병원 신관 건축과 주차장 운영 부가가치세 논란 판결

서울아산병원을 운영하는 재단법인 아산사회복지재단이 면세사업(의료사업)과 과세사업(부동산임대업, 주차장업 등)을 겸영하며 신관을 건축하고 주차장을 운영하는 과정에서 발생한 부가가치세 공통매입세액 안분 및 환급 관련 분쟁에 대한 판결입니다. 재단은 신관건축 공통매입세액과 직영주차장 용역비 관련 공통매입세액을 자체 기준에 따라 안분하여 신고했고, 신관주차장을 임대하면서 과세사업 전환에 따른 매입세액 환급을 신청했습니다. 그러나 송파세무서장은 이를 재계산하여 총 1,313,233,100원의 부가가치세를 추가 부과하고, 환급 신청액 3,085,814,165원 전액을 거부했습니다. 법원은 신관건물 신축 및 주차장 운영 모두 면세사업인 의료사업과 밀접한 관련이 있다고 보아 재단이 주장하는 안분 방식이 아닌, 병원 전체의 과세·면세 공급가액 비율을 적용한 세무서장의 재계산 방식이 타당하다고 판단했습니다. 다만, 신관주차장 임대에 대해서는 실제 임대차계약에 따라 임대업으로 보는 것이 맞다고 판단했으나, 그 실질적 사용이 의료사업과 분리될 수 없어 불공제 매입세액 계산 결과는 세무서장의 주장과 동일하다고 보아 재단의 청구를 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: 재단법인 아산사회복지재단 (서울아산병원을 운영하는 비영리 법인으로 면세사업과 과세사업을 겸업)
• 피고: 송파세무서장 (부가가치세 부과 및 환급 거부 처분을 한 세무당국)

분쟁 상황

재단법인 아산사회복지재단은 서울아산병원을 운영하며 면세사업인 의료사업과 과세사업인 부동산임대업, 주차장업, 장례식장업 등을 겸업하고 있었습니다. 재단은 2008년 4월 17일에 완공된 신관건물 신축 관련 공통매입세액 15,888,650,034원에 대해 예정사용면적 비율을 적용하여 부가가치세를 신고했습니다. 또한, 직영주차장 관리 용역비 관련 공통매입세액 382,522,066원에 대해서는 유료주차분 공급가액과 무료주차분 주차요금 환산금액의 비율로 안분하여 신고했습니다. 2009년 1월 1일에는 신관주차장의 일부를 경일산업개발 주식회사에 임대하고, 이를 과세사업 전환으로 보아 매입세액 3,085,814,165원의 부가가치세 환급을 신청했습니다. 이에 피고 송파세무서장은 2009년 8월 재단에 대한 부가가치세 환급 현지확인 조사를 실시하여 신고 내용을 재계산했습니다. 세무서장은 신관건물을 기존 병원의 증축으로 보아 2007년에는 병원 전체의 공급가액 비율로, 2008년 1기에는 면적 안분 후 공통부분은 다시 병원 전체 공급가액 비율로 2단계 안분하여 공통매입세액 불공제액을 재계산했습니다. 직영주차장의 경우에도 의료업의 원활한 운영을 위한 것으로 보아 병원 전체의 과세·면세 공급가액 비율로 공통매입세액을 재계산했습니다. 신관주차장의 임대에 대해서는 실질적으로 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된다고 판단하여 재단의 환급 신청을 거부했습니다. 이러한 조사 결과에 따라 송파세무서장은 재단에 2007년 제1기 부가가치세 323,071,800원, 2007년 제2기 211,125,910원, 2008년 제2기 46,546,280원, 2009년 제1기 732,489,110원을 추가 부과하고, 2009년 제1기 부가가치세 환급신청액 3,085,814,165원을 거부하는 처분을 내렸습니다. 재단은 이 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자, 법원에 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 세 가지였습니다. 첫째, 신관건물 신축과 관련된 공통매입세액 중 면세사업에 대한 불공제매입세액을 산정하는 방법이 무엇인지. 둘째, 병원에서 직영하는 주차장 운영과 관련된 공통매입세액 중 면세사업에 대한 불공제매입세액을 산정하는 방법이 무엇인지. 셋째, 신관주차장을 외부 업체에 임대한 경우의 법률관계(실질적 임대인지 직영인지)와 이와 관련된 공통매입세액 중 면세사업에 대한 불공제매입세액을 산정하는 방법이 무엇인지였습니다.

