국민주택 단지 조성 공사의 부가가치세 면제 여부 다툼

주식회사 SS건설이 서울시 도시개발사업 단지조성공사를 수행하면서 국민주택 건설용역과 관련하여 부가가치세 면제를 적용했으나, 세무서가 이를 부인하고 부가가치세를 부과하자 SS건설이 부과처분 취소를 요구한 사건입니다. 법원은 택지조성공사가 국민주택 건설용역에 해당하지 않으며, 과세관청의 처분이 신뢰보호 원칙에 위배되지 않는다고 판단하여 세무서의 손을 들어주었습니다.

관련 당사자

• 주식회사 SS건설 (원고): 서울 **구 **동, **동 일대 KK 도시개발구역의 단지조성공사를 맡은 건설업체입니다.
• ○○세무서장 (피고): 주식회사 SS건설에 부가가치세 부과 처분을 내린 세무 당국입니다.
• PP공사(구 CC공사): 서울특별시가 지정한 KK 도시개발사업의 사업시행자입니다.
• 서울특별시: CC공사에 국민주택 건설사업 부가가치세 감액 조치를 지시한 지방자치단체입니다.

분쟁 상황

2004년 11월 20일 서울특별시장은 낙후된 취락지역 개발 및 서민 주거생활 안정을 위해 CC공사를 사업시행자로 지정하여 서울 **구 **동, **동 일대 485,076.5㎡를 KK 도시개발구역으로 지정했습니다. CC공사는 2007년 2월 8일 단지조성공사를 입찰에 부쳤고 SS건설과 UU건설이 시공자로 선정되어 2007년 4월 11일 공사도급계약을 체결했습니다. 초기 계약에서는 토공사와 그 부대공사 중 국민주택 부지면적 비율에 해당하는 부분이 부가가치세 면제 대상이었으나 서울특별시의 지침에 따라 2007년 12월 17일 CC공사는 SS건설과 변경 계약을 체결하여 총 택지개발공사비 중 국민주택 부지면적 비율에 해당하는 금액을 부가가치세 면제 대상으로 정하고 나머지만 과세대상으로 보았습니다. SS건설은 이 변경 계약에 따라 면세 부분은 계산서를, 과세 부분은 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고·납부했습니다. 하지만 **지방국세청장은 CC공사에 대한 법인정기조사 결과 SS건설이 공급한 택지조성공사용역이 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없어 부가가치세 면제 대상인 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다고 판단하고 관련 과세자료를 피고에게 통보했습니다. 이에 피고인 ○○세무서장은 2013년 7월 22일 2008년 제1기분 부가가치세 56,898,000원에서 10,496,327원을 감액한 금액을 경정·고지했고, 2014년 1월 17일 2008년 제2기분부터 2011년 제2기분까지 총 676,258,920원(2008년 제2기분 307,305,770원, 2009년 제1기분 118,847,430원, 2009년 제2기분 105,931,680원, 2010년 제2기분 58,658,530원, 2011년 제2기분 85,515,510원)의 부가가치세를 각 경정·고지했습니다. SS건설은 이에 불복하여 조세심판 청구를 거쳐 소송을 제기했습니다. 소송 중 피고는 가산세 부분을 직권으로 취소했습니다.

핵심 쟁점

주식회사 SS건설이 수행한 도시개발사업 단지조성공사가 '국민주택 건설용역' 또는 그에 '필수적으로 부수되는 용역'에 해당하여 부가가치세가 면제되어야 하는지 여부와 국세청 및 서울시의 지시를 신뢰한 납세자에게 세금 부과 처분이 신뢰보호 원칙에 위배되는지 여부가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

법원은 원고인 주식회사 SS건설의 청구를 기각하고 피고인 ○○세무서장의 부가가치세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다. 따라서 SS건설은 부과된 부가가치세를 납부해야 하며 소송 비용도 부담하게 되었습니다.

