외국 특허권 사용료 원천징수 취소 판결

A 주식회사가 미국 법인 D로부터 안드로이드 기반 스마트폰 및 태블릿 사업 관련 특허권을 사용하고 사용료를 지급한 사건입니다. 동수원세무서장은 A 주식회사가 D에게 지급해야 할 사용료 중 일부에 대해 법인세를 과소 원천징수했다고 보아 추가 징수 처분을 내렸습니다. 이에 A 주식회사는 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득이 아니므로 원천징수 대상이 아니라고 주장하며 소송을 제기했습니다. 법원은 한미 조세협약에 따라 국내에 등록되지 않은 외국 특허권의 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없으므로, 추가 원천징수 처분이 위법하다고 판단하여 이를 취소했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 미국 법인 D의 특허권을 사용하여 안드로이드 기반 스마트폰 및 태블릿 사업을 영위하고 D에게 특허 사용료(로열티)를 지급한 한국 회사.
• D: 미국 법률에 따라 설립된 B 회사 및 그 자회사 C를 통칭하며, A 주식회사에 안드로이드 기반 특허권을 제공하고 사용료를 받은 미국 법인.
• 동수원세무서장: A 주식회사가 D에게 지급한 특허 사용료에 대한 법인세 원천징수 처분을 내린 세무 당국.

분쟁 상황

A 주식회사는 2011년 7월 미국 법인 D와 안드로이드 기반 스마트폰 및 태블릿 사업에 필요한 특허 사용 계약을 체결했습니다. A 주식회사는 2012년부터 2015년까지 D에게 특허 사용료를 지급하면서, 이를 국내원천소득으로 보고 한미 조세협약에 따라 15%의 법인세를 원천징수하여 납부했습니다.

하지만 서울지방국세청은 2016년 법인세 통합조사를 통해 A 주식회사가 2013사업연도에 D에게 지급해야 할 특허 사용료 69,036,499,998원을 대등액에서 상계하고 나머지 금액에 대해서만 법인세를 원천징수함으로써, D에 대한 법인세를 과소하게 징수했다고 판단했습니다. 이에 동수원세무서장은 A 주식회사가 총 1,281,574,639,464원의 특허 사용료 중 일부 금액에 대해 법인세를 과소 원천징수했다고 보아, 2017년 4월 13일 A 주식회사에게 추가로 11,391,022,500원(가산세 포함)의 법인세 원천징수 처분을 내렸습니다. A 주식회사는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

외국 법인이 국내에 등록되지 않은 특허권을 국내에서 사용하게 한 대가로 받는 사용료 소득이 대한민국 법인세법상 '국내원천소득'에 해당하는지 여부, 그리고 이 경우 한미 조세협약이 국내법보다 우선하여 적용되는지 여부입니다.

법원의 판단

피고(동수원세무서장)가 2017년 4월 13일 원고(A 주식회사)에게 내린 법인세 원천세 11,391,022,500원(가산세 포함)의 징수처분을 취소한다. 소송 비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 '국제조세조정에 관한 법률 제28조'에 따라 국내 법인세법보다 '한미 조세협약'이 우선 적용된다고 보았습니다. 또한, 특허권은 해당 국가에 등록되어야만 독점적인 권리 효력이 발생하는 '속지주의' 원칙이 적용되므로, 국내에 등록되지 않은 외국 특허권의 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 이에 따라, A 주식회사가 국내에 등록된 특허에 대한 사용료 부분을 초과하여 원천징수 대상이 아닌 부분에 대해 세금을 더 내야 할 의무는 없다고 결론 내렸고, 동수원세무서장의 추가 원천징수 처분은 위법하게 되어 취소되었습니다.

연관 법령 및 법리

구 법인세법 (개정 전)​:

• 제2조 제1항 제2호: 외국법인은 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있다고 규정합니다.
• 제93조 제8호: 외국법인의 국내원천소득을 구분하며, 특정 권리 등을 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가를 국내원천소득으로 봅니다. 단, 조세조약에서 사용지를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 경우 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에 관계없이 국내원천소득으로 보지 않습니다. 특히, 특허권 등 등록이 필요한 권리가 국외에서 등록되고 국내에서 사용된 경우에는 국내 등록 여부와 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다는 단서 후문 규정이 있었습니다. 그러나 이 사건에서는 조세조약 우선 원칙에 따라 이 부분이 적용되지 않았습니다.
• 제98조 제1항: 외국법인에게 제93조 제8호 등의 국내원천소득을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정합니다.

국제조세조정에 관한 법률 제28조: 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 '조세조약이 우선하여 적용된다'고 명시하고 있습니다. 이 조항이 본 사건의 핵심 법리입니다.

대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 (한미 조세협약)​:

• 제6조 제3항: 사용료 소득의 원천은 해당 재산의 사용 또는 사용할 권리가 어느 체약국 내에서 발생할 때 그 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급됩니다. 본 판결에서는 특허권의 속지주의 원칙에 따라 '특허권이 등록된 국가 내에서만 그 효력이 미치므로, 국내에 등록된 특허실시권의 사용 대가만이 국내원천소득이 된다'고 해석했습니다.
• 제14조 제4항: '사용료'의 정의를 규정하며, 특허권의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금을 포함합니다.

판결의 법리: 법원은 '국제조세조정에 관한 법률 제28조'에 따라 국내 법인세법보다 '한미 조세협약'이 우선 적용된다고 판단했습니다. 또한, 특허권은 해당 국가에 등록되어야만 독점적인 권리 효력이 발생하는 '속지주의' 원칙이 적용되므로, 국내에 등록되지 않은 외국 특허권의 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다고 보았습니다. 즉, 국내 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득이 아니므로 원천징수 대상이 아니라는 법리가 적용되었습니다.

참고 사항

외국 법인과의 특허 사용 계약 시, 해당 특허가 국내에 등록되어 있는지 여부를 반드시 확인해야 합니다. 조세조약이 있는 경우 국내 법인세법보다 조세조약이 우선 적용될 수 있으므로, 관련 조세조약의 내용을 면밀히 검토해야 합니다. 특히, 사용료 소득의 국내원천소득 해당 여부를 판단하는 기준(예: 사용지주의)을 확인해야 합니다. 국내에 등록되지 않은 외국 특허권의 사용 대가는 조세조약에 따라 국내원천소득으로 보지 않을 수 있으므로, 원천징수 의무 발생 여부를 신중하게 판단해야 합니다. 세무 당국과의 분쟁 발생 시, 원천징수 대상이 아닌 금액임을 입증할 수 있는 객관적인 자료(예: 국내 등록 특허와 미등록 특허의 가치 배분 기준)를 준비하는 것이 중요할 수 있습니다. 다만, 본 판결에서는 그러한 자료가 현실적으로 어렵다는 점이 인정되었습니다. 특허권 계약 시, 계약서에 개별 특허의 등록 여부 및 그에 따른 사용료 배분 기준 등을 명확히 기재하는 것이 향후 분쟁을 예방하는 데 도움이 될 수 있습니다.