가락시장 현대화 사업의 공통매입세액 안분 방식 판단 사건

서울특별시농수산식품공사가 가락시장 현대화 1단계 사업과 관련하여 발생한 공통매입세액의 부가가치세 안분 계산 방식을 두고 송파세무서장과 다툰 사건입니다. 대법원은 1단계 사업이 기존 가락시장 사업과 독립된 별개의 사업으로 볼 수 없으므로, 전체 사업장의 공급가액 비율로 공통매입세액을 안분해야 한다고 판단하여 원심 판결을 파기하고 사건을 환송했습니다.

관련 당사자

• 서울특별시농수산식품공사: 가락시장을 운영하며 면세사업(도매시장 관리)과 과세사업(부동산 임대, 주차장)을 겸영하는 지방공사로, 공통매입세액 안분 방식에 대해 세무서와 분쟁을 겪은 당사자입니다.
• 송파세무서장: 서울특별시농수산식품공사의 부가가치세 감액경정 신청에 대해 일부만 수용하고 나머지를 거부하여 소송을 제기당한 과세관청입니다.

분쟁 상황

서울특별시농수산식품공사는 가락시장 현대화 사업을 3단계로 계획하고 2011년부터 1단계 사업을 진행했습니다. 이 과정에서 발생한 공통매입세액을 처음에는 가락시장 전체의 면세사업 공급가액 비율(각 과세기간별로 약 4347%)에 따라 안분하여 부가가치세를 신고했습니다. 그러나 2013년 10월 25일, 원고는 1단계 사업만을 기준으로 예정사용면적 비율(7.76%)을 적용하여 세액을 감액해달라는 경정신청을 했습니다. 이에 송파세무서장은 예정사용면적 기준을 적용하되, 1단계만이 아닌 13단계 전체를 기준으로 해야 한다며 면세사업 관련 매입세액을 35.72%로 계산하고 원고의 신청을 일부 거부했습니다. 이에 서울특별시농수산식품공사가 거부 처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 새로운 시설 현대화 사업을 추진했을 때, 이 사업에서 발생하는 공통매입세액을 기존 사업과 분리된 독립적인 사업으로 보아 특정 기준(예정사용면적 비율)으로 안분해야 하는지, 아니면 전체 사업장의 공급가액 비율로 안분해야 하는지가 쟁점입니다.

법원의 판단

대법원은 원심 판결을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 즉, 대법원은 원심 법원이 부가가치세법 시행령의 공통매입세액 안분 규정을 잘못 해석하고 적용했다고 보았습니다.

결론

대법원은 서울특별시농수산식품공사의 1단계 현대화 사업이 기존 가락시장 사업의 영업 여건을 개선하기 위한 것으로, 기존 사업과 분리된 독립적인 사업으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 공통매입세액은 기존 사업을 포함한 가락시장 사업장 전체의 과세 및 면세사업 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산해야 한다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제7항 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 본문: 사업자가 과세사업과 면세사업을 함께 할 때, 면세사업 관련 매입세액은 실제 사용 용도에 따라 계산해야 합니다. 하지만 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 어디에 속하는지 명확히 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 과세사업 부분과 면세사업 부분으로 나누어 계산해야 하며, 이 경우 면세사업의 공급가액이 전체 공급가액에서 차지하는 비율에 따라 계산하는 것이 원칙입니다. 다만, 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분리되어 독립적으로 운영된다면 이 공급가액 비율을 적용하지 않습니다. 이 두 사업 부분이 관련성이 있는지 여부는 매입한 물품이나 용역의 경위, 목적, 사업 운영 방식, 사업장 간의 장소적 연관성, 업종의 특징 등을 모두 고려하여 판단합니다. 이 사건에서는 서울특별시농수산식품공사가 추진한 1단계 현대화 사업이 기존 가락시장 사업의 영업 여건을 개선하기 위한 목적이었고, 단계별 순환개발 방식을 통해 기존 상인들의 영업이 계속 유지되도록 한 점 등을 미루어 볼 때, 1단계 사업을 기존 가락시장 사업과 분리된 독립적인 사업 부분으로 보기 어렵다고 판단하여 이 원칙 조항을 적용해야 한다고 보았습니다.

구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항: 공통매입세액이 발생한 사업과 공급가액이 발생한 사업이 서로 독립적이라는 등의 이유로 해당 과세기간에 과세사업이나 면세사업의 공급가액이 아예 없거나 한쪽 사업의 공급가액이 없을 경우에는, 공급가액의 비율로 안분할 수 없습니다. 이때는 매입가액의 비율이나 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하고, 만약 건물을 새로 짓거나 취득하여 과세사업과 면세사업에 모두 사용할 경우 예정면적을 구분할 수 있다면 전체 예정사용면적 대비 면세사업 관련 예정사용면적의 비율에 따라 안분합니다. 이 사건에서는 원심 법원이 이 예외 규정을 적용하여 1단계 사업만을 기준으로 예정사용면적 비율로 안분해야 한다고 판단했지만, 대법원은 1단계 사업이 기존 사업과 독립된 것이 아니므로 이 예외 규정을 적용할 상황이 아니라고 보았습니다.

참고 사항

복수의 사업을 겸영하는 경우, 발생한 매입세액이 과세사업과 면세사업 어디에 속하는지 명확히 구분해야 합니다. 특히 공통매입세액의 안분 방식은 해당 매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 간의 관련성을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다. 단순히 공급가액이 없는 특정 사업 부분에 적용되는 예외 규정을 무조건 적용할 수는 없습니다. 사업 운영의 형태, 매입의 경위와 목적, 사업장 간의 연관성, 업종의 특성 등을 면밀히 검토하여 공통매입세액 안분 방식을 결정해야 합니다. 대규모 시설 현대화나 재건축 사업처럼 단계적으로 진행되는 경우에도 전체 사업의 목적과 운영 방식을 고려하여 공통매입세액의 귀속 여부 및 안분 방법을 신중하게 결정해야 합니다.