세금 · 행정
주식회사 A는 공동주택 신축사업을 위해 2005년부터 2012년까지 토지거래허가구역 내 토지를 매수하였으나, 법인 명의로 취득할 수 없어 일부 토지를 E 등 제3자 명의로 신탁하여 등기하고 관련 세금을 납부했습니다. 2010년 12월 토지거래허가구역 지정이 해제되자, A는 2011년부터 2013년까지 해당 토지들을 본인 명의로 이전등기하면서 취득세 및 농어촌특별세 합계 약 49억 6천만 원을 다시 납부했습니다. 양주시는 2011년 첫 번째 세무조사를 통해 A가 2006년부터 2007년까지 토지를 '사실상 취득'했다고 보고 약 26억 6천만 원의 취득세 등을 부과했습니다. 이후 양주시는 2014년 두 번째 세무조사를 실시하여 2015년 3월 사업부지 전체에 대해 다시 취득세 등 부과처분(총 3건의 부과처분)을 내렸습니다. 이에 A는 두 번째 세무조사가 중복조사금지 원칙을 위반하고, 이미 납부한 세금에 대한 이중과세라고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.
주식회사 A는 공동주택 사업을 위해 토지거래허가구역 내 토지를 명의신탁 방식으로 취득했습니다. 허가구역이 해제되자 A는 토지를 본인 명의로 이전등기하면서 취득세를 다시 납부했습니다. 하지만 양주시는 A가 토지를 '사실상 취득'한 시점에 취득세 납세의무가 발생했다고 판단하여, 두 차례의 세무조사 후 상당한 금액의 취득세를 부과했습니다. 이에 A는 두 번째 세무조사가 위법한 중복조사이며, 이미 납부한 세금에 대한 이중과세라고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기하여 법적 다툼을 벌였습니다.
세무 당국이 동일한 토지에 대해 과거 세무조사를 진행했음에도 다시 세무조사를 실시하여 세금을 부과한 것이 중복조사금지 원칙에 위배되는지 여부와, 토지를 명의신탁 방식으로 '사실상 취득'한 후 본인 명의로 등기하면서 취득세를 납부한 상황에서 '사실상 취득'을 이유로 다시 취득세를 부과하는 것이 이중과세에 해당하는지 여부가 주요 쟁점입니다.
법원은 피고 양주시장이 2015년 3월 24일 원고 주식회사 A에게 한 부과처분 중 원고가 2007년 12월 31일까지 잔금을 지급하여 사실상 취득한 토지(별지 6 목록 기재)에 대한 부과처분을 취소했습니다. 이는 해당 부분에 대한 세무조사가 중복조사금지 원칙에 위배되기 때문입니다. 원고의 나머지 청구, 즉 '사실상 취득'에 따른 취득세 부과가 이중과세에 해당한다는 주장은 기각되었습니다. 소송비용은 원고가 70%, 피고가 30%를 각각 부담하도록 결정되었습니다.
법원은 먼저 중복세무조사 주장에 대해, 구 지방세기본법과 국세기본법의 중복조사금지 규정이 모든 시기의 토지 취득에 적용된다고 보았습니다. 피고가 다른 세무서로부터 '명의신탁 사실'을 통보받은 것만으로는 재조사가 허용되는 '지방세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 따라서 2007년 12월 31일까지 잔금을 지급한 토지에 대한 세무조사는 중복조사에 해당하여 위법하며, 이에 따른 부과처분은 취소되어야 한다고 보았습니다. 다음으로 이중과세 주장에 대해, 법원은 부동산의 취득세 납세의무는 매매대금을 모두 지급하여 '사실상 취득'한 때에 성립하며, 이후 소유권이전등기를 마치는 것은 형식적 요건을 추가로 갖춘 것에 불과하다고 설명했습니다. 이는 명의신탁 후 본인 명의로 등기를 한 경우에도 동일하게 적용되는 법리입니다. 따라서 원고가 잔금을 지급하여 사실상 취득한 시점에 발생한 취득세 납세의무에 대한 부과처분은 적법하며, 원고가 명의신탁 해제 후 본인 명의로 등기하면서 납부했던 취득세 등은 납부 의무가 없는 세금으로 보아야 한다고 판단했습니다. 결과적으로 원고가 이미 납부한 세금 때문에 피고의 적법한 부과처분이 위법해지는 것은 아니라고 보았습니다.
