원사 판매업체가 세금 신고 시 가공거래와 무자료거래로 잘못된 세금계산서를 발행한 행위가 위법하지 않다고 한 사건

원고인 법인은 원사 판매업을 영위하고 있으며, 직원들이 2008년부터 2014년까지 회사 시스템을 조작하여 원사를 낮은 단가로 입력하고 실제로는 다른 곳에 납품하면서 차액을 횡령한 사건이 발생했습니다. 원고는 이를 발견하고 직원들을 고소했고, 직원들은 형사재판에서 배임 등의 혐의로 유죄 판결을 받았습니다. 서울지방국세청장은 이 거래를 조사하여 가공거래와 무자료거래로 보고, 원고에게 추가 세금을 부과했습니다. 원고는 이러한 세금 부과가 부당하다며 소송을 제기했습니다.

판사는 형사재판의 판결을 근거로 원고와 거래처 사이의 거래가 가공거래였고, 원고와 출하처 사이의 거래가 무자료거래였다고 판단했습니다. 그러나 원고의 직원들이 원사를 횡령한 후 개인적으로 거래한 것이 아니라, 원고가 실제로 원사를 공급한 것으로 보고, 원고가 부가가치세 납세의무자가 된다고 결론지었습니다. 그럼에도 불구하고, 세금 부과의 근거가 된 무자료거래 공급가액이 형사판결에서 배척된 방식에 기초했기 때문에, 세금 부과 자체가 위법하다고 판단했습니다. 결국, 원고의 청구가 이유 있다고 보고, 세금 부과 처분을 전부 취소하는 판결을 내렸습니다.