세금 · 행정
주식회사 A는 산업단지 내 토지를 취득하고 연구소 건물을 신축하여 취득세 감면 혜택을 받았습니다. 그러나 토지 취득일로부터 3년 이내에 건물 사용승인을 받지 못해 관할 구청으로부터 감면받았던 취득세를 다시 납부하라는 처분을 받았습니다. 주식회사 A는 건물의 규모와 특수성, 여러 회사들의 참여, 그리고 코로나19 팬데믹으로 인한 공사 지연 등 여러 '정당한 사유'가 있었다고 주장하며 취득세 경정(세액 변경) 신청을 했으나 거부당했고 이에 소송을 제기했습니다. 법원은 주식회사 A가 목적 사업에 사용하려는 진지한 노력을 다했고 여러 불가피한 사정으로 사용이 지연된 점을 인정하여 취득세 경정 거부 처분을 취소했습니다.
주식회사 A는 2017년 10월 18일 서울 강서구에 위치한 산업단지 내 토지를 취득하고, 2017년 12월 15일 이 토지를 산업용 건축물(연구소)을 건축하려는 목적으로 취득한 것이므로 지방세특례제한법에 따라 취득세 등을 감면받아 신고·납부했습니다. 그러나 건물 신축이 지연되어 2021년 11월 15일에야 사용승인을 받으면서 토지 취득일로부터 3년이 초과되었습니다. 이에 주식회사 A는 감면받았던 취득세를 추징당하게 되자, 건물 연면적의 63.68%에 해당하는 연구소 부분에 대해서는 '정당한 사유'로 사용이 지연되었다며 취득세 경정(세액 변경) 신청을 했습니다. 하지만 강서구청장은 이를 거부했고, 이 거부 처분에 불복하여 주식회사 A가 행정소송을 제기하게 되었습니다.
산업단지 내 토지 취득 후 3년 이내에 산업용 건축물 용도로 직접 사용하지 못한 경우 취득세 감면액이 추징되는데, 이때 '정당한 사유'가 있었다고 인정될 수 있는지 여부가 핵심 쟁점입니다. 본 사건에서는 건물의 규모와 특성, 공사 과정의 복잡성, 그리고 코로나19와 같은 외부 요인이 '정당한 사유'에 해당하는지가 주요 문제였습니다.
법원은 피고(서울특별시 강서구청장)가 2023년 2월 3일 원고(주식회사 A)에 대해 한 취득세 366,477,580원의 경정거부처분을 취소한다고 판결했습니다. 이는 원고의 주장을 받아들여 취득세 감면 추징이 부당하다는 판단입니다.
법원은 주식회사 A가 이 사건 토지를 연구시설 용도로 취득하였고 실제 그 용도로 사용하고 있으며, 시세차익 등 감면 취지에 반하는 목적이 없었다고 보았습니다. 또한, 건물의 규모, 복잡한 설계 및 인허가 과정, 여러 주체의 개입, 의약품 연구소 건축의 특수성을 고려할 때 건축 준비 기간이 과도하게 늘어났다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 특히 코로나19 확산으로 인한 공사 지연이 불가피했던 점과, 이후 법령 개정으로 코로나19 시기 취득 부동산에 대한 유예기간이 연장된 점 등을 종합적으로 고려하여 주식회사 A가 토지 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 '정당한 사유'가 있다고 결론 내렸습니다.
• 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항: 이 조항은 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 해당 산업단지 내의 부동산을 취득하는 경우 취득세를 감면해주는 내용을 담고 있습니다. 이는 산업단지에 기업 입주를 촉진하고 산업 활동을 장려하기 위한 정책적 목적이 있습니다. 주식회사 A는 이 규정을 근거로 취득세 감면 혜택을 받았습니다. • 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호: 이 조항은 취득세를 감면받은 후 '정당한 사유 없이' 취득일로부터 3년(특정 기간 취득의 경우 4년) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않을 경우 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있습니다. 본 사건에서는 주식회사 A가 3년 이내에 사용승인을 받지 못하자 이 조항에 따라 취득세 추징 대상이 된 것입니다. • '정당한 사유'에 대한 법리: 대법원 판례(대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두18582 판결 등)에 따르면, '정당한 사유'는 법령에 의한 금지나 제한과 같이 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유뿐만 아니라, 목적 사업에 사용하거나 건축 공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다했으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함합니다. 법원은 정당한 사유의 유무를 판단할 때 사업의 공익성, 준비 기간의 장단, 법령상 또는 사실상의 장애 사유 및 정도, 납세의무자의 진지한 노력 여부 등을 종합적으로 고려하여 구체적인 사안별로 개별적으로 판단해야 한다고 보고 있습니다. 이 사건에서 법원은 주식회사 A의 연구소 건축의 공익성, 복잡성, 코로나19 팬데믹 등의 여러 사정을 종합하여 '정당한 사유'가 있다고 인정했습니다.
• '정당한 사유'의 범위 이해: 법원은 취득세 감면 추징 시 '정당한 사유'를 매우 폭넓게 인정하고 있습니다. 법령에 의한 금지나 제한 같은 외부적 사유뿐만 아니라, 정상적인 노력을 다했음에도 시간 부족으로 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함될 수 있습니다. • 진정성 있는 노력 입증: 사업의 공익성, 부동산 취득 목적에 부합하는 사용 노력, 건축 준비 기간의 장단, 법적/사실적 장애 사유 및 정도, 그리고 납세 의무자가 목적 달성을 위해 얼마나 진지하게 노력했는지 등을 증명할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다. • 공사 지연 관련 증빙 철저: 건축 규모가 크거나 여러 업체가 협력하는 복잡한 공사의 경우, 설계, 인허가, 시공 과정에서 발생하는 지연 사유(예: 행정 절차 지연, 외부 환경 변화, 원자재 수급 문제, 감염병 확산 등)를 상세하게 기록하고 관련 계약서, 회의록, 공문 등 증거 자료를 확보하는 것이 중요합니다. • 법령 변경 여부 확인: 유사 상황에서 세금 감면 규정이나 추징 기준이 변경될 수 있으므로, 관련 법령의 최신 개정 사항을 확인하는 것이 필요합니다. 특히 본 사례처럼 코로나19와 같은 국가적 재난으로 인해 특정 기간 동안의 유예기간이 연장되는 경우도 있으므로 면밀히 살펴봐야 합니다. • 세무 당국과 소통: 경정 신청 전 세무 당국과 충분히 소통하여 자신의 상황이 '정당한 사유'에 해당하는지 미리 의견을 조율해볼 필요가 있습니다.
