행정
A 주식회사는 외국인투자기업으로서 기존에 법인세에 대한 조세감면 결정을 받았으나 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 과세체계가 독립세 방식으로 변경된 후 기존 감면 혜택이 법인지방소득세에도 적용되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였습니다. 그러나 피고인 각 지방자치단체장들은 이를 거부하였고 법원은 원고의 청구를 모두 기각했습니다.
원고 A 주식회사는 외국인투자촉진법에 따라 2005년 11월 29일 2008년 8월 14일 2011년 1월 20일 2012년 1월 16일에 걸쳐 기획재정부장관으로부터 법인세 세액감면 결정을 받고 유상증자를 통해 외국인 투자금액을 지출했습니다. 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서 법인의 소득에 대한 지방세 과세체계가 기존의 법인세액에 10% 세율을 적용하는 '부가세 방식'에서 법인세 과세표준에 법인세율의 10%를 적용하는 '독립세 방식'인 법인지방소득세로 변경되었습니다. 원고는 이 사건 개정 전에 받은 조세감면 결정의 효과가 2014년부터 2019년 사업연도의 법인지방소득세에도 미친다고 주장하며 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 피고인 각 지방자치단체장들은 이를 모두 거부하였고 이에 원고가 소송을 제기했습니다.
2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 과세체계가 법인세의 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경된 후, 개정 전에 구 조세특례제한법에 따라 법인세에 대해 받은 세액감면 혜택이 개정 후의 법인지방소득세에도 적용될 수 있는지 여부와 개정 지방세법 부칙의 경과규정 해석이 주된 쟁점이었습니다.
법원은 원고 A 주식회사가 피고들에게 제기한 모든 경정거부처분 취소 청구를 기각하고 소송 비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.
법원은 구 조세특례제한법에 따른 세액감면은 법인세에 대한 감면일 뿐 지방소득세에 대한 직접적인 감면 규정이 아니라고 판단했습니다. 또한 개정 지방세법 부칙의 경과규정인 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'에서 말하는 '종전의 규정'은 개정 대상인 구 지방세법 본칙만을 의미하며 구 조세특례제한법은 해당하지 않는다고 보았습니다. 따라서 원고가 주장하는 종전 규정에 따른 조세감면 적용은 불가능하다고 보아 원고의 청구를 기각했습니다. 기획재정부장관의 조세감면 결정 또한 지방소득세 세액감면에 대한 공적인 견해 표명으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
이 사건 판결은 다음과 같은 법령과 법리를 근거로 판단되었습니다.
구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 제121조의2 제1항 제2호 제6항: 이 규정은 외국인 투자에 대한 세액감면을 정한 법령으로 원고 A 주식회사가 법인세 감면 결정을 받은 근거가 됩니다. 법원은 이 규정이 법인세 감면에 관한 것이며 지방소득세 감면에 직접 적용되는 규정은 아니라고 판단했습니다.
지방세법 (2014년 1월 1일 법률 제12153호로 개정): 이 개정으로 법인지방소득세 과세체계가 법인세액을 과세표준으로 하는 부가세 방식에서 법인세 과세표준을 과세표준으로 하는 독립세 방식으로 변경되었습니다.
지방세법 부칙 제15조 (이 사건 경과규정): 이 조항은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있습니다. 판결의 핵심은 이 '종전의 규정'의 해석에 있었습니다. 법원은 이 규정이 개정 지방세법 신구 법령의 적용 관계를 정한 것이므로 '종전의 규정'은 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리키며 구 조세특례제한법은 해당하지 않는다고 보았습니다.
관련 법리 (대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 등): '납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다'는 법리가 적용되었습니다. 법원은 원고의 경우가 장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정이 존재한다고 볼 수 없다고 판단하여 원고의 주장을 기각했습니다.
세법 개정이 있을 경우 부칙에 명시된 경과규정을 면밀히 검토하여 개정 전 법령에 따른 혜택이 개정 후에도 유지될 수 있는지 적용 범위와 구체적인 조건을 확인해야 합니다. 세금 감면이나 비과세 혜택은 법령에 명확하게 규정되어야 하며 단순히 기대하는 수준으로는 인정받기 어렵습니다. 특정 세목(예: 법인세)에 대한 감면 규정이 다른 종류의 세목(예: 지방소득세)에도 자동으로 적용된다고 단정해서는 안 되며 각 세목별로 적용 가능 여부를 확인해야 합니다. 기획재정부장관의 국세(법인세 등) 관련 조세감면 결정이 있더라도 이는 지방세 감면에 대한 공적인 견해 표명으로 보기 어려울 수 있으므로 지방세 관련 감면 여부는 별도로 확인해야 합니다. 새로운 세법 체계가 도입될 때 기존 세금 혜택이 어떻게 조정되거나 소멸하는지에 대한 구체적인 내용을 정부 발표나 관련 가이드라인을 통해 미리 확인하는 것이 중요합니다.
