자기주식 취득가액 산정 관련 법인세 부과 취소 판결

원고인 GGG는 AAA 주식회사를 합병한 회사로, AAA은 과거 BBB 주식회사로부터 주식을 매입하면서 풋백옵션 약정을 체결하고, 이후 주가 하락에 따라 풋백옵션을 행사한 BBB으로부터 자기주식 1,671,930주를 270억 원에 취득했습니다. 원고가 이 중 1,361,883주(쟁점주식)를 10,375,461,105원에 처분하자, 피고 OO세무서장은 자기주식의 취득가액을 당시 주식의 시가인 1주당 5,450원으로 보아 원고가 약 29억 5천만 원의 양도차익을 얻었다고 판단, 2005 사업연도 법인세 1,989,762,950원을 부과했습니다. 그러나 원고는 자기주식 취득가액이 약정상 1주당 16,149원이라고 주장하며 양도차익이 없다고 다퉜습니다. 법원은 IMF 당시 회사 생존을 위한 불리한 거래 조건과 풋백옵션 약정의 실질을 고려하여, AAA이 지급한 270억 원 전부가 자기주식 취득 대가이며, 약정 당시 특수관계자가 아니었으므로 부당행위계산 부인 대상이 아니라고 판단했습니다. 결과적으로 피고의 법인세 부과처분 중 625,754,277원을 초과하는 부분을 위법하다고 보아 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 GGG: 건설, 토목업을 영위하는 회사로 AAA 주식회사를 흡수합병한 법인.
• 피고 OO세무서장: 원고에게 2005 사업연도 법인세를 부과한 세무 당국.
• AAA 주식회사: GGG에 흡수합병된 회사로, BBB 주식회사와 주식 매입 및 풋백옵션 약정을 체결하고 자기주식을 취득함.
• BBB 주식회사: AAA의 유상증자에 참여하여 주식을 인수한 후, 풋백옵션을 행사하여 AAA에 자기주식 환매를 요청한 회사.

분쟁 상황

이 사건 분쟁은 1990년대 말 IMF 외환 위기 당시 시작되었습니다. AAA은 부채비율 200% 이하 유지라는 정부 권고와 금융기관의 대출 압박 속에서 부채비율 338.3%로 자금 위기에 처해 있었고, BBB 역시 누적 결손으로 퇴출 위기에서 벗어나기 위해 자본금 확충이 절실했습니다. 이에 두 회사는 서로에게 증자가 필요한 상황에서, BBB이 AAA의 주식을 주당 15,000원에 인수하되, 주가 하락 시 AAA이 1주당 15,000원에 연 3% 수수료를 더한 금액으로 환매해주는 실질적인 풋백옵션 약정을 체결했습니다. BBB은 이 약정에 따라 300억 원 상당의 AAA 주식 200만 주를 인수했지만, 이후 AAA의 주가가 지속적으로 하락하자 풋백옵션을 행사하여 AAA에게 주식 환매를 요구했습니다. AAA은 1999년 12월 30일 BBB으로부터 자기주식 1,671,930주를 270억 원에 다시 취득했습니다. 이후 AAA을 합병한 원고 GGG가 이 자기주식 중 일부인 쟁점주식을 처분했는데, 세무서(피고)는 자기주식 취득가액을 당시 시가인 1주당 5,450원으로 보고 원고가 약 29억 5천만 원의 양도차익을 얻었다며 법인세를 부과했습니다. 이에 원고는 세무서의 법인세 부과가 부당하다고 주장하며 법원에 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 법인이 자기주식을 취득할 때 약정에 따라 시가보다 높은 금액을 지급한 경우, 이 금액 전체를 자기주식의 취득가액으로 볼 것인지 아니면 시가를 초과하는 부분을 손해배상금 등으로 보아 취득가액에서 제외할 것인지 여부입니다. 둘째, 이러한 거래가 법인세법상 '부당행위계산 부인' 규정의 적용 대상이 되는지, 그리고 부당행위계산 부인 적용 시 판단 기준 시점은 언제인지에 대한 것입니다.

