교회 토지 도시계획시설 장기 미집행 및 수익사업용 토지 재산세 과오납금 반환 판결

원고 A교회가 소유한 토지 중 도시계획시설(학교)로 지정되었으나 10년 이상 장기간 미집행된 토지(이 사건 제1토지)와, 1995년 12월 31일 이전부터 소유하며 일부를 수익사업에 사용한 토지(이 사건 제2토지)에 대해, 피고들(서울특별시 영등포구, 서울특별시, 대한민국)이 각각 재산세, 지방교육세, 종합부동산세, 농어촌특별세를 부과했습니다. A교회는 이들 토지가 관련 법령에 따라 분리과세대상으로 분류되어야 함에도 불구하고, 피고들이 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 잘못 분류하여 과세처분을 하였고, 이는 중대하고 명백한 하자로 당연무효이므로 과오납된 세금을 부당이득으로 반환해야 한다고 주장하며 소송을 제기했습니다. 법원은 A교회의 주장을 받아들여 피고들에게 과오납된 세금과 가산금을 반환하라고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고: A교회 (서울특별시 영등포구 토지를 소유한 종교단체)
• 피고: 서울특별시 영등포구 (재산세의 50% 귀속 주체)
• 피고: 서울특별시 (재산세의 50% 및 지방교육세 귀속 주체)
• 피고: 대한민국 (종합부동산세 및 농어촌특별세 귀속 주체)

분쟁 상황

원고인 A교회는 도시계획시설로 지정되었으나 장기간 미집행된 토지와, 교회가 오래 전부터 소유하고 일부를 수익사업에 이용하는 토지에 대한 재산세, 지방교육세, 종합부동산세, 농어촌특별세 부과처분이 법령을 잘못 해석한 위법한 처분이라고 주장했습니다. A교회는 해당 토지들이 '분리과세대상'으로 분류되어야 세금이 경감되거나 과세 대상에서 제외될 수 있는데, 과세 당국(서울특별시 영등포구, 서울특별시, 대한민국)이 이를 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 잘못 분류하여 과도한 세금을 부과했다고 보았습니다. 피고들은 과세처분의 적법성을 주장하며, 설령 오류가 있더라도 그 하자가 과세처분을 무효로 할 만큼 중대하고 명백한 것은 아니라고 다퉜습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 도시계획시설로 지정된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토지에 대해 지방세특례제한법에 따라 재산세가 경감되는 경우, 해당 토지를 지방세법상 '분리과세대상'으로 보아 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상에서 제외해야 하는지 여부입니다. 둘째, 비영리사업자인 종교단체가 1995년 12월 31일 이전부터 소유한 토지를 수익사업에 사용하는 경우에도 구 지방세법 시행령에 따라 '분리과세대상'으로 보아야 하는지 여부입니다. 셋째, 만약 과세처분에 법령 해석 오류가 있었다면, 그 하자가 '중대하고 명백하여' 과세처분을 당연무효로 볼 수 있는지 여부입니다. 넷째, 과세처분이 무효인 경우 과오납된 세금의 부당이득 반환 범위 및 가산금(지연손해금)의 산정 방식입니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 이 사건 제1토지(도시계획시설 장기 미집행 토지)의 경우, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정상 재산세가 경감되는 토지는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않으므로, 명시적 규정이 없더라도 분리과세대상으로 간주되어야 한다고 판단했습니다. 따라서 종합부동산세 과세대상에서도 제외되어야 합니다.
2. 이 사건 제2토지(수익사업 사용 토지)의 경우, 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제1호는 비영리사업자(종교단체)가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지를 분리과세대상으로 규정하고 있으며, 수익사업 사용 여부를 제외하는 명시적 규정이 없었으므로 수익사업에 사용하더라도 분리과세대상에 해당한다고 판단했습니다.
3. 위와 같은 과세 대상 분류의 오류는 조세법률주의 원칙에 반하는 것으로, 법규의 중요한 부분을 위반한 '중대하고 명백한 하자'에 해당하여 과세처분은 당연무효라고 보았습니다. 이 사건 경감 부분에 대한 과세처분은 이중감면 문제를 일으키지 않으며, 과세대상 구분 전환으로 보지 않아 중복 특례 배제 대상이 아니라고 보았습니다. 또한 과세 대상과 과세 표준은 명확히 구분되므로 과세표준에 관한 규정으로 해석될 수 없다고 했습니다.
4. 피고들은 원고에게 과오납된 재산세, 지방교육세, 종합부동산세, 농어촌특별세를 유형2 계산 방식(과세대상 구분 후 과표에 경감률을 적용하여 과표 공제 후 세액 산출)에 따라 산정하여 반환할 의무가 있습니다. 구체적인 반환 금액은 다음과 같습니다. 가. 서울특별시 영등포구는 64,696,744원 및 이에 대한 2021년 12월 14일부터 2025년 5월 15일까지 연 1.2% 또는 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다. 나. 서울특별시는 90,575,424원 및 이에 대한 2021년 12월 14일부터 2025년 5월 15일까지 연 1.2% 또는 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다. 다. 대한민국은 1,196,114,000원 및 이에 대한 2021년 12월 14일부터 2025년 5월 15일까지 연 1.2% 또는 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다.
5. 소송비용은 원고가 50%, 피고들이 나머지 50%를 부담합니다.

