재개발 조합의 기반시설 기부채납 부동산 취득세 감면 여부 판결

원고인 A재정비촉진정비사업조합은 서울 양천구 B 일대에서 주택재개발사업을 추진하며 총 3필지의 토지 및 건축물(이 사건 각 부동산)을 취득했습니다. 이후 피고인 서울특별시 양천구청장은 원고에게 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 및 각 가산세를 포함한 세금을 부과했고, 이에 원고는 이 부과처분이 위법하다고 주장하며 그 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. 원고는 주위적 청구로, 사업시행인가 당시의 감면조례가 경과규정에 따라 여전히 적용되어 이 사건 각 부동산에 대한 취득세 등이 전부 면제되어야 한다고 주장했습니다. 또한 원고는 예비적 청구로, 이 사건 각 부동산 중 기부채납된 부분은 지방세법 제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세가 비과세되어야 한다고 주장했습니다.

관련 당사자

• A재정비촉진정비사업조합: 서울 양천구 B 일대에서 주택재개발사업을 추진한 사업시행자로, 취득세 등 부과처분 취소를 구한 원고입니다.
• 서울특별시 양천구청장: 원고에게 취득세 등을 부과한 주체이자 이 사건 소송의 피고입니다.

분쟁 상황

원고인 A재정비촉진정비사업조합은 2009년 12월 18일 주택재개발사업시행인가를 받고 사업을 진행했습니다. 사업 과정 중 2016년 12월 16일부터 12월 26일 사이에 서울 양천구 C 외 18필지 토지 및 건축물(매매대금 11,347,976,480원), 서울 양천구 D 외 12필지 토지(매매대금 2,610,840,000원), 서울 양천구 E 토지(매매대금 242,475,500원) 등 이 사건 각 부동산을 피고로부터 매매를 통해 취득했습니다. 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 이후인 2021년 9월 15일, 피고는 원고에게 구 지방세특례제한법에 따라 취득세의 100분의 75를 감면한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(각 가산세 포함)를 부과했습니다. 원고는 이 부과처분에 불복하여 취득세 등이 전부 면제되어야 하거나, 적어도 기부채납 예정 부분에 대해서는 비과세되어야 한다고 주장하며 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 크게 두 가지입니다. 첫째, 주택재개발사업 시행인가 당시 시행 중이던 감면조례가 이후 조례 및 법률 개정에도 불구하고 사업시행자에게 계속 적용되어 취득세 등이 전부 면제되어야 하는지 여부입니다. 둘째, 재개발조합이 취득한 부동산 중 일부가 재개발사업의 조건으로 지방자치단체에 기부채납된 경우, 해당 부동산이 지방세법상 '국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산'에 해당하여 취득세 비과세 대상이 되는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고의 주위적 청구를 기각하고, 예비적 청구를 인용했습니다. 구체적으로, 법원은 피고가 2021년 9월 15일 원고에게 부과한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분 중 '정당세액'을 초과하는 부분을 모두 취소했습니다. 소송비용은 원고가 2/5를, 피고가 나머지를 부담하도록 결정되었습니다.

