다고 판단했습니다. 따라서 세무조사 연장 통지 및 조사 유형 전환 통지가 정당한 종료일 이후에 이루어졌다고 하더라도, 취소 사유에 이를 정도의 위법은 없다고 보았습니다.

결론

주식회사 A가 제기한 법인세 부과처분 취소 소송에서 법원은 세무조사 기간 산정과 관련한 주식회사 A의 주장을 받아들이지 않았습니다. 비록 세무조사 중지기간의 기산일 적용에 대한 법리적 해석으로 인해 적법한 조사 종료일이 당초 예상보다 앞당겨질 수 있었으나, 원고의 자발적인 중지 및 연장 신청 등의 정황을 고려할 때 세무조사가 위법하게 진행되었다고 볼 수 없다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

• 구 국세기본법 (2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제81조의8 제4항 (세무조사 중지 및 기간 불산입)​: 이 조항은 세무공무원이 납세자의 자료 제출 지연 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우 세무조사를 중지할 수 있으며, 이 중지기간은 세무조사 기간에 산입하지 아니한다고 규정하고 있습니다. 이는 세무공무원에게 충분한 조사 기간을 보장하기 위함이지만, 중지기간을 초과하여 조사 기간을 보장하는 것은 아닙니다. 본 사건에서 법원은 납세자의 이익을 위해 이루어진 중지 신청이고, 정당한 종료일과 실제 수행된 종료일의 차이가 크지 않으며 납세자의 양해 또는 승낙이 있었다면, 절차적 위법이 취소 사유에 해당할 정도는 아니라고 판단했습니다. 이는 중지기간 불산입이라는 원칙에도 불구하고, 구체적인 상황과 납세자의 행위를 종합적으로 고려하여 위법성 판단을 유연하게 할 수 있음을 보여줍니다.
• 구 국세기본법 (2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제81조의8 제6항 (문서 통지 의무)​: 이 조항은 세무공무원이 세무조사 기간을 연장, 중지, 재개하는 경우 그 사유를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다고 규정합니다. 이는 행정의 투명성과 납세자의 예측 가능성을 보장하기 위한 것입니다. 법원은 이 규정의 취지에 따라 세무조사 중지 및 연장 통지의 효력 발생 시점은 납세자의 신청일이 아니라 세무당국이 통지를 한 날짜를 기준으로 해야 한다고 보았습니다. 본 사건에서는 이러한 법리적 해석을 통해 중지기간의 기산일이 조정되었고, 그 결과 세무조사의 정당한 종료일이 당초 예상보다 앞당겨졌지만, 이후 원고의 행위를 종합적으로 고려하여 결국 세무조사의 위법성을 인정하지 않았습니다.
• 구 국세기본법 시행령 (2016. 2. 5. 대통령령 제26946호로 개정되기 전의 것) 제63조의10 제1호 (세무조사 중지 신청 사유)​: 이 시행령은 납세자가 자료 제출을 지연하는 등 세무조사를 진행하기 어려운 경우 세무조사 중지를 신청할 수 있는 구체적인 사유 중 하나를 명시하고 있습니다. 본 사건에서 원고는 관리이사의 사망이라는 사유로 중지 신청을 하였으며, 법원은 이러한 납세자 본인의 신청에 의한 중지라는 점을 감안하여 세무조사 종료일 차이를 해석하는 데 참작했습니다. 이는 납세자 스스로가 요청한 절차로 인한 기간 변동은 일정 부분 납세자에게도 책임이 있거나 수용의사가 있다고 볼 수 있다는 판단의 근거가 될 수 있습니다.

참고 사항

• 세무조사 중지/연장 통지일 확인의 중요성: 세무조사 기간의 중지, 연장, 재개와 같은 중요한 절차는 납세자가 신청했더라도 세무당국이 문서로 통지한 날짜에 효력이 발생합니다. 따라서 신청일과 통지일 사이에 차이가 발생할 경우, 통지일을 기준으로 기간을 정확히 계산하고 세무조사의 유효 기간을 파악해야 합니다. 이러한 통지는 행정의 투명성과 예측 가능성을 보장하기 위한 것이므로, 통지 내용을 면밀히 확인하는 것이 매우 중요합니다.
• 세무조사 종료일 계산의 철저함: 세무조사가 중지될 경우 해당 중지기간은 총 조사 기간에 포함되지 않으므로, 원래의 조사 종료일이 중지기간만큼 뒤로 미뤄지게 됩니다. 그러나 세무당국이 중지기간을 넘어 과도하게 조사 기간을 연장하거나 종료일을 변경하는 것은 원칙적으로 허용되지 않습니다. 납세자는 중지기간 불산입을 정확히 계산하여 세무조사의 정당한 종료일을 자체적으로 예측하고, 세무당국의 통지와 비교하여 차이가 있는지 확인해야 합니다.
• 이의 제기의 시의성: 만약 세무조사 종료일 계산에 이견이 있거나, 종료일이 지난 후 연장 또는 유형 전환 통지가 이루어졌다고 판단된다면, 해당 절차의 위법성을 주장하며 즉시 이의를 제기해야 합니다. 본 사례에서 원고는 세무조사 기간 중 연장 신청을 하는 등 종료일에 대한 명확한 이의 제기가 없어, 법원이 이를 세무조사 기간 변경에 대한 양해나 승낙으로 해석한 점에 유의해야 합니다. 납세자의 행동이 묵시적인 동의로 해석될 수 있음을 염두에 두어야 합니다.
• 조사 유형 전환 및 범위 확대의 요건 숙지: 일반 세무조사에서 조세범칙조사로 유형이 전환되거나 조사 대상 사업연도가 확대되는 것은 중요한 절차입니다. 이러한 변경은 적법하게 진행되고 있는 세무조사 내에서만 가능하며, 관련 법률 및 규정에 명시된 요건과 절차를 따라야 합니다. 조사 유형 전환 및 범위 확대 통지가 예상치 못하게 이루어지거나, 이미 세무조사가 종료되었다고 판단되는 시점에 통지가 온다면 그 적법성을 신중하게 검토해야 합니다.