대학 혁신지원사업비 감액 취소 및 지급 판결

학교법인 A는 B대학교와 C대학교를 운영하며 교육부의 대학 혁신지원사업 등 정부 재정지원사업에 참여했습니다. 교육부의 종합감사 결과, 학교법인 및 소속 대학에 대한 부정·비리 의혹이 제기되어 감사처분 및 임원취임승인 취소 처분이 내려졌고, 관련 형사고발도 있었습니다. 이에 따라 사업 관리·운영을 위탁받은 재단법인 한국연구재단은 '대학 재정지원사업 수혜제한 기준'을 근거로 학교법인 A에 총 4,130,472,000원의 사업비를 감액하겠다고 통보했습니다. 학교법인 A는 이 감액 통보가 부당하다며 한국연구재단을 상대로 감액처분 취소 및 사업비 지급 소송을 제기했고, 예비적으로 대한민국을 상대로 사업비 지급 소송을 병합했습니다. 법원은 한국연구재단의 감액 통보가 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로 한국연구재단에 대한 청구를 각하했습니다. 그러나 감액의 원인이 된 감사처분과 승인취소 처분, 형사고발 혐의가 관련 행정소송 및 형사사건에서 모두 위법하거나 혐의없음으로 확정되었으므로, 사업비 지급 의무의 실질적 주체인 대한민국이 학교법인 A에게 삭감된 사업비 전액과 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 학교법인 A: B대학교와 C대학교를 운영하는 법인으로, 정부 재정지원사업비를 삭감당하여 소송을 제기한 당사자입니다.
• 재단법인 한국연구재단: 교육부로부터 대학 혁신지원사업 등의 관리·운영을 위탁받아 학교법인 A에 사업비 감액을 통보한 전문기관입니다.
• 대한민국: 대학 재정지원사업비의 실질적인 귀속 주체로서, 사업비 지급 의무가 있는 국가입니다.

분쟁 상황

학교법인 A가 운영하는 B대학교와 C대학교는 교육부의 '대학혁신지원사업', '전문대학 혁신지원사업', '사회맞춤형 산학협력 선도전문대학(LINC+) 육성사업'에 참여하여 정부 지원금을 받고 있었습니다. 2019년 교육부의 종합감사 결과, 학교법인 A와 B, C대학교는 총장 등 주요 보직자에 대한 중징계 요구, 임원취임 승인 취소 처분, 교비회계 전출 및 횡령 혐의로 인한 형사 고발 등의 감사처분을 받았습니다. 재단법인 한국연구재단은 이러한 감사처분과 고발을 근거로 '대학 재정지원사업 수혜제한 기준'에 따라 2021년 9월부터 11월까지 이 사건 각 사업의 사업비 총 4,130,472,000원을 감액하겠다고 학교법인 A에 통보했습니다. 이에 학교법인 A는 감액 통보가 부당하다고 주장하며 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

피고 재단법인 한국연구재단의 사업비 감액 통보가 행정소송 대상이 되는 행정처분인지 여부, 사업비 감액 통보가 행정처분이 아니라면, 감액된 사업비를 지급해야 할 의무가 있는 피고가 한국연구재단인지 대한민국인지 여부, 감액 통보의 원인이 된 감사처분 및 형사고발 혐의가 관련 행정소송 및 형사사건에서 부정·비리 사실이 없는 것으로 확정된 경우, 감액된 사업비를 지급받을 수 있는지 여부.

법원의 판단

1. 원고의 피고 재단법인 한국연구재단에 대한 소(주위적 청구 및 예비적 청구)는 모두 각하한다.
2. 피고 대한민국은 원고에게 4,130,472,000원 및 이에 대하여 2024년 1월 12일부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.
3. 소송비용 중 원고와 피고 재단법인 한국연구재단 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하고, 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분은 피고 대한민국이 부담한다.
4. 제2항은 가집행할 수 있다.