법원의 판단

법원은 피고 OO세무서장이 원고 GGG에 부과한 2005 사업연도 법인세 1,989,762,950원의 부과처분 중 625,754,277원을 초과하는 부분은 위법하다고 보아 이를 취소했습니다. 또한 소송비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 AAA이 BBB 측으로부터 자기주식 1,671,930주를 인수하며 지급한 270억 원 전액이 주식의 취득 대가라고 판단했습니다. 이는 IMF 관리체제 하에서 기업의 생존을 위한 불리한 거래 조건으로 유상증자가 이루어졌고, 풋백옵션 약정이 BBB의 손해를 보전하기 위한 것이었으므로 투자손익분배 약정으로 보기 어렵다는 점, 그리고 AAA이 BBB에 채무 불이행 등 손해배상금을 지급할 사정이 없었다는 점 등을 종합적으로 고려한 결과입니다. 따라서 쟁점주식의 취득가액은 1주당 16,149원(= 270억 원 ÷ 1,671,930주)으로 보아야 한다고 판단했습니다. 또한, 법인세법상 부당행위계산 부인 여부는 풋백옵션을 부여한 약정 체결 시점을 기준으로 판단해야 하는데, 이 사건 약정일인 1999년 6월 23일 당시 원고와 BBB은 특수관계에 있지 않았으므로 부당행위계산 부인을 적용할 수 없다고 보았습니다. 결론적으로 원고는 쟁점주식을 처분하면서 이익을 얻지 못했으므로, 피고의 법인세 부과처분 중 상당 부분은 위법하여 취소되어야 한다고 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

이 판결에는 주로 다음과 같은 법률 및 법리가 적용되었습니다.

1. 법인세법 제41조(자산의 취득가액) 및 시행령 제72조(자산의 취득가액 등)​ 이 법령은 내국법인이 타인으로부터 자산을 매입할 경우 그 취득가액을 매입가액에 취득세, 등록세 및 기타 부대비용을 더한 금액으로 본다고 규정합니다. 이 사건에서는 AAA이 BBB으로부터 자기주식을 환매하면서 지급한 270억 원 전체가 주식의 취득가액에 해당하는지가 쟁점이었습니다. 법원은 IMF 당시 기업 생존을 위한 불리한 거래 조건, 풋백옵션의 손실 보전 성격 등을 고려하여 270억 원 전액을 자기주식의 취득 대가로 인정했습니다.

2. 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) 및 시행령 제87조(특수관계자의 범위), 제88조(부당행위계산의 유형 등)​ 이 법령들은 법인의 행위나 소득금액 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정될 경우, 세무서장이 해당 행위나 계산을 부인하고 법인의 각 사업연도 소득금액을 다시 계산할 수 있다고 규정합니다. 특히 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 '고가매입'의 경우가 부당행위계산의 유형 중 하나로 명시되어 있습니다. 이 사건에서는 자기주식 취득 시점에 시가보다 높은 금액을 지급했으므로 부당행위계산 부인 적용 여부가 문제 되었지만, 법원은 부당행위계산 부인 여부의 판단 기준 시점을 거래 약정 체결 시점으로 보아야 하며, 약정일인 1999년 6월 23일 당시 원고와 BBB이 특수관계자가 아니었으므로 부당행위계산 부인을 적용할 수 없다고 판단했습니다.

3. 실질과세의 원칙 세법의 기본적인 원칙 중 하나인 실질과세의 원칙은 과세의 대상을 법률행위의 형식이나 명칭에 얽매이지 않고 그 실질적인 내용에 따라 판단하여야 한다는 것입니다. 이 사건에서 법원은 계약서의 내용뿐만 아니라 당사자의 의사, 계약 체결의 경위, 대금의 지급 방법, 거래의 경과 등 거래의 전체 과정을 실질적으로 파악하여 자기주식 취득 대금의 성격을 판단했습니다. 특히 IMF 당시의 특수한 경제 상황과 기업의 생존이라는 목적 하에 이루어진 거래임을 고려하여, 시가와의 차액을 손해배상금이 아닌 자기주식의 취득가액으로 보아야 한다고 결정했습니다.

참고 사항

기업 간의 주식 거래에서 풋백옵션과 같이 복잡한 조건이 포함될 경우, 해당 약정의 배경과 실제 목적을 명확히 문서화하고 보관하는 것이 중요합니다. 이는 향후 세무 조사나 법적 분쟁 발생 시 거래의 실질을 입증하는 데 결정적인 증거가 될 수 있습니다. 또한, 주식 취득가액을 산정할 때 시가와 차이가 나는 금액이 있다면, 그 차액이 단순한 매매 대가를 초과하는 손해배상금인지, 아니면 특수한 사정으로 인한 정당한 취득 대가인지를 명확히 구분하고 관련 증빙을 철저히 갖추어야 합니다. 법인세법상 부당행위계산 부인 규정은 특수관계자 간의 거래에 적용되므로, 관계사 간 거래를 진행할 때는 약정 체결 시점의 특수관계자 여부와 그 거래가 법인 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시키는지 여부를 사전에 면밀히 검토해야 합니다. 과거에 발생한 거래로 인해 세금 문제가 뒤늦게 불거질 수 있으므로, 기업은 중요한 거래에 대한 기록을 철저히 유지하고, 문제가 발생할 기미가 보이면 지체 없이 법률 및 세무 전문가와 검토하는 것이 중요합니다.