세금 · 행정
원사 판매업을 하는 주식회사 A의 직원들이 회사의 시스템을 조작하여 실제 거래처가 아닌 곳에 원사를 납품하고 그 대금 중 일부를 횡령한 사건입니다. 세무 당국은 이 미신고된 판매 대금 전체를 회사의 누락된 수익으로 보아 법인세 및 부가가치세를 부과했습니다. 주식회사 A는 이 세금 부과 처분에 불복하여 소송을 제기했고 법원은 세무 당국이 부과 근거가 되는 실제 거래 금액을 명확히 입증하지 못했으므로 세금 부과 처분이 위법하다고 판단하여 취소했습니다.
주식회사 A의 직원들은 2008년부터 2014년까지 회사의 원사 출하 시스템에 허위의 거래처 정보를 입력하고 실제로는 다른 곳에 원사를 납품했습니다. 이 과정에서 시스템에 입력된 단가보다 낮은 가격으로 원사를 판매하여 차액 약 29억 9천만 원을 개인적으로 착복했습니다. 주식회사 A는 이 사실을 2014년 말에 발견하고 해당 직원들을 고소했고 직원들은 배임 등으로 형사 처벌을 받았습니다. 이후 서울지방국세청은 이 사건 거래가 가공거래 및 무자료거래라고 판단하고 착복된 차액을 주식회사 A의 누락된 공급가액으로 보아 법인세 및 부가가치세를 부과했습니다. 주식회사 A는 이 세금 부과 처분이 부당하다며 조세심판을 청구했으나 기각되자 행정소송을 제기했습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 주식회사 A와 이 사건 거래처들 사이의 거래가 가공 거래였는지 여부와 주식회사 A와 이 사건 출하처들 사이의 거래가 세금계산서 없이 이루어진 무자료 거래였는지 여부입니다. 둘째, 직원들이 횡령한 금액을 회사의 이익(익금)으로 보아 법인세 및 부가가치세 과세표준에 포함할 수 있는지 그리고 그 포함 시점은 언제인지입니다. 셋째, 세무 당국이 무자료 거래의 실제 공급가액을 합리적으로 산정하고 입증했는지 여부입니다. 넷째, 주식회사 A가 직원들의 부정 행위를 알지 못했고 충분히 주의 감독했다면 가산세 부과 및 10년의 부과제척기간 적용이 적법한지 여부입니다.
법원은 피고들이 원고 주식회사 A에 대해 부과한 법인세와 농어촌특별세, 그리고 부가가치세(가산세 포함) 처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 소송 비용은 피고들이 부담하도록 했습니다.
법원은 형사판결의 사실판단을 존중하여 주식회사 A와 이 사건 거래처들 사이의 거래는 가공거래이고, 이 사건 출하처들과의 거래는 무자료거래에 해당한다고 보았습니다. 또한, 직원들이 원사를 횡령한 것이 아니라 회사의 피용자로서 원사 거래 권한을 위임받아 무자료거래 공급가액을 수령했고, 이 차액(쟁점 금액)은 원고의 익금으로 산입되어야 한다고 판단했습니다. 그러나 가장 중요한 쟁점인 무자료거래 공급가액의 산정 방법에 있어서, 피고인 세무 당국이 제시한 추산 방식은 관련 형사사건의 확정판결 내용과 배치되며, 실제 무자료거래 공급가액을 증명하기에 충분한 증거가 없다고 판단했습니다. 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 세무 당국이 과세표준을 제대로 입증하지 못한 이상 세금 부과 처분은 전체 취소되어야 한다고 결론 내렸습니다.
이 사건은 세법의 기본 원칙과 형사판결의 행정소송에 대한 영향을 잘 보여줍니다. 행정소송에서 이미 확정된 형사판결의 사실 인정은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거 자료가 되며, 이와 배치되는 사실을 인정하기는 어렵습니다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결). 이 사건에서 법원은 직원들의 부정 거래가 있었고 해당 금액이 원고의 익금에 해당한다는 형사판결의 사실인정을 따랐습니다. 그러나 부가가치세법 및 법인세법에 따른 과세표준 결정에 있어서는 과세관청(세무서)에 입증책임이 있습니다. 세무 당국은 무자료 거래의 실제 공급가액을 추산했지만, 그 산정 방식이 관련 형사판결의 사실관계와 일치하지 않아 신뢰할 수 없었고, 실제 공급가액을 명확히 증명하지 못했습니다. 따라서 과세표준이 정확하게 입증되지 않은 상황에서는 세금 부과 처분이 적법하다고 볼 수 없으므로 전부 취소되어야 합니다.
회사는 직원들의 부정 행위나 횡령이 의심될 때 즉시 철저한 내부 감사와 조사를 실시해야 합니다. 부정 행위가 발생하면 관련 직원에 대한 고소 또는 고발 조치를 취하고 손해배상 청구 등 법적 대응을 신속히 해야 합니다. 세무 당국으로부터 과세 처분을 받게 될 경우, 해당 과세의 근거가 되는 사실관계와 과세표준 산정의 적법성에 대해 면밀히 검토해야 합니다. 특히 형사 판결과 배치되는 세무 당국의 주장이나 입증 방식이 있다면 적극적으로 다투는 것이 중요합니다. 과세표준 산정에 대한 입증책임은 기본적으로 과세관청에 있다는 점을 기억하고, 세무 당국이 제시하는 금액 산정 방식이 객관적이고 합리적인 근거를 가지고 있는지 확인해야 합니다. 직원들의 비위 행위가 발생하더라도 회사가 충분한 내부 통제 시스템을 갖추고 관리 감독 의무를 다했다면 불이익을 줄일 수 있습니다.
