이월결손금 공제 한도 변경으로 발생한 법인세 부과 처분 사건

원고 A사는 2015년 법인세법 개정으로 이월결손금 공제 한도가 신설되자, 이를 적용하여 부과된 법인세 75,658,490원(가산세 포함)의 취소를 요구하는 소송을 제기했습니다.

A사는 개정된 법인세법 단서조항이 조세평등주의, 조세법률주의(포괄위임금지원칙), 신뢰보호원칙에 위배되어 위헌적이라고 주장했습니다.

그러나 법원은 A사의 주장을 모두 기각하며 영등포세무서장의 법인세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고 A사: 2013년 11월 22일 설립된 해외자원개발 투자 회사로, 사업연도를 3개월로 설정하여 운영해왔습니다. 법인세법 개정으로 이월결손금 공제 한도가 제한되자 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.
• 피고 영등포세무서장: 서울지방국세청의 감사 지시에 따라 A사에 개정된 법인세법을 적용하여 이월결손금 공제 한도를 초과하는 금액에 대해 법인세 75,658,490원(가산세 포함)을 부과한 세무 당국입니다.

분쟁 상황

원고 A사는 2013년 11월 22일 설립된 해외자원개발 투자 회사로, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 3개월마다 자산·부채 등을 산정해야 하여 사업연도를 3개월로 정해 운영해왔습니다.

A사는 2016년 4월 1일부터 2016년 6월 30일까지의 사업연도 법인세 신고 시 소득금액 1,528,995,171원 전액을 이월결손금으로 공제했습니다.

그러나 2015년 12월 15일 법인세법이 개정되면서, 「조세특례제한법」상 중소기업이나 회생계획 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 모든 내국법인은 소득의 80%까지만 이월결손금 공제를 받을 수 있게 되었습니다.

서울지방국세청의 종합감사 결과, A사는 위 개정 법인세법의 적용 대상이 되어 이월결손금 공제 한도가 소득의 80%로 제한되었습니다.

이에 따라 A사가 신고한 이월결손금 중 소득의 80%를 초과하는 305,799,035원에 대한 공제가 부인되었고, 영등포세무서장은 2019년 1월 2일 A사에 2016년 4월 1일부터 2016년 6월 30일까지의 사업연도 법인세 75,658,490원(가산세 포함)을 부과했습니다.

A사는 이 부과 처분이 위법하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

원고 A사는 법인세법 개정으로 신설된 이월결손금 공제 한도 조항이 ① 조세평등주의 위반, ② 조세법률주의 및 포괄위임금지원칙 위반, ③ 신뢰보호원칙 위반에 해당하여 위헌적이므로, 이월결손금 공제를 제한하여 법인세를 부과한 피고 영등포세무서장의 처분은 위법하다고 주장했습니다.

법원의 판단

법원은 원고 A사의 청구를 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 결정했습니다.

이는 영등포세무서장이 원고에게 부과한 법인세 75,658,490원(가산세 포함)의 처분이 적법하다는 판결입니다.

결론

법원은 2015년 개정된 법인세법 단서조항이 조세평등주의, 조세법률주의 및 포괄위임금지원칙, 신뢰보호원칙에 위배되지 않는다고 판단했습니다.

세법 개정은 입법재량이 넓으며, 이월결손금 공제 한도 제한은 흑자 법인의 최소한 세금 부담을 위해 필요하고 중소기업 등 예외를 둔 것은 합리적이라고 보았습니다.

또한 대통령령 위임은 예측 가능하며, 개정 법률은 과거 사실에 직접 적용되지 않는 '부진정소급입법'으로서 원칙적으로 허용된다고 판단하여 원고의 주장을 모두 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

