세금 · 행정
원고인 주식회사 A는 특수관계법인인 주식회사 B와 아파트 신축 도급계약을 체결하고, 별도로 전문공사업체들과 특정 공사를 위한 도급계약을 맺었습니다. 과세당국은 A가 쟁점 공사비를 B에게 시가보다 과다하게 지급하여 부당행위계산부인 규정을 적용해야 하고, A가 G 아파트 발코니 확장 공사를 무상으로 제공했다고 신고했으나 실질적으로는 분양대금에 포함되어 부가가치세 과세 대상이라고 판단하여 법인세와 부가가치세를 부과했습니다. 원고는 이러한 처분이 위법하다며 소송을 제기했습니다.
아파트 건설 사업을 시행하던 회사가 특수관계법인인 건설사와 도급계약을 맺고, 특정 전문 공사에 대해서는 별도 업체와 계약을 체결했습니다. 이때 세무당국은 별도 계약된 전문 공사의 비용이 실질적으로 특수관계법인에게 과다하게 지급되었거나, 특수관계법인이 부담해야 할 비용을 대신 부담한 것으로 보아 법인세 부당행위계산부인 규정을 적용하여 세금을 부과했습니다. 또한, 아파트 발코니 확장 공사를 모집 공고에서 '무상 시공'이라고 밝혔으나, 세무당국은 내부 자료와 실제 분양 형태를 근거로 확장 공사 비용이 분양대금에 포함되어 유상으로 제공된 것으로 보고 부가가치세를 부과했습니다. 이로 인해 총 100억 원 이상의 법인세와 4억 원 이상의 부가가치세가 부과되자, 회사는 세금 부과 처분의 위법성을 주장하며 행정소송을 제기하게 되었습니다.
세무서가 당초 처분 사유를 변경한 것이 적법한지, 당초 처분 사유인 특수관계법인에 대한 공사대금 과다 지급 주장이 인정되는지, 발코니 확장 공사를 무상으로 제공한 것으로 볼 수 있는지, 해당 공사비에 대한 부가가치세 부과 처분 및 과세표준 산정이 정당한지 여부가 주요 쟁점입니다.
법원은 법인세 부과 처분과 관련하여 세무서가 처분 사유를 변경한 것은 당초 처분 사유와 기본적 사실관계의 동일성이 없으므로 허용되지 않는다고 보았습니다. 또한, 당초 처분 사유인 특수관계법인에 대한 공사대금 과다 지급 여부에 대해서는 과세관청이 시가를 입증하지 못했으므로 이를 인정하지 않았고, 이에 따라 관련 법인세 부과처분 및 결손금 감액경정처분 전부를 취소했습니다. 반면, 발코니 확장 공사비에 대한 부가가치세 부과 처분에 대해서는 모집 공고상 '무상 시공 예정'이라고 기재되었지만, 원고의 사업계획서 등 내부 문건과 실제 분양 방식(일괄 확장형 공급, 선택권 없음)을 고려할 때 분양대금에 실질적으로 포함되어 대가를 받은 것으로 보아 부가가치세 과세 대상에 해당한다고 판단했습니다. 또한, 세무서의 공급가액 산정도 정당하다고 인정하여 부가가치세 부과 처분은 유지되었습니다.
결론적으로 법원은 피고(부산진세무서장)가 원고에게 부과한 법인세 약 103억 원 및 결손금 감액경정처분을 취소하고, 부가가치세 약 4억 4천만 원 부과 처분은 정당하다고 보아 원고의 부가가치세 청구를 기각했습니다. 소송비용은 피고가 90%, 원고가 10%를 각각 부담하게 되었습니다.
이 사건에서는 다음과 같은 법령과 법리가 적용되었습니다.
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인): 특수관계인과의 거래에서 회사의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 과세당국은 그 법인의 행위 또는 소득 금액을 다시 계산할 수 있습니다. 이때 그 기준이 되는 '시가'는 건전한 사회 통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되는 가격을 말하며, 시가에 대한 입증 책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다.
국세기본법 제14조 제1항, 제2항 (실질과세의 원칙): 세법의 해석 및 적용은 과세의 대상이 되는 소득, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용합니다. 이는 조세 회피 행위를 규제하고 과세의 형평을 실현하기 위한 중요한 원칙으로, 외형상 무상 서비스로 보였던 발코니 확장 공사에 대해 실질적으로 대가가 오갔다고 판단한 근거가 되었습니다.
부가가치세법 제4조 (과세대상), 제12조 제2항 (용역의 공급): 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 것은 부가가치세 과세 대상이나, 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 원칙적으로 용역의 공급으로 보지 않습니다. 하지만 이 판결은 용역의 가액이 확정되어 있거나 당사자 사이에 용역 공급에 대한 대가로 볼 수 있는 것이 수수되었다면 과세 대상이 된다는 예외를 적용했습니다.
행정소송법상 처분 사유 변경의 한계 (기본적 사실관계의 동일성): 과세처분 취소소송에서 처분청은 사실심 변론종결 시까지 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분 사유를 추가 또는 변경할 수 있습니다. 이때 '기본적 사실관계의 동일성'은 처분 사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적 사실에 착안하여 그 기초인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지에 따라 결정됩니다. 법원은 이 사건에서 법인세 부과 관련하여 변경된 처분 사유가 당초 처분 사유와 이 기준을 충족하지 못한다고 판단했습니다.
주택법 제54조 제1항 및 「공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙」 제4조: 공동주택 분양 시 사업주체는 발코니 확장과 같은 추가 선택 품목의 비용을 분양가격과 구분하여 입주자 모집 공고에 제시하고 입주자가 선택할 수 있도록 해야 합니다. 법원은 이 규정에 따라 모집 공고에 기재된 발코니 확장 공사비를 실제 공급 대가를 반영하는 것으로 보아 부가가치세 과세표준 산정의 근거로 인정했습니다.
회사가 특수관계인과 거래하는 경우, 계약 내용이나 거래 가격이 통상적인 시장 상황과 현저히 차이 나지 않도록 유의해야 합니다. 과세당국은 특수관계인 간의 거래에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 있으며, 이때 거래의 시가를 입증할 책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 무상으로 제공한다고 표기된 서비스라도, 실질적으로 그 대가가 다른 용역이나 재화의 공급 대가에 포함되어 있다고 판단되면 부가가치세 과세 대상이 될 수 있습니다. 특히 공동주택 분양 시 발코니 확장과 같은 추가 선택 품목은 주택법 및 관련 규칙에 따라 분양가격과 구분하여 명확히 표시하고 수분양자에게 선택권을 부여해야 합니다. 만약 회사가 내부적으로는 대가를 포함한 것으로 계획하고 일괄적으로 확장 공사를 제공한다면, 외형상 무상으로 제공하는 것처럼 보이더라도 실질과세 원칙에 따라 과세될 수 있음을 인지해야 합니다. 과세 처분 사유가 행정심판이나 소송 과정에서 변경될 경우, 변경된 사유가 당초 처분 사유와 기본적 사실관계의 동일성을 유지해야만 적법하게 인정됩니다. 특히 법인세와 같이 과세 기간이 중요한 경우, 과세 기간을 변경하는 취지의 처분 사유 변경은 허용되지 않을 수 있습니다.
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