법원의 판단

법원은 재단법인 아산사회복지재단의 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

1. 신관건물 관련 공통매입세액: 신관건물은 기존 병원 사업과 분리된 별개의 사업으로 보기 어려우므로, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항의 예정사용면적 비율을 적용할 수 없다고 보았습니다. 2007년에는 병원 전체의 과세·면세 공급가액 비율을, 2008년 1기에는 신관건물의 면적 안분 후 공통부분은 다시 병원 전체의 공급가액 비율을 적용하여 공통매입세액을 안분하는 것이 타당하다고 판단했습니다.
2. 직영주차장 관련 공통매입세액: 직영주차장업은 면세사업인 의료사업과 무관한 독립된 사업이 아니며, 의료사업의 원활한 운영을 위한 것으로 보았습니다. 따라서 주차장업 공급가액과 의료사업 수입금액의 합계 중 의료사업 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하는 것이 타당하다고 판시했습니다.
3. 신관주차장 관련 법률관계 및 공통매입세액: 원고가 신관주차장을 경일산업개발 주식회사에 임대하여 부동산임대업을 영위하는 것으로 보았으나, 임대된 신관주차장 또한 의료사업과 전혀 관련 없이 운영된다고 볼 수는 없었습니다. 결국 부동산임대업 공급가액(임대료)과 의료사업 수입금액의 합계 중 의료사업 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 각 쟁점에서 피고 송파세무서장의 처분 경위에는 일부 잘못된 점이 있었으나, 결론적으로 부가가치세 불공제매입세액의 산정 결과는 동일하므로 피고의 처분이 위법하다고 볼 수 없다고 판단했습니다.

결론

법원은 재단법인 아산사회복지재단이 제기한 부가가치세 부과처분 취소 및 환급 거부처분 취소 청구를 모두 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령 및 법리는 부가가치세법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산)와 관련된 조항들입니다. 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분 계산하도록 규정하고 있습니다. 여기서 '총공급가액'은 과세사업의 공급가액과 면세사업의 수입금액의 합계액을, '면세공급가액'은 면세사업의 수입금액을 의미합니다(부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제1항). 부가가치세법 시행령 제61조 제4항은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우, 또는 건물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 특례적으로 예정사용면적 비율 등을 우선 적용할 수 있도록 규정하고 있습니다. 이 판결에서 법원은 신관건물 신축 및 주차장 운영과 관련된 공통매입세액 안분 계산 시, 재단이 주장한 부가가치세법 시행령 제61조 제4항의 예정사용면적 비율 적용을 배척하고, 병원 전체의 공급가액을 기준으로 한 제61조 제1항의 원칙적인 안분 방식을 적용하는 것이 타당하다고 보았습니다. 이는 신관건물과 주차장업이 면세사업인 의료사업과 실질적으로 독립된 별개의 사업이 아닌, 의료사업의 원활한 운영을 위한 부분으로 해석될 수 있다는 법원의 판단에 근거한 것입니다. 또한 대법원 판례(대법원 2001. 7. 13. 선고 99두11615 판결)를 인용하여, 의료업 등과 별도로 운영하는 주차장업으로만 볼 수 없는 경우에는 병원 전체의 공급가액 비율로 안분해야 한다는 법리를 재확인했습니다.

참고 사항

면세사업과 과세사업을 겸영하는 사업자는 매입세액 안분 계산에 신중해야 합니다. 새로운 건물을 신축하거나 기존 시설을 확장하는 경우, 해당 건물이나 시설이 기존 면세사업과 별개의 독립적인 과세사업에만 사용되는지, 아니면 기존 면세사업과 연관되어 공통으로 사용되는지에 따라 매입세액 안분 방식이 달라집니다. 주차장과 같이 부수적인 서비스가 주요 면세사업(예: 의료업)과 공간적으로 분리되어 운영되더라도, 주요 면세사업의 편의를 위해 제공되는 성격이 강하다면 공통매입세액으로 보아 전체 사업의 과세·면세 공급가액 비율로 안분될 가능성이 큽니다. 자산을 임대하여 과세사업으로 전환하는 경우, 계약서상의 형식뿐만 아니라 실제 자산의 관리 주체, 수익과 비용의 귀속, 이용객에게 제공되는 서비스의 성격 등 실질적인 운영 형태를 종합적으로 고려하여 과세 당국이 판단할 수 있습니다. 따라서 사업자는 겸영사업 관련 자산 취득이나 운영 시 매입세액 안분 계산의 적정성을 사전에 충분히 검토하고, 과세 당국에 제출하는 증빙 자료를 철저히 관리하여 오해의 소지를 줄여야 합니다. 특히 의료법인과 같이 면세사업의 비중이 높은 사업자의 경우, 부수적인 과세사업 관련 매입세액 공제 가능 여부와 그 범위를 명확히 파악하는 것이 중요합니다.