적격분할 후 사업 폐지 판단 기준에 대한 취득세 추징 사건

회사를 분할하여 새로운 법인을 설립하는 과정에서 특정 자산에 대한 취득세 면제를 받았다가, 이후 면제받은 취득세가 추징된 사안입니다. 분할신설법인이 적격분할로 취득세를 면제받은 후 일부 자산을 처분하자 지방자치단체가 '사업을 폐지했다'고 판단하여 취득세를 추징했습니다. 대법원은 적격분할 후 사업 폐지 여부를 판단할 때 단순히 처분된 특정 자산뿐만 아니라 분할법인으로부터 승계받은 '지배목적의 주식' 가치도 포함하여 '승계받은 사업 전체'를 기준으로 판단해야 한다고 보아, 추징 처분이 정당하다고 본 원심 판결을 파기하고 사건을 다시 심리하도록 돌려보냈습니다.

관련 당사자

• 원고 (티지인베스트먼트 주식회사): 분할신설법인으로, 기존 법인(성진상사)으로부터 부동산과 계열사 지배 목적 주식 등을 승계받아 설립되었고 적격분할로 인정되어 취득세 면제를 받았으나 이후 추징 처분을 받았습니다.
• 피고 (서울특별시 종로구청장): 원고가 사업을 폐지한 것으로 보고 당초 면제했던 취득세 등을 추징하는 처분을 내린 지방자치단체입니다.

분쟁 상황

원고 회사는 기존 회사로부터 부동산과 계열사 지배 목적의 주식 등 사업부문을 승계받아 적격분할로 설립되었습니다. 설립 후 취득세 면제를 받았으나 약 9개월 뒤 승계받았던 약 15억 원 상당의 부동산을 매도하자 피고인 구청은 이를 '사업 폐지'로 간주하고 면제했던 취득세를 추징했습니다. 원고는 자신이 지배목적으로 보유하고 있던 약 200억 원 상당의 주식은 대부분 유지하고 있었음에도 불구하고 부동산 처분만으로 사업 폐지를 판단한 것은 부당하다며 취득세 부과 처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

적격분할로 설립된 회사가 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지했는지 여부를 판단할 때, 지배 목적으로 보유하는 주식의 가치를 승계한 고정자산가액에 포함하여 산정해야 하는지, 그리고 사업 폐지 여부를 개별 사업부문이 아닌 승계받은 사업 전체를 기준으로 판단해야 하는지가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.

결론

대법원은 적격분할 후 사업 폐지 여부를 판단할 때 분할법인으로부터 승계받은 '지배목적 주식'의 가액도 승계한 고정자산가액에 포함하여야 하며 사업 폐지 판단 역시 개별 사업부문이 아니라 '승계받은 사업 전체'를 기준으로 해야 한다고 보았습니다. 원심 법원이 이 같은 법리를 오해하여 특정 부동산 처분만을 기준으로 사업 폐지를 판단한 것은 잘못이라고 지적하며 사건을 다시 심리하도록 고등법원으로 돌려보냈습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 핵심은 적격분할 이후 취득세 감면의 사후 관리 요건인 '사업의 폐지' 판단 기준입니다.

1. 구 조세특례제한법 제120조 제1항 제6호: 적격분할로 인한 재산 취득 시 취득세를 면제하지만 '법인세법 제46조의3 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우'에는 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있습니다.
2. 법인세법 제46조의3 제3항 제1호: 취득세 추징 사유 중 하나로 '분할신설법인이 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우'를 명시하고 있습니다.
3. 법인세법 시행령 제82조의4 제7항: '사업의 폐지'에 대한 구체적인 판정 기준으로 '승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다'고 규정하고 있습니다. 이 판례는 위 법령들이 정하는 '사업 폐지'를 판단할 때 기업 지배를 목적으로 보유하는 주식의 가액도 승계한 고정자산가액에 포함하여 계산해야 하며 개별 사업부문이나 개별 사업장이 아닌 분할법인으로부터 '승계받은 사업 전체'를 기준으로 사업 폐지 여부를 판단해야 한다는 법리를 제시했습니다. 이는 단순히 유형 자산의 처분만을 가지고 사업 폐지를 단정할 것이 아니라 사업의 실질적 연속성과 목적을 종합적으로 고려해야 함을 강조합니다.

참고 사항

회사를 분할하여 특정 사업부문을 승계받고 취득세 감면 혜택을 받았다면 감면 후 일정 기간 동안 승계받은 사업을 유지해야 추징을 피할 수 있습니다. 이때 '사업 폐지' 여부는 단순히 특정 고정자산의 처분뿐만 아니라 승계받은 모든 사업 자산과 활동을 종합적으로 고려하여 판단됩니다. 특히 계열사 지배 목적의 주식처럼 투자 성격이 강해 보이는 자산도 사업의 본질적인 부분이라면 사업 폐지 판단 시 중요하게 고려될 수 있으니, 분할 후 자산 처분이나 사업 운영 방식을 변경할 때는 이러한 세법상 기준을 미리 확인하여 세금 추징 등의 불이익을 당하지 않도록 주의해야 합니다.