결론

법원은 재단법인 한국연구재단이 학교법인 A에게 한 사업비 감액 통보는 공법상 계약의 내용에 따른 통보일 뿐 행정처분으로 볼 수 없으므로, 한국연구재단에 대한 감액처분 취소 청구 및 사업비 지급 청구는 부적법하여 모두 각하했습니다. 그러나 사업비 감액의 원인이 되었던 교육부의 감사처분 및 임원취임승인 취소 처분, 그리고 형사 고발 혐의가 모두 관련 행정소송과 형사사건에서 위법하거나 혐의없음으로 확정되었으므로, 더 이상 감액의 정당한 사유가 존재하지 않는다고 판단했습니다. 이에 따라 사업비 지급 의무의 실질적인 귀속 주체인 대한민국은 학교법인 A에게 삭감된 사업비 총 4,130,472,000원과 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결했습니다. 이로써 학교법인 A는 부당하게 삭감되었던 정부 재정지원사업비를 대한민국으로부터 돌려받게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

행정소송법 제3조 (행정소송의 종류): 행정소송은 행정청의 위법한 처분 등을 다투는 '항고소송'과 공법상의 법률관계를 다투는 '당사자소송'으로 나뉩니다. 본 사건에서 법원은 한국연구재단의 사업비 감액 통보를 항고소송의 대상인 '행정처분'으로 보지 않았습니다. 대신 사업비 지급 문제는 공법상 법률관계에 해당하여 당사자소송으로 다루어졌습니다. 행정소송법 제39조 (당사자소송의 피고적격): 당사자소송은 그 법률관계의 한쪽 당사자인 국가, 공공단체 그 밖의 권리주체가 피고가 됩니다. 본 사건에서는 한국연구재단이 아닌 대한민국이 사업비 지급 의무의 실질적인 주체라고 판단되어 피고적격이 인정되었습니다. 행정처분성 판단 기준: 법원은 어떤 행위가 행정처분인지 여부를 추상적·일반적으로 판단하기보다는 관련 법령의 취지, 행위의 주체, 내용, 형식, 절차, 불이익과의 실질적 연관성 등을 종합적으로 고려하여 개별적으로 결정합니다. 특히 행정청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 행한 것인지, 아니면 계약 관계의 당사자로서 대등한 지위에서 행한 의사표시인지가 중요한 판단 기준이 됩니다. 이 사건에서는 사업 협약에 따른 통보로 보아 행정처분성이 부정되었습니다. 공법상 계약: 국가나 공공기관이 사경제 주체와 대등한 지위에서 체결하는 계약으로, 법령에 특별한 규정이 없는 한 사법상 계약과 유사하게 민법의 규정이 적용될 수 있습니다. 그러나 이 사건에서는 그 법률관계가 공법적 성격을 띠므로 당사자소송으로 다루어졌습니다. 집행정지 결정의 효력: 행정처분에 대한 집행정지 결정이 내려지면, 해당 처분의 효력은 본안 판결이 선고될 때까지 일시적으로 정지되어 처분이 없었던 것과 같은 상태로 간주됩니다. 법원은 이러한 집행정지 결정의 효력을 무시하고 이루어진 새로운 불이익 조치는 부당하다고 판단했습니다.

참고 사항

정부 지원 사업비를 위탁받아 집행하는 전문기관의 통보가 단순한 계약상 통보인지, 아니면 항고소송의 대상이 되는 행정처분인지는 사안별로 신중하게 검토해야 합니다. 통보의 성격에 따라 다툴 수 있는 소송의 종류(항고소송, 당사자소송 등)와 피고가 달라지기 때문입니다. 사업비 지급의 최종적인 책임이 있는 주체가 누구인지 명확히 파악하는 것이 중요합니다. 위탁기관이 아닌 국가나 실제 사업 주체가 피고가 되어야 할 수 있으므로, 관련 법령 및 협약 내용을 철저히 확인해야 합니다. 사업비 감액 등 불이익 처분의 근거가 된 사실관계(예: 감사 결과, 형사 고발 내용)가 다른 법적 절차(행정심판, 행정소송, 형사사건)에서 무효 또는 불기소 등으로 확정된 경우, 기존의 불이익 처분도 정당성을 잃게 됩니다. 관련 사건의 진행 상황을 면밀히 주시하고, 최종 결과가 불이익 처분에 미치는 영향을 주장해야 합니다. 불이익 처분 당시 처분의 효력이 집행정지된 상태였다면, 이는 처분이 없었던 것과 동일한 상태로 보아야 합니다. 이 점을 근거로 한 새로운 불이익 처분이 부당함을 주장할 수 있습니다.