회생 기업의 부가가치세 과세 불복 사건

○○○○공업 주식회사는 비철금속 제조업을 영위하던 중 회생절차개시 결정이 내려졌습니다. 이 회사는 2011년 1기 부가가치세 과세 기간 동안 여러 매입처로부터 폐동 등을 매입하고 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고했습니다. 그러나 예산세무서장은 이들 매입처가 실물거래 없이 허위 세금계산서를 발행하는 위장사업자, 즉 '자료상'이라고 판단하여, ○○○○공업이 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하고 총 20억 6천만 원이 넘는 부가가치세를 증액 부과했습니다. ○○○○공업은 실제 거래가 있었고 자료상임을 알지 못했으며 주의의무를 다했다고 주장하며 이 부과 처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 ○○○○공업이 거래처의 위장사업자 여부를 알지 못했고 알지 못한 데에 과실이 없다고 판단하여 세무서의 부가가치세 부과 처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• ○○○○공업 주식회사 (회생절차를 겪고 있는 비철금속 제조업체, 원고 측 회사)
• ○○○ (○○○○공업 주식회사의 회생 관리인, 원고)
• 예산세무서장 (○○○○공업에 부가가치세 부과 처분을 내린 기관, 피고)
• 자료상 업체들 (○○○○공업에 폐동을 공급한 것으로 기록된 위장사업자들)

분쟁 상황

○○○○공업 주식회사는 비철금속 제조업을 영위하며 2011년 1기 부가가치세 과세 기간에 폐동 등을 여러 업체로부터 매입하고 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받아 부가가치세를 신고했습니다. 그러나 예산세무서장은 이들 매입처 중 7개 업체가 실물거래 없이 허위 세금계산서를 발행하는 '자료상'에 해당한다고 보았습니다. 이에 세무서는 ○○○○공업이 받은 세금계산서가 사실과 다르다며 해당 매입세액 공제를 부인하고, 가산세를 포함하여 총 2,060,555,350원의 부가가치세를 증액하여 부과했습니다. ○○○○공업은 이러한 세금 부과에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자, 최종적으로 법원에 부가가치세 부과처분 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

○○○○공업 주식회사가 자료상으로 지목된 업체들로부터 받은 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하는지, 그리고 만약 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 ○○○○공업이 이러한 사실을 알지 못했고 알지 못한 데에 과실이 없는 '선의·무과실' 상태였는지 여부가 이 사건의 핵심 쟁점입니다. 이는 매입세액 공제를 받을 수 있는지와 직접적으로 연결됩니다.

법원의 판단

법원은 피고(예산세무서장)가 ○○○○공업 주식회사에 대하여 2011년 1기분 부가가치세 2,060,555,350원을 부과한 처분을 취소한다고 판결했습니다. 소송 비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 ○○○○공업 주식회사가 폐동 등을 실제로 공급받았고, 거래 시작 전 사업자등록증, 통장사본, 신분증 사본 등을 확인했으며 현장 방문도 하는 등 거래처의 신뢰성을 확인하기 위해 노력한 점을 인정했습니다. 또한 폐동 수령 시 계근장에서 실중량을 확인하고 계량확인서, 계량표, 경비일지 등을 작성하는 등 실제 물건이 운송되었는지 확인하려 노력했고, 대금 또한 정상적으로 거래처 명의 통장으로 송금한 사실을 확인했습니다. 폐동의 거래 시세가 비정상적으로 저렴했다는 자료도 없었습니다. 폐자원 유통구조의 특성상 매입자가 소규모 고철상의 매입처까지 일일이 확인하기 어려운 점, 야적장이나 계근대가 없다고 해서 공급자가 될 수 없다고 단정하기 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때, ○○○○공업이 세금계산서 상 공급자가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못했고, 주의의무를 다했으므로 과실이 없다고 판단하여 세무서의 부과 처분이 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

부가가치세법 제17조 제2항 제2호 (현행 부가가치세법 제39조 제1항 제2호): 이 조항은 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있습니다. 여기서 '사실과 다르다'는 것은 세금계산서에 기재된 공급자, 공급받는 자, 가액, 시기 등이 실제 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 주체, 가액, 시기 등과 일치하지 않는 경우를 의미합니다. 특히 공급자가 허위로 기재된 세금계산서, 즉 '자료상'으로부터 받은 세금계산서가 여기에 해당될 수 있습니다. 법원은 이 사건에서 자료상으로부터 받은 세금계산서의 경우, 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못했고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액 공제를 받을 수 없다고 판단했습니다.조세특례제한법 제106조의9 (구리 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례): 2014년 1월 1일부터 시행된 이 제도는 구리 스크랩 등의 거래 시, 기존에는 공급자가 부가가치세를 징수하여 납부하던 방식과 달리, 매입자가 부가가치세를 직접 국가에 납부하도록 변경하여 자료상으로 인한 부가가치세 포탈을 방지하고자 도입되었습니다. 이 판결 시점에는 아직 시행 전이었으나, 법원은 이러한 제도 변경의 배경을 언급하며 폐자원 거래에서 자료상 문제가 빈번했음을 간접적으로 시사했습니다. 이 사건은 이 제도 시행 이전에 발생한 사례이므로, 당시의 부가가치세법 규정과 선의·무과실 법리가 중요하게 적용되었습니다.선의·무과실 법리: 대법원 판례에 따르면, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우, 공급받는 자가 세금계산서 명의위장 사실을 알지 못했고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액을 공제받을 수 없습니다. 이때 공급받는 자에게 과실이 없다는 점은 매입세액 공제를 주장하는 자가 입증해야 합니다. 다만, 폐자원과 같은 특수한 유통구조를 가진 품목의 경우, 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무까지는 없으며, 거래 적격자 판단 자료를 수집하는 과정에서 위장사업자임을 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만 과실이 있다고 봅니다. 이 사건에서 법원은 ○○○○공업이 거래처 확인 노력, 거래 과정의 증빙 확보, 정상적인 대금 지급 등 주의의무를 다했다고 보아 선의·무과실을 인정했습니다.

참고 사항

거래처 확인 철저: 거래를 시작하기 전에 상대방 사업자의 사업자등록증, 통장사본, 신분증 사본, 명함 등을 요청하여 확인해야 합니다.현장 방문 및 증거 확보: 가능하면 사업장을 직접 방문하여 영업 실체를 확인하고, 간판 등의 사진을 찍어 보관하는 등 적극적인 확인 노력을 기울이는 것이 좋습니다.거래 과정의 증빙 자료 유지: 물품을 공급받을 때마다 계근확인서, 계량표, 경비일지, 스크랩 검수일지 등 물품의 종류, 중량, 인수량, 차량번호, 운전자 서명 및 전화번호 등 구체적인 내용이 기재된 증빙 자료를 빠짐없이 작성하고 보관해야 합니다.대금 결제 투명성: 대금은 반드시 거래처 명의의 통장으로 송금하고, 세금계산서 발행일과 근접한 날짜에 결제하여 거래의 투명성을 확보해야 합니다.비정상 거래 여부 주의: 거래 단가가 시장 시세보다 현저히 낮거나, 거래 규모에 비해 사업 개시 시점이 짧은 신생 업체와의 거액 거래 등 비정상적인 정황이 보일 경우 더욱 철저히 확인해야 합니다.폐자원 등 특수 거래의 주의의무: 폐동과 같은 폐자원 거래는 유통구조 특성상 중간상이 많고 복잡할 수 있으므로, 직접 거래하는 중간상이 정상적인 업체인지 확인하는 노력을 게을리하지 않아야 합니다.