세금 · 행정
A교회는 부동산을 매각한 후 법인세 8억 6천만 원을 납부하고, 이 중 7억 4천만 원에 대해 해당 부동산이 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용되었으므로 법인세가 면제되어야 한다며 환급을 청구했습니다. 그러나 성북세무서장은 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용되지 않았다고 판단하여 1억 1천만 원만 환급해주고 나머지 환급은 거부했습니다. 이에 A교회가 불복하여 소송을 제기했으나 법원은 쟁점토지가 고유목적사업에 '직접' 사용되었다고 보기 어렵다며 교회의 청구를 기각했습니다.
A교회는 1987년 매입한 토지 및 건물을 2020년 11월 25일에 F 주식회사에 양도하고, 2021년 1월경 해당 부동산 양도소득에 대한 법인세로 861,553,149원을 신고·납부했습니다. 이후 A교회는 2021년 3월 31일, 해당 부동산이 3년 이상 고유목적사업에 사용되었으므로 그 처분으로 발생한 수입은 과세소득에서 제외되어야 한다며, 이미 납부한 법인세 전액 환급을 요청하는 경정청구를 했습니다. 그러나 성북세무서장은 이 사건 부동산 중 특정 임야(쟁점토지: B 중 임야 11,124㎡와 C 중 임야 12,930㎡)에 대해서는 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 것이 아니라고 판단하여 2021년 9월 1일, 119,477,829원만 환급하고 나머지 742,076,320원에 대한 환급은 거부했습니다. A교회는 이에 불복하여 이의신청과 조세심판원 심판청구를 거쳐 법원에 소송을 제기하게 되었습니다.
비영리법인이 부동산을 처분했을 때 법인세 과세소득에서 제외되는 '3년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 자산'에 해당하는지 여부가 쟁점이었습니다. 특히, 이 사건에서는 A교회가 매각한 임야가 교회의 종교활동 등 고유목적사업에 '직접' 사용되었다고 볼 수 있는지가 핵심이었습니다.
법원은 A교회의 청구를 기각하며 성북세무서장이 2020 사업연도 법인세 중 7억 4천만 원에 대한 경정청구를 거부한 처분이 적법하다고 판단했습니다. 이는 쟁점토지가 교회의 고유목적사업에 3년 이상 '직접' 사용되었다고 인정하지 않은 것입니다.
A교회는 쟁점토지 매각 대금에 대한 법인세 7억 4천만 원의 환급을 받지 못하게 되었으며, 소송비용 또한 부담하게 되었습니다.
이 사건은 비영리법인의 고정자산 처분 이익에 대한 법인세 과세 문제와 관련이 있습니다. 구체적으로는 '구 법인세법 제4조 제3항 제5호'와 '구 법인세법 시행령 제3조 제2항'이 주요 법령입니다. 이 법령에 따르면, 비영리법인이 유형자산(부동산 등)을 처분하여 수입이 발생하면 원칙적으로 과세소득에 해당합니다. 다만, 예외적으로 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 '고유목적사업에 직접 사용한 자산'에서 발생한 수입은 과세소득에서 제외됩니다. 이 조항은 비영리법인이 자산을 공익적인 고유목적사업에 일정 기간 직접 사용하도록 유도하는 취지를 가지고 있습니다. 법원은 '고유목적에 직접 사용'했는지 여부를 판단할 때, 법인의 사업목적, 해당 자산을 취득하게 된 경위 및 용도, 실제 사용 주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련 정도 등을 종합적으로 고려해야 한다고 판시하고 있습니다(대법원 2006두14370 판결 등 참조). 특히 비영리법인의 사업목적이 광범위하더라도 '고유' 목적사업에 '직접' 사용된 경우로 한정하여 엄격하게 해석해야 합니다. 또한, 조세법은 법률주의 원칙에 따라 법문(조문의 글자) 그대로 해석해야 하며, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추해서 해석하는 것은 허용되지 않는다는 '조세법규 해석의 원칙'도 적용됩니다. 특히 세금 감면 혜택을 주는 규정은 특혜 성격이 강하므로 엄격하게 해석하여 조세 형평성 원칙에 부합하도록 해야 합니다. 이 사건에서 법원은 A교회의 정관상 목적(예배, 교육, 복음 전도, 봉사, 성도의 교제)에 비추어 쟁점토지가 이러한 활동 자체에 '직접' 사용되었는지 판단했으며, 제출된 사진 자료가 오래되었고, 활동이 일시적이거나 광범위한 일상 활동에 불과하며, 임야 조성 사업이 정관 목적에 명시되지 않았고, 단순 관리만으로는 '직접 사용'으로 볼 수 없다는 점 등을 들어 교회의 주장을 받아들이지 않았습니다.
비영리법인이 고정자산을 처분할 때 법인세 면제 혜택을 받으려면, 해당 자산이 처분일 기준으로 3년 이상 '계속하여' '고유목적사업에' '직접' 사용되었음을 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다. 단순히 소유하고 있거나, 일시적 또는 부수적으로 사용한 것만으로는 '직접 사용'으로 인정되기 어렵습니다. 예를 들어, 예배당이나 숙소, 식당 등 주된 시설물이 위치하지 않은 임야의 경우, 그 사용 목적과 실태를 더욱 명확히 할 필요가 있습니다. 사진 자료 등을 증거로 제출할 경우, 촬영 시기, 장소, 활동 내용 등을 구체적으로 명시하여 처분일 기준 3년 이내의 지속적인 사용을 증명할 수 있어야 합니다. 오래된 사진이나 광범위한 일상적인 야외활동 사진만으로는 직접적인 고유목적사업 사용으로 인정되기 어려울 수 있습니다. 또한, 지방자치단체에서 부과하는 재산세 비과세 여부 등 다른 세금 관련 결정도 해당 토지의 사용 현황에 대한 간접적인 판단 근거가 될 수 있으므로 주의 깊게 살펴봐야 합니다.
