미국 법인 I가 실질적으로 원고 기업의 사용료 소득을 관리했음에도 원고 기업이 이를 실질 귀속자로 주장하며 경정청구를 했으나, 법원은 이를 인정하지 않고 일부 세액 경정거부처분만을 취소한 판결

이 사건은 특허권 사용료와 관련된 조세 분쟁에 관한 것입니다. 원고는 아일랜드에 설립된 회사로, 미국 소재 펀드인 E, G가 보유한 특허권을 관리하기 위해 설립된 I의 지분 99.9%를 보유하고 있습니다. 원고는 P사와 특허 사용 계약을 체결하고 사용료를 받았으나, P사는 원고를 수익적 소유자로 보고 한국과 아일랜드 간의 조세협약에 따라 세금을 원천징수하지 않았습니다. 이에 대해 서울지방국세청장은 선행 사용료의 수익적 소유자가 원고가 아닌 E, G 또는 I라고 보고 한국과 미국 간의 조세협약을 적용해야 한다며 P사에게 법인세를 징수했습니다. 원고는 이에 불복하여 경정청구를 하였으나, 피고는 이를 거부했습니다.

법원은 원고가 형식적으로는 거래당사자의 역할을 수행했지만, 실질적으로는 I가 사용료 소득을 지배·관리하였고, 이러한 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었다고 판단했습니다. 따라서 원고를 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자로 볼 수 없으며, 한국과 아일랜드 간의 조세협약을 적용할 수 없다고 결론지었습니다. 그러나 한국과 미국 간의 조세협약에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 이에 대한 원천징수세액은 취소되어야 한다고 판결했습니다. 결론적으로, 원고의 청구는 일부 인용되어 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료에 대한 원천징수세액은 취소되었고, 나머지는 기각되었습니다.