결론

법원은 재개발사업 시행인가 당시의 감면조례는 이 사건 각 부동산의 취득 시점에는 이미 실효되었고 그 적용을 유지할 명확한 경과규정도 없으므로, 해당 조례를 적용하여 취득세를 전부 면제해야 한다는 원고의 주위적 청구는 받아들이지 않았습니다. 그러나 법원은 원고가 이 사건 각 부동산 중 1,662.68㎡를 취득하여 도로, 공원 등 기반시설로 조성한 뒤 피고에게 기부채납하기로 한 사실이 사업시행인가 등 여러 자료를 통해 구체적으로 특정되고 협의된 것으로 보아, 이는 지방세법 제9조 제2항에서 정한 '기부채납을 조건으로 취득하는 부동산'에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 기부채납된 부분에 대한 취득세 부과는 위법하다고 보아 원고의 예비적 청구를 인용, 해당 부분의 취득세 등 부과처분을 취소했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결에서 중요하게 다루어진 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것) 제74조 제3항 제1호 및 조례 적용 시기: 이 조항은 주택재개발사업의 시행으로 인한 부동산 취득 시 취득세의 일부를 감면하는 내용을 포함하고 있었습니다. 본 사건의 원고는 이 사건 재개발사업 시행인가 당시 시행 중이던 구 서울특별시세감면조례(이 사건 감면조례)가 개정된 이후에도 경과규정에 따라 여전히 적용되어 취득세 등이 전부 면제되어야 한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 취득세는 재산 이전이라는 사실 자체에 담세력을 인정하여 부과하는 세목이며, 과세 요건 성립 시점(즉, 부동산 취득 시점)에 유효한 법령이 적용되는 것이 원칙이라고 보았습니다. 개정 감면조례 및 지방세특례제한법의 부칙에 경과규정이 있었지만, 이는 적용시한이 만료되거나 이 사건 감면조례의 계속 적용과는 무관하다고 판단했습니다. 따라서 이 사건 각 부동산 취득 당시인 2017년 2월경에는 원고가 주장하는 이 사건 감면조례가 이미 실효되었고, 이를 적용할 명확한 근거가 없으므로 원고의 주위적 청구를 기각했습니다. 이는 세금 감면 조항의 적용은 납세의무 성립 당시의 유효한 법령과 명확한 경과규정에 따라야 한다는 법리를 보여줍니다.

2. 지방세법 제9조 제2항: 이 조항은 '국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.'고 규정하여 특정 조건 하에 취득세 비과세 혜택을 부여합니다. 법원은 이 조항의 입법 취지가 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치를 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하게 보아 취득세를 비과세하려는 것이라고 설명했습니다.

3. '기부채납을 조건으로 취득하는 부동산'의 의미 (대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두14998 판결 등)​: 법원은 지방세법 제9조 제2항에서 비과세 요건으로 정한 '기부채납을 조건으로 취득하는 부동산'의 의미를 명확히 했습니다. 단순히 기부채납 의무가 있다는 것만으로는 부족하고, 사업자가 부동산을 취득하기 이전에 이미 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에 해당한다고 보았습니다. 이 사건에서 법원은 2008년부터의 재정비촉진계획 변경결정, 지형도면 고시, 2009년 12월 18일 사업시행인가 조건, 2014년 재정비촉진계획 변경결정 및 토지이용계획도, 그리고 이후의 사업시행변경인가 등을 통해 원고가 취득한 이 사건 각 부동산 중 1,662.68㎡에 해당하는 면적이 도로, 공원 등 기반시설로 조성되어 피고에게 기부채납될 것임이 구체적으로 특정되고 협의되었다고 판단했습니다. 따라서 원고가 이 조건을 이행하기 위해 해당 부동산을 취득한 것이므로, 이 부분에 대해서는 지방세법 제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세되어야 한다고 보아 원고의 예비적 주장을 인용했습니다.

참고 사항

부동산 취득과 관련된 세금 감면 혜택을 기대하는 경우, 감면 조례나 법규의 적용 시점을 정확히 확인하는 것이 매우 중요합니다. 세법은 일반적으로 과세 요건(예: 부동산 취득)이 성립하는 시점에 유효한 법령을 적용하는 것이 원칙이므로, 과거의 유리한 조례가 개정되거나 실효되었다면 특별한 경과 규정이 없는 한 현재 유효한 법령에 따라야 합니다. 공익 목적의 사업, 예를 들어 주택재개발사업 등에서 국가나 지방자치단체에 토지 등을 기부채납하는 경우, 해당 부동산에 대한 취득세 비과세 혜택을 받을 수 있습니다. 이때 비과세 요건을 충족하기 위해서는 해당 부동산 취득 이전에 기부채납의 대상, 위치, 면적 등이 행정관청과의 협의를 통해 구체적으로 특정되어 있어야 합니다. 단순히 사업 계획상의 의무만으로는 부족할 수 있으며, 사업시행인가 조건, 재정비촉진계획, 토지이용계획도 등 관련 서류를 통해 기부채납 대상 기반시설의 내용이 명확히 명시되고, 그 이행을 위해 부동산을 취득했다는 객관적인 증거를 확보하는 것이 중요합니다. 관련 서류들을 철저히 보관하고, 행정관청과의 협의 과정을 상세히 기록해 두는 것이 미래의 분쟁 해결에 큰 도움이 될 수 있습니다.