세금 · 행정
주식회사 A는 2005년부터 2011년까지 양주시의 토지를 공동주택 신축사업을 위해 매입하고 대금을 모두 지급했습니다. 해당 토지가 토지거래허가구역 내에 있어 법인 명의로 취득할 수 없었기에, 회사는 개인 명의로 소유권이전등기를 먼저 마치는 명의신탁 방식을 사용했습니다. 이후 토지거래허가구역 지정이 해제되자 회사는 본인 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 및 농어촌특별세(이하 취득세 등)를 납부했습니다. 양주시장은 2011년과 2014년 두 차례 세무조사를 실시했고, 회사가 매매대금을 지급한 날을 '사실상 취득' 시점으로 보아 취득세 등을 추가 부과했습니다. 이에 회사는 첫 번째 세무조사에서 이미 조사된 토지에 대해 다시 조사하는 것은 '중복세무조사 금지' 위반이고, 본인 명의 등기 시 납부한 취득세 등과 별도로 '사실상 취득' 시점에 다시 부과하는 것은 '이중과세'에 해당하며, 가산세 부과에도 정당한 사유가 있다고 주장하며 처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 2007년까지 잔금을 지급한 토지에 대한 재조사는 중복조사 금지에 해당하여 위법하다고 판단했으나, 2008년 이후 잔금을 지급한 특정 토지에 대해서는 재조사 금지 대상이 아니라고 보았습니다. 또한 '사실상 취득'에 따른 취득세 납세의무는 매매대금을 모두 지급한 날 성립하므로 이후 등기는 형식적 요건을 추가한 것일 뿐이며 이중과세가 아니라고 판시했습니다. 명의신탁의 경우에도 동일 법리가 적용된다고 보았습니다. 가산세 부과에 대해서는 법령의 부지나 오해는 정당한 사유가 될 수 없다고 판단하여 회사의 주장을 기각했습니다.
주식회사 A는 공동주택 신축을 위해 토지거래허가구역 내 토지를 매입하는 과정에서, 법인 명의로 취득이 어렵자 개인 명의로 등기하는 명의신탁 방식을 사용했습니다. 회사는 2005년부터 2011년까지 토지 소유자들에게 매매대금을 모두 지급했고, 2010년 12월 15일 토지거래허가구역 지정이 해제되자 본인 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세를 신고 납부했습니다. 그러나 양주시장은 2011년과 2014년에 걸쳐 두 차례 세무조사를 실시하며, 주식회사 A가 매매대금을 모두 지급한 날을 '사실상 취득일'로 보아 취득세 등의 납세의무가 성립했다고 판단했습니다. 이에 따라 이미 회사 명의로 등기할 때 납부한 취득세 등과 별개로 '사실상 취득' 시점에 해당하는 취득세 등을 추가로 부과하는 처분을 내렸습니다. 주식회사 A는 이러한 추가 부과 처분에 대해 크게 세 가지 쟁점을 들어 소송을 제기했습니다. 첫째, 2011년 세무조사 대상이었던 토지에 대해 2014년 다시 조사한 것은 지방세법상 '중복세무조사 금지' 원칙을 위반한 것이라고 주장했습니다. 둘째, '사실상 취득' 시점과 '등기' 시점에 각각 취득세를 부과하는 것은 '이중과세'에 해당하여 위법하다고 주장했습니다. 특히, 토지거래허가구역 내 토지의 경우 허가구역 지정 해제 시점을 사실상 취득 시점으로 보아야 한다고 주장했습니다. 셋째, 이미 취득세를 납부했음에도 또 다시 세금을 부과하는 것은 가산세를 부과할 정당한 사유가 된다고 주장했습니다. 이 사건은 이러한 주식회사 A의 주장과 양주시장의 과세 처분 사이의 정당성 여부를 다루는 분쟁입니다.
법원은 제1심판결 중 양주시 M 및 N 토지에 관한 취득세 11,278,850원(가산세 포함)과 농어촌특별세 1,127,880원(가산세 포함) 부분의 취소를 명한 피고 패소 부분을 취소하고, 해당 부분에 대한 원고의 청구를 기각했습니다. 원고의 항소는 기각되었으며, 소송 총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각각 부담하도록 판결했습니다.
법원은 주식회사 A가 제기한 세금 부과처분 취소 소송에 대해 다음과 같이 결론을 내렸습니다. 첫째, '중복세무조사 금지' 주장에 대해서는 2007년 12월 31일까지 잔금이 지급된 토지에 대한 재조사는 원칙적으로 위법하다고 보았으나, 2008년 6월 18일 이후 잔금이 지급된 양주시 M 및 N 토지는 재조사 금지 대상에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 따라서 M 및 N 토지에 대한 취득세 부과는 적법하다고 보았습니다. 둘째, '이중과세' 주장에 대해서는 부동산 매매대금을 모두 지급한 날 '사실상 취득'에 따른 취득세 납세의무가 성립하며, 이후 소유권이전등기는 형식적 요건을 추가한 것에 불과하므로 새로운 취득세 납세의무가 성립하는 것이 아니라고 판단했습니다. 이는 3자간 명의신탁의 경우에도 동일하게 적용되며, 토지거래허가구역 내 토지라 하더라도 잔금 지급일에 사실상 취득한 것으로 보아야 한다고 하여 이중과세 주장을 받아들이지 않았습니다. 셋째, '가산세 부과의 정당한 사유' 주장에 대해서는 법령의 부지(모름)나 오해는 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유가 될 수 없다고 보았습니다. 회사는 토지 매매대금을 지급한 날 취득세 납세의무가 성립했음을 알았거나 충분히 알 수 있었다고 판단하여, 회사의 주장을 기각했습니다.
