한국수력원자력의 물양장 시설공사 부가가치세 부과 취소 판결

한국수력원자력이 방사성폐기물 해상 운반을 위해 약 300억 원을 들여 원자력발전소 물양장과 방파제를 증설했습니다. 이 과정에서 공유수면을 매립하여 새로운 시설물을 건설했으며, 이 시설물과 매립지는 전원개발사업 실시계획에 따라 국가에 귀속되었습니다. 영덕세무서장은 이 공사 비용에 대해 부가가치세 약 49억 9천만 원을 부과했으나, 한국수력원자력은 이에 불복하여 소송을 제기했습니다. 법원은 한국수력원자력의 주장을 받아들여 부가가치세 부과 처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 한국수력원자력 주식회사: 전력자원 개발 및 원자력발전소 설치·운영을 목적으로 설립된 공기업이자 이 사건 공사를 시행한 원고
• 영덕세무서장: 한국수력원자력에 부가가치세를 부과한 피고
• 한국원자력환경공단: 방사성폐기물 관리사업자로서 방사성폐기물을 인수하여 관리하는 기관
• 산업통상자원부장관: 전원개발사업 실시계획 변경신고를 수리하고 고시한 정부기관
• 경상북도지사: 공유수면 매립공사의 준공검사를 승인한 지방자치단체장

분쟁 상황

한국수력원자력은 원자력발전소에서 발생하는 중·저준위 방사성폐기물을 안전하게 해상으로 운반하기 위해 산업통상자원부장관의 승인 아래 총 30,038,629,000원을 투입하여 기존 물양장과 방파제를 증설하고 공유수면을 매립했습니다. 이 매립지와 신규 시설물은 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 및 전원개발촉진법에 따라 국가에 귀속되었습니다. 이후 영덕세무서장은 이 공사비용을 재화의 공급으로 보고 2011년 제1기분 부가가치세 4,991,813,360원을 한국수력원자력에 부과했으며, 한국수력원자력은 이 부과 처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기하여 분쟁이 발생했습니다.

핵심 쟁점

한국수력원자력이 전원개발사업의 일환으로 공유수면을 매립하고 물양장과 방파제를 증설한 후, 이 시설물이 국가에 귀속되었을 때, 이 공사 비용에 대해 부가가치세법상 '재화의 공급'으로 보아 부가가치세를 부과할 수 있는지 여부가 쟁점이 되었습니다. 특히, 공공사업의 성격과 최종 소유권이 국가에 있다는 점이 과세 여부 판단에 중요하게 작용했습니다.

법원의 판단

제1심 판결을 취소하고, 영덕세무서장이 한국수력원자력에 부과한 2011년 제1기분 부가가치세 4,991,813,360원(가산세 포함)의 부과 처분을 모두 취소하며, 소송 총비용은 피고(영덕세무서장)가 부담하도록 결정했습니다.

결론

법원은 한국수력원자력이 전원개발사업 촉진법 및 관련 법령에 따라 시행한 물양장 및 방파제 증설 공사가 공공의 목적을 위한 것이고, 그 결과로 조성된 매립지 및 시설물이 궁극적으로 국가에 귀속되는 특수성을 고려하여, 이를 부가가치세법상 과세 대상인 '재화의 공급'으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 세무서의 부가가치세 부과 처분은 부당하다고 보아 취소했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 부가가치세법 제7조 제2항에서 규정하는 '재화의 공급'이 있었는지 여부와, 전원개발촉진법 및 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 따른 시설물의 귀속 관계가 핵심 쟁점이었습니다. 전원개발촉진법 제6조 제1항 등은 전원개발사업에 따라 조성된 시설이 국가에 귀속될 수 있음을 명시하고 있으며, 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제48조 제1항은 매립에 의해 조성된 토지의 소유권 귀속에 대해 규정합니다. 법원은 한국수력원자력이 이 사건 공사를 시행한 것은 원자력안전법 제70조 제2항에 따라 방사성폐기물 처분을 위한 공공의 필요에 의한 것이며, 전원개발촉진법 제2조에서 정의하는 전원개발사업의 목적 달성을 위한 것이라고 보았습니다. 또한, 이 공사로 조성된 매립지 및 시설물은 준공과 동시에 국유재산법 제6조 제2항, 제30조 제1항, 제34조 제1항 등에 따라 국가에 귀속되므로, 한국수력원자력이 독자적인 재산권을 행사할 수 없는 상황임을 고려했습니다. 이러한 특별법에 따른 귀속은 일반적인 상거래에서의 '재화의 공급'으로 보기 어려워, 부가가치세법상의 과세 요건을 충족하지 않는다고 판단한 것입니다. 이는 공공 목적의 사업 수행과 그에 따른 재산 귀속의 특수성이 부가가치세 과세 여부에 중대한 영향을 미친다는 법리를 보여줍니다.

참고 사항

유사한 상황에서는 다음과 같은 점들을 고려해야 합니다.

• 사업의 공공성: 공익을 위한 사업으로 시설물이 건설되고 그 소유권이 최종적으로 국가나 지방자치단체에 귀속되는 경우, 부가가치세 과세 대상에서 제외될 가능성이 큽니다. 사업의 목적과 법적 성격을 명확히 확인해야 합니다.
• 관련 법규 확인: 전원개발촉진법, 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률, 국유재산법 등 해당 사업에 적용되는 특별법의 규정을 면밀히 검토하여 시설물의 귀속 관계 및 소유권 주체가 누구인지 파악해야 합니다.
• 재화의 공급 여부 판단: 부가가치세법상 '재화의 공급'은 대가를 받고 재화를 인도하거나 양도하는 것을 의미합니다. 공공 목적의 사업으로 인해 조성된 시설물이 특별법에 따라 국가 등에 귀속되는 경우, 독립적인 거래로 보기 어려워 부가가치세 과세 대상이 아닐 수 있습니다.
• 기록 및 증빙 자료 보관: 공사 관련 계약서, 사업계획서, 관련 법규에 따른 인허가 및 승인 서류, 준공검사 서류 등 모든 기록과 증빙 자료를 철저히 보관하여 향후 세금 부과 관련 분쟁 발생 시 근거 자료로 활용할 수 있도록 준비해야 합니다.