선박용품 제조회사의 법인세 일부 취소 판결

주식회사 A는 선박용품 제조업체로, 북부산세무서장으로부터 2013년부터 2017년 사업연도까지 총 62억여 원의 법인세 등을 부과받았습니다. 세무서의 부과 처분은 주로 주식회사 A가 특수관계법인인 주식회사 B와 477억여 원 상당의 가공거래를 통해 세금계산서를 발급받았다는 점, 감사 C에게 지급된 6억여 원의 급여와 4천4백여만 원의 접대비가 실질적인 업무와 무관하다는 점, 대표이사 D에게 지급된 10억여 원의 직무발명보상금이 절차적 하자로 정당성이 없다는 점, 그리고 166억여 원의 매출을 누락했다는 점에 근거했습니다. 주식회사 A는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나, 매출누락 부분에 대해서만 재조사 결정이 내려지고 나머지 청구는 기각되자 법원에 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A (원고): 선박용품 제조업을 하는 법인으로, 피고의 법인세 등 부과처분에 대해 소송을 제기한 회사입니다.
• 북부산세무서장 (피고): 주식회사 A에 법인세 등을 부과한 세무 당국입니다.
• 주식회사 B: 2013년 2월에 설립된 조선기자재 무역업 등을 하는 법인으로, 주식회사 A와 업무대행계약을 체결하여 가공거래 의혹을 받았습니다.
• C (감사): 주식회사 A의 감사이자 대표이사 D의 배우자로, 감사 급여 및 접대비의 손금산입 여부가 쟁점이 된 인물입니다.
• D (대표이사): 주식회사 A의 대표이사로, 직무발명보상금 지급 및 주식회사 B 설립과 관련하여 쟁점이 된 인물입니다.

분쟁 상황

이 사례는 기업이 특수관계법인과의 거래를 통해 조세를 회피하려 했다는 의혹을 받거나, 임원 보수 및 접대비, 직무발명보상금 등 비용 처리의 적정성에 대해 과세당국과 이견이 발생한 상황에서 법적 다툼이 벌어진 경우를 보여줍니다. 특히, 특수관계인과의 거래나 임직원 보상에서 형식적인 절차뿐만 아니라 실질적인 타당성을 입증하는 것이 얼마나 중요한지 시사합니다.

핵심 쟁점

주식회사 A는 다음 세 가지 처분사유에 따른 법인세 부과가 위법하다고 주장했습니다.

1. 가공거래 여부: 주식회사 A와 주식회사 B 간의 약 477억 원 상당의 업무대행계약이 실제 재화나 용역의 공급 없이 이루어진 가공거래인지 여부.
2. 감사 급여 및 접대비의 손금산입 여부: 감사 C에게 지급된 약 6억 7백만 원의 급여와 약 4천4백만 원의 접대비가 실질적인 감사업무 수행의 대가로서 법인세상 손금으로 인정되어야 하는지 여부.
3. 직무발명보상금의 손금산입 및 세액공제 적용 여부: 대표이사 D에게 지급된 약 10억 3천6백만 원의 직무발명보상금이 발명진흥법상 절차 규정을 준수하지 않아 손금산입 및 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외된 것이 적법한지 여부.

법원의 판단

법원은 피고 북부산세무서장이 주식회사 A에 부과한 법인세 등 부과처분 중 일부 사업연도에 대한 처분을 취소했습니다. 구체적인 판단은 다음과 같습니다.

1. 가공거래 여부 (처분사유 ①)​: 주식회사 A 승소. 법원은 주식회사 A와 B가 독립적인 금융거래를 지속하고 부가가치세 및 법인세를 신고·납부해왔으며, B가 납품업체들과 독립적인 거래를 하고 직원을 고용하는 등 실체가 있다고 보았습니다. 또한 검찰의 불기소 결정과 다른 법원의 유사 판결을 근거로 가공거래라는 피고의 주장을 받아들이지 않아 관련 매입세액 불공제 및 손금불산입 처분이 위법하다고 판단했습니다.
2. 감사 급여 및 접대비 (처분사유 ②)​:
   • 감사 급여: 주식회사 A 패소. 법원은 감사 C이 대표이사 D의 배우자이며 상근하지 않고, 실질적인 감사 업무 수행을 입증할 자료가 부족하며, 다른 상근 임원들에 비해 급여 액수가 상당히 크다는 점 등을 고려할 때, 지급된 급여가 직무집행의 정상적인 대가라기보다는 이익 분여 목적이므로 손금불산입 처분은 적법하다고 판단했습니다.
   • 접대비: 주식회사 A 일부 승소. 법원은 감사 C이 실제로 사용한 것으로 인정되는 법인카드 내역(3장의 카드 사용분 및 특정 모임 식대 2건, 총 926,250원과 1,020,000원)에 대해서는 손금불산입이 정당하다고 보았으나, 나머지 카드 사용 내역이나 세금계산서 발행 내역 중 C이 사용했다고 보기 어려운 부분에 대해서는 손금불산입 처분이 위법하다고 판단했습니다.
3. 직무발명보상금 (처분사유 ③)​: 주식회사 A 패소. 법원은 직무발명심의위원회 회의록의 신뢰성에 의심이 들고, 발명진흥법에서 정한 위원회 운영 절차, 보상규정 작성 및 변경 시 종업원 동의 절차 등을 준수했음을 인정할 자료가 부족하다고 보았습니다. 이에 따라 대표이사 D에게 지급된 보상금이 발명진흥법상 '정당한 보상금'에 해당하지 않으므로 손금불산입 및 세액공제 적용 배제 처분이 적법하다고 판단했습니다.

