서울주택도시공사 에너지 공급 사업 부가가치세 부과 다툼

서울주택도시공사가 서울특별시로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업과 관련하여 부가가치세 부과 처분 및 세무조사 결과 통지를 받았습니다. 공사는 이 처분들이 부당하다며 취소를 구했으나 법원은 공사의 주장을 대부분 기각하고 세무 당국의 손을 들어주었습니다.

관련 당사자

• 서울주택도시공사: 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업을 위탁받아 수행한 법인으로, 부가가치세 부과 처분에 대해 취소를 구한 원고입니다.
• 양천세무서장: 서울주택도시공사에 부가가치세 부과 처분을 내린 세무 당국의 장입니다.
• 서울지방국세청장: 서울주택도시공사에 세무조사 결과 통지를 한 세무 당국의 장입니다.

분쟁 상황

서울주택도시공사는 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업을 위탁받아 수행하는 과정에서, 양천세무서장으로부터 2013년 6월 10일과 10월 21일에 걸쳐 부가가치세 부과 처분을 받았습니다. 이후 서울지방국세청장으로부터 2018년 1월 10일 세무조사 결과 통지를 받자, 이 처분과 통지가 부당하다고 주장하며 취소를 구하는 행정소송을 제기했습니다. 공사는 자신들의 사업이 면세 대상이며, 세무조사 결과 통지가 재조사 결정의 취지에 반하고, 사업비가 과세표준이 될 수 없으며, 매입세액 공제가 가능하다고 주장했습니다.

핵심 쟁점

재조사 결정에 따른 세무조사 결과 통지가 법적 구속력을 위반했는지, 집단에너지 공급사업이 부가가치세 면제 대상인 공익사업에 해당하는지, 사업비 전액이 부가가치세 과세표준에 포함될 수 있는지, 면세사업자 등록 기간 중 발생한 매입세액을 공제받을 수 있는지, 그리고 부과 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부가 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 서울주택도시공사가 제기한 부가가치세 부과 처분 취소 및 세무조사 결과 통지 취소 청구를 모두 기각했습니다. 이에 따라 제1심 판결 중 양천세무서장에 대한 부분은 취소하고 공사의 청구를 기각했으며, 서울지방국세청장에 대한 공사의 항소도 기각했습니다. 소송 관련 모든 비용은 서울주택도시공사가 부담하게 되었습니다.

결론

재조사 결정은 당초 처분을 위법하다고 보거나 변경하라는 취지가 아니었으므로 세무조사 결과 통지가 그 기속력에 위반된다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한 서울주택도시공사의 집단에너지 공급사업이 부가가치세 면세 대상이 아니며, 서울특별시로부터 지급받은 사업비는 용역 공급의 대가로서 부가가치세 과세표준에 포함된다고 보았습니다. 면세사업자용 사업자등록 기간 중 발생한 매입세액은 공제 대상이 아니며, 과거 세무 당국의 일부 조치가 있었다고 해도 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다는 이유로 원고의 청구를 최종적으로 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

본 판례에서는 여러 법률과 법리가 적용되었습니다.

1. 재조사 결정의 기속력: 국세기본법 제55조 제5항 단서, 제56조 제4항 제2호 본문 등은 재조사 결정에 따른 처분에 대한 불복 절차와 행정소송 제기 기간을 규정합니다. 대법원 판례(2017두37549)에 따르면, 재조사 결정은 처분청을 구속하여 지적된 사항에 대해 재조사 후 후속 처분만을 할 수 있게 합니다. 그러나 본 사건에서는 재조사 결정의 취지가 당초 처분이 위법하다거나 원고에게 유리하게 변경하라는 것이 아니었으므로 세무 당국이 당초 과세처분을 유지한 것이 기속력에 저촉되지 않는다고 판단했습니다.

2. 부가가치세 과세표준 및 면세 여부: 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1호, 제14조는 부가가치세의 과세표준과 세율을 규정합니다. 또한 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항은 공익을 목적으로 하는 사업 중 특정 요건을 충족하는 경우 부가가치세를 면제할 수 있도록 규정하지만, 원고의 사업은 면세 요건에 해당하지 않는다고 보았습니다.

3. 매입세액 공제 및 사업자등록: 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 및 제5조 제1항은 '사업자등록 전 매입세액'을 매출세액에서 공제하지 않도록 규정합니다. 부가가치세법상 사업자등록은 과세사업자에게만 의무가 있으므로, 면세사업자용 사업자등록증은 법이 정한 사업자등록으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 면세사업자 등록 기간 중 발생한 매입세액은 공제받을 수 없는 등록 전 매입세액으로 간주됩니다. 종전 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 제4호는 '사업의 종류에 변동이 있는 때' 사업자등록 정정을 허용하는데, 이는 과세사업과 면세사업 간 변경을 포함하며, 정정 신고 시 기존 과세사업자 등록의 효력이 소멸할 수 있다고 보았습니다.

4. 준위탁매매 여부: 상법 제103조, 제113조는 준위탁매매를 자기 명의로 타인의 계산으로 매매 아닌 행위를 영업으로 하는 것으로 정의합니다. 법원은 원고와 서울특별시 사이의 위탁협약 내용 등을 종합적으로 고려할 때, 원고의 용역 수행이 준위탁매매에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

5. 신의성실의 원칙: 과거 세무 당국의 일부 환급 결정이나 면세 신고 수리 등의 사정이 있었다고 해도, 이러한 사실만으로 이 사건 부과 처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 보기 어렵다고 보았습니다.

참고 사항

공공성이 있는 사업이라도 부가가치세 면제 요건을 엄격히 확인해야 합니다. 단순한 공익 목적이나 실비 변상만으로는 면세 대상이 되지 않을 수 있습니다. 사업자등록을 과세사업자와 면세사업자로 정정할 때는 매입세액 공제 여부에 큰 영향을 미치므로 신중하게 판단해야 합니다. 면세사업자로 등록된 기간 중 발생한 매입세액은 과세사업자 등록 전 매입세액으로 보아 공제가 어려울 수 있습니다. 세무 당국의 재조사 결정이 있었다면, 그 결정의 구체적인 취지와 지적 사항을 명확히 파악하고, 처분청의 후속 조치가 그 취지에 부합하는지 주의 깊게 검토해야 합니다. 위탁계약 시 사업비의 성격이 용역 대가인지 대행 지출인지, 그리고 부가가치세가 포함되는지 여부를 명확히 명시하는 것이 향후 과세 분쟁을 예방하는 데 중요합니다.