결론

법원은 지방세법 및 관련 시행령의 문언적 해석 원칙과 조세법률주의를 강조하며, 도시계획시설 장기 미집행 토지와 비영리사업자가 과거부터 소유한 수익사업용 토지에 대한 과세당국의 재산세 및 종합부동산세 부과처분이 위법하고 그 하자가 중대·명백하여 당연무효라고 결론 내렸습니다. 이에 따라 피고들에게 과오납된 세금과 가산금을 원고에게 반환하라는 판결을 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 구 지방세특례제한법 제84조 제1항: 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시계획시설로서 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토지에 대해 재산세의 100분의 50을 경감하고, 「지방세법」 제112조에 따라 부과되는 세액을 면제합니다. 이 규정은 도시계획시설사업 미집행으로 인한 토지 소유자의 재산권 제한을 완화하기 위한 것입니다.
• 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서: 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하는데, '이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지'는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있습니다. 대법원 판례에 따라 이러한 토지는 사실상 분리과세대상으로 간주됩니다.
• 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제1호 (개정 전)​: '대통령령으로 정하는 토지'로서 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지는 분리과세대상으로 규정되었습니다. 이는 종교단체와 같은 비영리사업의 공익성을 고려한 조항이며, 수익사업에 사용하는 부분인지 여부를 따지지 않습니다. 단, 이후 개정을 통해 종교단체 토지 중 수익사업용 토지는 분리과세대상에서 제외될 수 있도록 범위가 제한되었습니다.
• 종합부동산세법 제11조: 종합합산과세대상 토지와 별도합산과세대상 토지만을 종합부동산세 과세대상으로 정하고, 분리과세대상 토지는 종합부동산세 과세대상에서 제외됩니다.
• 조세법률주의: 조세 법규는 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 엄격하게 해석해야 하며, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다.
• 과세처분의 당연무효: 과세처분에 위법 사유가 있는 것을 넘어, 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 '중대하고 객관적으로 명백한' 경우 과세처분은 당연무효가 됩니다. 과세 대상 자체를 잘못 판단한 경우는 중대하고 명백한 하자로 인정될 수 있습니다.
• 부당이득 반환 및 가산금: 과오납된 세금은 법률상 원인 없이 국가나 지방자치단체가 얻은 부당이득에 해당하므로 반환되어야 합니다. 또한 국세기본법 및 지방세기본법에 따라 과오납된 세금에 대해 환급가산금(법정이자 성격)이 지급되며, 소송 촉진 등에 관한 특례법에 따라 소송 제기 후에는 이행지체로 인한 지연손해금(연 12%)이 발생할 수 있습니다.
• 지방세특례제한법 제180조: 동일한 과세대상에 둘 이상의 감면 규정이 적용될 경우 감면율이 높은 것 하나만 적용하도록 하는 중복 특례 배제 규정이 있으나, 과세 대상 구분 전환은 '감면'이 아닌 '과세 대상 포섭'으로 보아 이 조항의 적용 대상이 아니라고 판단됩니다.

참고 사항

비슷한 상황에 처한 분들은 다음 사항을 참고할 수 있습니다.

• 도시계획시설 장기 미집행 토지: 자신이 소유한 토지가 도시계획시설로 지정되었으나 10년 이상 장기간 사업이 진행되지 않은 경우, 해당 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 부과 내역을 확인해야 합니다. 지방세특례제한법에 따라 이러한 토지는 재산세가 경감될 수 있으며, 구 지방세법 해석에 따르면 분리과세대상으로 분류되어 세금 부담이 줄어들 수 있습니다.
• 비영리사업자의 오래된 수익사업용 토지: 종교단체와 같은 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유해 온 토지 중 수익사업에 사용되는 부분이 있다면, 해당 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 분류를 검토해야 합니다. 구 지방세법 시행령의 문언에 따라 수익사업 사용 여부와 관계없이 분리과세대상으로 분류될 여지가 있습니다. 다만, 관련 법령은 시간이 지남에 따라 개정될 수 있으므로 과세 시점의 정확한 법령을 확인하는 것이 중요합니다.
• 과세처분의 무효 사유: 과세 관청이 법령 규정의 문언상 과세 요건의 의미가 분명한데도 이를 잘못 해석하여 과세 처분을 했다면, 이는 그 하자가 중대하고 명백하여 과세 처분이 당연 무효가 될 수 있습니다. 납세자가 세금 부과 당시 하자를 몰랐거나 불복 기간 내에 다투지 않았더라도, 하자의 객관적 명백성이 인정되면 처분 무효를 주장할 수 있습니다.
• 과오납금 반환 청구: 부당하게 납부된 세금은 부당이득 반환 청구의 대상이 되며, 원금뿐만 아니라 법정 이자 성격의 환급가산금 및 지연손해금도 함께 청구할 수 있습니다. 환급가산금의 이율은 시기별로 달라질 수 있으므로 정확한 계산을 위해서는 해당 시점의 이율을 확인해야 합니다.