결과적으로, 이 사건 각 처분 중 처분사유 ①(가공거래 관련)과 처분사유 ②(감사 접대비 중 일부)에 따른 세액 부분이 위법하여 취소되어야 할 부분으로 인정되었습니다. 법원은 제출된 증거와 자료만으로는 가산세를 포함한 전체 부과 처분 금액 중 정당한 세액을 산출하기 어렵다고 판단하여, 2013년부터 2017년까지 각 사업연도의 법인세 부과처분 일부를 취소하였습니다. 구체적인 취소 금액은 2013 사업연도 44,013,615원, 2014 사업연도 300,599,319원, 2015 사업연도 799,976,311원, 2016 사업연도 905,255,916원, 2017 사업연도 349,267,412원입니다.

결론

법원은 북부산세무서장이 주식회사 A에 부과한 법인세 등 처분 중 주식회사 A와 특수관계법인 B 간의 거래를 가공거래로 본 부분과 감사 C의 접대비 일부를 손금불산입한 부분이 위법하다고 판단하여, 해당 사업연도에 대한 법인세 부과처분 일부를 취소했습니다. 주식회사 A의 다른 쟁점들(감사 급여, 직무발명보상금)에 대한 주장은 받아들여지지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 판결에서 주로 적용된 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 과세처분 적법성 입증책임 (대법원 2000두963 등)​: 과세처분의 적법성은 과세관청이 입증해야 하며, 납세의무자는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 여러 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과중한 세금 회피 목적이더라도 가장행위에 해당하지 않는 한 그 선택은 존중되어야 합니다.
• 가공거래 판단 기준 (부가가치세법 제16조 제1항, 대법원 2012두8263 등)​: 재화나 용역을 공급받는 자가 누구인지를 결정할 때 계약 당사자, 내용, 용역 공급 목적, 대가 지급 관계 등 여러 사정을 고려해야 합니다. 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 거래 당사자의 목적, 경위, 태양, 이익 귀속 주체, 재화 이동 과정, 대가 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단해야 합니다.
• 임원 보수 손금산입 요건 (구 법인세법 제19조 제1항, 제26조 제1호, 법인세법 시행령 제43조 제1항, 대법원 2015두60884 등)​: 법인이 임원에게 지급하는 보수는 원칙적으로 손금산입 대상이나, 지배주주 또는 특수관계인 임원의 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중, 다른 임원 또는 동종업계 보수와의 격차, 정기성, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주 배당금 지급 여부, 소득 감소 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때 직무집행의 정상적인 대가가 아니라 이익 분여 목적이라고 판단되면 손금불산입 대상인 상여금으로 보아 손금에 산입할 수 없습니다.
• 직무발명보상금의 손금산입 및 세액공제 요건 (구 조세특례제한법 제10조 제1항, 구 법인세법 제19조 제1항, 발명진흥법 제15조, 제17조 등, 대법원 2013두2655 등)​: 직무발명보상금이 법인세상 손금에 산입되거나 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되려면 발명진흥법에서 정한 직무발명심의위원회 구성 및 운영 절차, 보상규정 작성 및 변경 절차, 보상액 산정 기준 등 절차 규정을 준수하여 '정당한 보상금'으로 인정되어야 합니다.
• 과세처분 취소 범위 (대법원 2020두72935 등)​: 과세처분 취소 소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 판단하며, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있습니다. 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되면 그 초과 부분만 취소하지만, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수 있습니다. 단, 법원이 직권으로 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아닙니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고하세요.

• 특수관계법인과의 거래 명확화: 특수관계법인과의 거래는 실제 재화나 용역의 공급이 명확하며, 독립적인 경제주체로서 존재한다는 객관적인 증거를 충분히 확보해야 합니다. 독립적인 금융거래 내역, 세금 신고 및 납부 기록, 거래처의 인식, 인력 및 물적 자원의 독립성 등을 입증할 자료를 갖추고, 단순한 조세 회피 목적만으로는 거래의 효력이 부인되지 않을 수 있지만, '가장행위'로 판단되지 않도록 주의해야 합니다.
• 임원 보수의 정당성 확보: 임원에게 지급되는 보수는 그 직무집행에 대한 정상적인 대가여야 합니다. 특히 지배주주 또는 특수관계인 임원의 경우, 실제 수행하는 직무 내용, 업무 기여도, 다른 임원이나 동종업계 임원들의 보수 수준 등을 고려하여 합리적인 보수 지급 기준을 마련하고, 실질적인 업무 수행 여부에 대한 객관적인 증빙(업무 일지, 성과 보고서 등)을 철저히 관리해야 합니다. 명목상 임원에게 과다한 보수를 지급하는 경우 손금불산입될 수 있습니다.
• 직무발명보상금 절차 준수: 직무발명보상금은 발명진흥법에서 정한 절차(직무발명심의위원회 구성 및 운영, 보상규정 작성 및 종업원 과반수의 동의, 보상액 산정 기준의 합리성 등)를 반드시 준수해야 합니다. 절차적 하자가 있다면 '정당한 보상금'으로 인정받기 어려워 법인세상 손금산입 및 연구·인력개발비 세액공제 혜택을 받지 못할 수 있습니다. 관련 서류는 실제 절차에 따라 정확하게 기록하고 소급하여 작성하는 것을 피해야 합니다.
• 법인카드 사용 내역 관리: 법인카드 사용 내역은 개인적 사용이 아닌 업무 관련성이 명확해야 하며, 누가, 언제, 어디서, 무엇을 위해 사용했는지에 대한 증빙을 철저히 관리해야 합니다. 불분명하거나 사적 사용으로 의심되는 내역은 접대비 또는 개인 경비로 처리되어 손금불산입될 수 있습니다.