결론

법원은 SS건설이 수행한 단지조성공사가 국민주택 자체를 건설하는 용역이 아니므로 조세특례제한법상의 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다고 보았습니다. 또한, 주된 용역 공급자가 아닌 SS건설이 독립적으로 제공한 공사는 부수용역으로 면세 대상이 될 수 없으며 서울시나 CC공사의 지시, 혹은 국세청의 일반적인 질의회신만으로는 과세관청의 공적 견해 표명으로 볼 수 없어 신뢰보호 원칙을 적용할 수 없다고 판단했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에서는 주로 다음 법령과 법리가 적용되었습니다.

• 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항: 이 법령은 대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정합니다. 시행령에서는 '국민주택 및 그 주택의 건설용역'을 주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택과 그 건설용역이라고 명시하고 있습니다. 법원은 이 규정의 면세 대상은 국민주택 자체의 공급과 그 국민주택 건설에 필수적인 용역에 한정된다고 보았습니다. 이 사건에서 법원은 SS건설의 단지조성공사가 국민주택단지 전체의 기반시설 공사일 뿐 국민주택 자체를 건설하는 용역으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 즉, '국민주택 건설을 위한 용역'이나 '국민주택 건설과 관련된 용역'이 아닌 '국민주택의 건설용역' 자체만을 의미하며 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지 전체의 기반시설 공사는 포함되지 않는다고 해석했습니다.

• 구 부가가치세법 제1조 제4항 및 제12조 제3항: 이 법규는 주된 거래에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래에 포함되는 것으로 보아 동일한 세금 적용을 받는다고 규정합니다. 특히 부가가치세가 면세되는 주된 재화나 용역에 필수적으로 부수되는 재화나 용역도 면세된다고 명시하고 있습니다. 그러나 법원은 면세되는 부수 용역의 범위를 면세되는 주된 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 한정하여 해석해야 한다고 보았습니다. 따라서 SS건설은 국민주택 건설공사 자체를 수행한 것이 아니므로 설령 단지조성공사가 국민주택 건설에 필수적으로 부수되는 용역이라 하더라도 부가가치세 면제 대상이 될 수 없다고 판단했습니다.

• 신뢰보호 원칙: 과세관청이 납세자에게 공적인 견해표명을 하고 납세자가 이를 신뢰하여 행위했으나 과세관청이 그 견해에 반하는 처분을 하여 납세자의 이익이 침해될 경우 적용될 수 있는 법 원칙입니다. 법원은 서울특별시나 CC공사는 과세관청이 아니므로 그들의 지시를 공적인 견해표명으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한 국세청의 일반적인 질의회신은 특정 사안에 대한 공적 견해표명으로 보기 어려우며 원고가 해당 질의회신을 신뢰하고 공사를 진행했다고 볼 증거도 부족하다고 보아 신뢰보호 원칙 적용을 배척했습니다.

참고 사항

건설 사업에서 '국민주택 건설용역'으로 부가가치세 면제를 받으려면, 해당 용역이 국민주택 자체를 건설하는 것에 직접적으로 해당해야 합니다. 단지 전체의 기반 시설 조성 공사는 국민주택이 건설되기 위한 필수적인 과정이더라도, 그 자체를 '국민주택 건설용역'으로 인정받기는 어렵습니다. 조세 감면 규정은 엄격하게 해석되므로 용어의 의미를 법에서 정한 범위 내에서만 적용해야 합니다. '국민주택 건설용역'은 '국민주택 건설과 관련된 용역'보다 좁은 의미로 해석될 수 있습니다. 공공기관이나 지방자치단체의 지침, 또는 국세청의 일반적인 질의회신만으로는 과세관청의 공식적인 견해 표명으로 보기 어려울 수 있습니다. 신뢰보호 원칙이 적용되려면 과세관청이 특정 사안에 대해 명확하고 공적인 견해를 표명하고 납세자가 이를 신뢰하여 행동했으며 그 신뢰에 납세자 귀책사유가 없어야 합니다. 대규모 도시개발사업의 경우 초기 단지 조성 단계에서 국민주택 부지의 위치나 면적이 확정되지 않을 수 있으므로 해당 공사가 국민주택 건설용역으로 인정받기 위해서는 계약 내용과 실제 수행 용역의 구체적인 내용이 중요하며 사업 계획 변경 가능성도 고려해야 합니다.