1. 법인세법 제13조(과세표준)​: 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때, 총 수입금액에서 총 손금 등을 공제한 금액을 기초로 하되, 이월결손금은 일정 한도 내에서 공제할 수 있도록 규정합니다. 특히 2015년 개정된 단서 조항은 중소기업 등 예외 법인을 제외하고 이월결손금 공제를 각 사업연도 소득의 80%로 제한했습니다. 이는 법인이 이익이 발생했을 때 최소한의 법인세를 부담하도록 하여 재정 수입을 확보하고 과세 형평성을 높이기 위한 목적입니다.
2. 조세특례제한법 제5조 제1항(중소기업에 대한 특별세액감면)​: 이 법 조항은 중소기업의 육성 및 지원을 위해 여러 세금 혜택을 제공하며, 본 판례에서는 법인세법 제13조 단서 조항에서 이월결손금 공제 한도 적용 제외 대상으로 '중소기업'을 명시하는 근거가 됩니다. 중소기업은 경제적 약자로서 특별한 보호와 지원이 필요하다는 입법 취지가 반영된 것입니다.
3. 구 법인세법 시행령 제10조 제1항(이월결손금의 공제)​: 법인세법 제13조 단서 조항에서 '대통령령으로 정하는 법인'의 범위를 구체적으로 명시한 시행령입니다. 이 시행령은 회생계획을 이행 중인 기업 외에 유동화전문회사 등 특정 요건을 갖춘 법인들도 이월결손금 공제 한도 적용 제외 대상으로 열거했습니다. 이는 경제 상황 변화나 특수한 법인의 경우를 고려하여 탄력적으로 법률을 적용하기 위한 위임 입법의 예시입니다.
4. 법인세법 제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제)​: 유동화전문회사와 같이 주주에게 이익을 배분하는 것을 목적으로 하는 특정 법인(배당목적회사)에 대해, 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 경우 그 배당액을 소득금액에서 공제하도록 하여 이중과세를 방지하는 제도입니다. 이 제도는 배당목적회사가 사실상 도관(導管) 역할만 하는 특성을 고려한 것이지만, 90% 이상 배당이라는 조건을 충족해야만 적용됩니다.
5. 조세법률주의 및 포괄위임금지원칙: 헌법에 명시된 원칙으로, 납세의무자, 과세물건, 과세표준 등 과세요건은 국회가 제정한 법률로 명확하게 규정해야 한다는 원칙입니다. 다만, 복잡한 경제 현실에 대응하기 위해 전문적이고 세부적인 사항은 대통령령 등 하위 법령에 위임할 수 있으나, 위임될 내용과 범위의 대강을 법률에서 예측할 수 있도록 구체적으로 정해야 합니다. 이 판례에서 법원은 이월결손금 공제 한도 예외 법인의 범위를 대통령령에 위임한 것이 포괄위임금지원칙에 위배되지 않는다고 판단했습니다.
6. 조세평등주의: 동일한 세금을 부담할 능력이 있는 자는 동일하게 과세하고, 부담 능력이 다른 자에게는 그 능력에 상응하게 과세해야 한다는 원칙입니다. 이 판례에서 원고는 사업연도 길이에 따른 차별, 중소기업 등과의 차별, 배당목적회사에 대한 차별을 주장했으나, 법원은 조세입법의 넓은 입법재량을 인정하고 해당 차별에 합리적 이유가 있다고 판단했습니다.
7. 신뢰보호원칙: 법률의 개정 시 개정 전 법률을 신뢰한 국민의 이익이 부당하게 침해되어서는 안 된다는 원칙입니다. 조세 법규의 개정은 '부진정소급입법'에 해당하여 원칙적으로 허용되지만, 공익과 신뢰 이익을 비교하여 신뢰 이익이 중대한 경우에만 제한됩니다. 법원은 이월결손금 공제 한도 개정이 조세·재정 정책의 탄력적 운영 필요성에 따라 이루어진 것이며, 납세자의 신뢰 이익이 중대하게 침해되었다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

참고 사항

1. 세법 개정 내용 확인: 법인이나 개인 사업자는 세법이 개정될 때마다 본인에게 적용되는 조항, 특히 소득 공제나 세액 감면 등 세금 부담에 직접적인 영향을 미치는 규정의 변경 여부를 반드시 확인해야 합니다.
2. 이월결손금 공제 한도 이해: 현재 법인세법은 일반 내국법인의 이월결손금 공제를 각 사업연도 소득의 80%로 제한하고 있습니다. 다만, 중소기업이나 회생계획 이행 중인 기업 등 일부 예외 법인에 한해서는 이월결손금 전액 공제가 허용됩니다. 본인이 운영하는 법인이 어떤 범주에 속하는지 명확히 파악하는 것이 중요합니다.
3. 사업연도 설정의 중요성: 과거에는 사업연도를 1년 미만으로 설정하는 것이 세금 계산에 유리한 경우가 있었으나, 이월결손금 공제 한도 신설 이후에는 단기 사업연도 법인도 공제 한도 적용을 받는다는 점을 인지해야 합니다. 사업연도 설정은 장기적인 세금 계획에 맞춰 신중하게 결정해야 합니다.
4. 배당목적회사의 특례 조건 준수: 유동화전문회사 등 배당을 목적으로 하는 특정 법인은 법인세법상 지급배당공제 등의 특례를 받을 수 있으나, 이는 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 등의 특정 조건이 충족되어야만 적용됩니다. 해당 요건을 정확히 확인하고 준수해야 세금 혜택을 받을 수 있습니다.
5. 과세 처분 대응 방안: 세무 당국으로부터 과세 처분을 받았다면, 해당 처분의 근거 법령과 자신의 상황을 면밀히 비교 검토해야 합니다. 처분의 위법성을 주장할 경우, 조세평등주의, 조세법률주의, 신뢰보호원칙 등 헌법적 원칙 위배 여부를 법률 전문가와 함께 면밀히 따져보는 것이 중요합니다.