의원 건물에 대한 부가가치세 매입세액 공제 불인정 사건

원고들은 부동산 임대업을 목적으로 H 빌딩을 공동 건축하였습니다. 이 빌딩 중 일부는 원고 중 한 명인 A가 직접 정형외과 의원을 개원하여 면세 사업을 운영하였고 나머지 부분은 과세 사업인 임대업에 사용했습니다. 원고들은 건물 전체의 건축 공사비에 포함된 부가가치세를 매입세액으로 공제받았으나, 피고인 세무서장은 의원 용도 부분이 면세 사업에 사용되었으므로 해당 부분의 매입세액은 공제할 수 없다고 보아 부가가치세를 다시 부과했습니다. 원고들은 면세 사업을 하는 A가 공동 사업자와 별개의 인물이며 정식으로 임대료를 지급했으므로 적법하다고 주장했지만 법원은 피고의 손을 들어주었습니다.

관련 당사자

• 원고 A, B: 부동산 임대업을 공동으로 영위하기 위해 사업자등록을 한 사람들로 H 빌딩을 공동으로 건축했습니다. 이 중 A는 H 빌딩 내 의원 용도 건물 부분을 단독 소유하여 직접 정형외과 의원을 운영했습니다.
• 피고 광명세무서장: 원고들에게 부가가치세를 다시 부과한 세무 당국입니다.
• C 주식회사: 원고들이 H 빌딩 건축 공사를 맡긴 회사입니다.
• M 조합: 원고들이 구성한 민법상 조합으로 부동산 임대 사업을 영위했습니다.

분쟁 상황

원고들은 부동산 임대업을 위해 H 빌딩을 지으면서 건축 공사비에 포함된 부가가치세를 매입세액으로 공제받아 총 1990년 제2기에 13,636,363원, 1991년 제1기에 4,392,167원, 1991년 제2기에 113,877,944원을 환급받았습니다. 그런데 H 빌딩 중 의원 용도 부분(전체 면적 1,554.51m² 중 583.625m²)을 원고 A이 단독 소유하고, 준공 한 달도 안 된 시점인 1991년 9월 18일부터 면세 사업인 정형외과 의원을 직접 개원하여 운영했습니다. 이에 광명세무서장은 면세 사업에 사용된 부분의 매입세액은 공제될 수 없다고 판단하고, 이전에 환급해 준 금액에 신고납부불성실 가산세를 더하여 총 5,631,590원, 1,814,080원, 46,967,540원의 부가가치세를 1992년 12월 16일자로 다시 부과하였습니다. 원고들은 이 부과 처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

공동 사업자가 과세 사업과 면세 사업을 겸영하는 건물을 신축하고, 그 중 면세 사업에 사용될 부분을 특정인이 단독 소유하여 면세 사업을 운영하는 경우, 면세 사업 관련 건축비에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부가 쟁점입니다. 특히 면세 사업자가 공동 사업자에게 형식적으로 임대료를 지불한 경우 실질과세 원칙에 따라 매입세액 공제가 가능한지 여부가 중요합니다.

법원의 판단

원고들의 청구를 모두 기각하며, 소송 비용은 원고들의 부담으로 합니다. 이는 광명세무서장의 부가가치세 부과 처분이 적법하다고 판단한 것입니다.

결론

법원은 원고들이 H 빌딩 중 의원 용도 건물을 원고 A가 단독 소유하여 면세 사업인 의료업을 영위하기로 약정하고 실제로 그렇게 한 것으로 판단했습니다. 비록 A가 'M 조합'에 임대료를 지급한 것으로 형식적인 계약서와 회계 장부가 존재했지만, 이는 실질적인 임대가 아니라고 보았습니다. 따라서 의원 용도 건물 부분의 건축 공사비에 포함된 부가가치세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 따라 면세 사업과 관련된 매입세액으로서 공제 대상이 아니라고 판시했습니다. 또한, 건물 전체 면적 대비 의원 용도 건물 면적의 비율로 매입세액 불공제액을 안분 계산한 피고의 처분이 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

부가가치세법 제17조 제1항 (납부세액): 사업자가 납부할 부가가치세액은 매출세액(자신이 공급한 재화나 용역에 대한 세금)에서 매입세액(자신의 사업을 위해 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 공급에 대한 세금)을 공제한 금액으로 합니다. 이 사건에서 원고들은 H 빌딩 건축 공사비에 포함된 부가가치세를 이 조항에 따라 매입세액으로 공제받으려 했습니다.부가가치세법 제17조 제2항 제4호 (매입세액 불공제): 부가가치세법 제12조에 따라 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(면세 사업)과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않습니다. 이 조항이 이 사건의 핵심으로, 원고 A이 H 빌딩의 일부를 면세 사업인 의료업에 사용했기 때문에 해당 부분의 건축 관련 매입세액 공제가 불가능하다고 판단된 근거입니다.부가가치세법 제12조 제1항 제4호 (면세): 의료보건용역으로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세가 면제됩니다. 원고 A의 정형외과 의원 운영은 이 조항에 따라 면세 사업에 해당합니다.부가가치세법 시행령 제29조 (의료보건용역의 범위): 의료법에 규정된 의사, 치과의사 등이 제공하는 용역은 의료보건용역에 해당하여 면세됩니다.실질과세의 원칙: 세법을 적용할 때 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 과세해야 한다는 원칙입니다. 이 사건에서 법원은 원고 A과 'M 조합' 간의 임대 계약이 형식적일 뿐 실질적으로는 A가 자신의 면세 사업을 위해 건물을 사용했다고 보아 매입세액 공제를 부인했습니다.안분계산: 과세 사업과 면세 사업에 공통으로 사용되는 매입세액의 경우, 면세 사업 관련 부분을 구분하기 어려울 때 건물 면적 비율 등 합리적인 기준에 따라 계산하는 방법입니다. 피고는 H 빌딩 전체 면적 1,554.51m² 중 의원 용도 건물 부분 583.625m²가 차지하는 비율로 매입세액 불공제액을 산출했으며, 법원은 이 방법이 적법하다고 인정했습니다.

참고 사항

과세 사업과 면세 사업을 겸영하는 경우 매입세액 공제는 사업의 실질에 따라 결정됩니다. 형식적인 임대 계약이나 회계 처리만으로는 실질이 바뀌지 않음을 유의해야 합니다.면세 사업에 사용되는 재화나 용역의 매입세액은 원칙적으로 공제받을 수 없습니다. 겸영 사업자의 경우 과세 사업과 면세 사업에 공통으로 사용되는 매입세액은 과세 사업 관련 비율만큼만 공제가 가능하며, 그 비율은 부가가치세법 시행령에 따른 안분 계산 방식에 따라 산정됩니다.건물을 신축하여 과세 사업과 면세 사업에 동시에 사용하려는 계획이 있다면, 처음부터 각 용도별 사용 비율과 소유권 관계를 명확히 하여 부가가치세법상 매입세액 공제 가능 여부를 신중히 검토해야 합니다.특히 공동 사업자가 특정 건물 부분을 단독 소유하여 면세 사업을 운영할 계획이라면, 해당 부분의 건축 관련 매입세액은 공동 사업의 과세 매입세액으로 공제받을 수 없음을 인지해야 합니다.