세금 · 행정
○○○㈜는 동해항에 석회석 물류시설을 건설하면서 □□지방해양항만청의 허가를 받는 조건으로 구 청사 부지에 새로운 청사를 지어 기부채납했습니다. 회사는 이 물류시설 설치 비용과 기부채납 비용에 대해 세법상의 임시투자세액공제를 신청했으나, BB세무서장은 물류시설 설치 비용만 공제하고 기부채납 비용은 공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부했습니다. 또한, 세무서는 임시투자세액공제 허용으로 인해 발생한 농어촌특별세 과소신고 가산세를 부과했습니다. 이에 ○○○㈜는 세무서의 거부처분과 부과처분에 불복하여 소송을 제기했습니다. 법원은 기부채납 비용 역시 물류시설 취득 및 사업 사용을 위한 필수적인 투자 비용으로 인정하여 세금 공제 대상에 해당한다고 보았습니다. 한편, 농어촌특별세 가산세 부과처분은 소송 도중 세무서가 직권으로 취소했으므로, 이 부분에 대한 소송은 소의 이익이 없어 부적법하다고 판단하여 각하했습니다.
○○○㈜는 동해항에 석회석 물류시설(선적기, 사일로 등)을 조성하기 위해 □□지방해양항만청에 공사 시행 허가를 신청했습니다. 항만청은 구 항만법에 따라 허가를 내주면서, 구 청사 부지를 ○○○㈜가 사용하는 대신 새로운 청사(지하 1층, 지상 4층, 연면적 4,991㎡)를 신축하여 기부채납할 것을 허가 조건으로 내걸었습니다. ○○○㈜는 선적기 설치에 22,336,399,273원, 사일로 설치에 약 500억 원, 그리고 이 기부채납에 약 170억 원을 지출했습니다. 이후 ○○○㈜는 이 비용들이 임시투자세액공제 대상이라고 주장하며 BB세무서장에 경정청구를 했으나, 세무서는 물류시설 설치 비용은 인정하면서도 기부채납 관련 비용은 공제 대상이 아니라고 판단하여 경정청구를 거부하고, 추가로 농어촌특별세 가산세 28,595,639원을 부과했습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 물류시설 건설 허가의 조건으로 지출된 기부채납 비용이 조세특례제한법상의 임시투자세액공제 대상인 '사업용 자산을 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자'에 포함되는지 여부입니다. 또한, 세무서가 직권으로 취소한 농어촌특별세 가산세 부과처분에 대한 취소 소송이 적법한지도 쟁점이었습니다.
법원은 제1심 판결 중 피고(BB세무서장) 패소 부분인 2010년 및 2011년 농어촌특별세 가산세 부과처분 취소 명령을 취소하고, 해당 부분에 대한 원고(○○○㈜)의 소송을 각하했습니다. 반면, 피고의 나머지 항소(기부채납 비용에 대한 임시투자세액공제 거부처분 관련)는 기각했습니다. 이는 기부채납 비용이 임시투자세액공제 대상임을 인정한 것입니다. 소송총비용은 피고가 부담하도록 했습니다.
법원은 물류시설 건설 허가를 받기 위해 필수적으로 요구된 기부채납 비용은 사업용 자산을 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자 비용에 해당한다고 판단했습니다. 기부채납이 없었다면 물류시설 건설 자체가 불가능했으므로, 이는 투자의 필수적인 일부분으로 본 것입니다. 따라서 기부채납 비용에 대한 세금 공제 거부처분은 위법하다고 보았습니다. 그러나 농어촌특별세 가산세 부과처분은 세무서장이 이미 직권으로 취소했기 때문에, 더 이상 다툴 대상이 존재하지 않아 소송을 제기할 이익이 없다고 보아 관련 소송을 각하했습니다.
이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.
구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 및 관련 시행령, 시행규칙: 이 법령들은 물류산업을 영위하는 내국법인이 기획재정부령으로 정하는 사업용 자산을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자에 대해 임시투자세액공제를 받을 수 있도록 규정하고 있습니다. 본 판례에서는 물류시설(사일로 등)을 건설하기 위해 항만청의 허가 조건으로 요구된 기부채납 비용 또한 해당 물류시설을 취득하여 사업에 사용하기 위한 필수적인 지출로 보았습니다. 즉, 기부채납이 없었다면 물류시설 건설 자체가 불가능했으므로, 이 비용은 단순한 기부가 아닌 투자의 일부분으로 해석되어 조세특례제한법의 입법 취지인 기업 설비투자 촉진 목적에 부합한다고 판단했습니다.
행정처분 취소소송의 소의 이익 (대법원 2006. 9. 28. 선고 2004두5317 판결 등 참조): 행정소송법상 행정처분 취소 소송은 행정처분이 존재하는 경우에만 제기할 수 있으며, 만약 해당 처분이 이미 취소되어 효력을 상실했다면 소송을 통해 얻을 이익이 없어 부적법하게 됩니다. 본 판례에서 농어촌특별세 가산세 부과처분은 세무서장이 소송 도중 직권으로 취소했기 때문에, 이미 효력을 상실한 처분에 대해 취소를 구하는 소송은 소의 이익이 없는 것으로 보아 각하되었습니다.
정부나 공공기관의 인허가 과정에서 사업에 필수적인 조건으로 발생하는 기부채납 비용도 특정 요건을 충족하면 임시투자세액공제 대상이 될 수 있습니다. 세법상 투자세액공제 적용 여부를 판단할 때는 관련 시설의 취득 및 사업 사용을 위한 필수적이고 불가피한 지출이었는지를 폭넓게 고려해야 합니다. 또한, 행정처분에 대한 불복 소송을 제기하기 전에는 해당 처분이 여전히 유효한지, 즉 소송을 통해 얻을 이익이 존재하는지를 반드시 확인해야 합니다. 만약 처분청이 소송 도중 직권으로 처분을 취소하는 경우, 해당 부분에 대한 소송은 각하될 수 있습니다. 초기 세금 신고 시 공제 대상을 누락했더라도, 법정 기간 내에 경정청구를 통해 세금 공제를 받을 수 있습니다.
