해외 자회사 재고 과소계상으로 인한 법인세 부과 사건

주식회사 A는 특수관계인들로부터 주식회사 B의 주식을 매입했습니다. 이후 세무조사에서 B의 해외 자회사들이 과거 재고자산을 과소계상하여 B의 재무제표상 손익이 낮게 평가되었고, 그 결과 원고가 매입한 B 주식의 가치가 실제보다 낮게 책정된 것으로 드러났습니다. 이에 세무서는 원고에게 2015년 귀속 법인세 19억 3천여만 원을 부과했으나, 원고는 이 처분이 근거 과세의 원칙에 위배된다며 소송을 제기했습니다. 법원은 세무서가 근거로 삼은 B의 내부 문서들이 합리적이고 진실성 있는 과세 자료라고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: 주식회사 A (신발류 부품 및 완제품 제조 판매업을 하는 회사로, B의 대표이사 자녀들이 주식을 보유한 특수관계 법인)
• 피고: 서부산세무서장 (원고에게 법인세를 부과한 기관)
• 주식회사 B (수출입업 등을 목적으로 설립된 회사로, 원고의 대주주 자녀들이 주식을 소유한 원고와 특수관계에 있는 회사)
• C: 주식회사 B의 대표이사 (그의 자녀들이 원고의 대주주이자 B의 주주)
• D, E: C의 자녀들 (원고의 대주주이자 B의 주주)
• F, G, H: 주식회사 B의 주주들 (원고가 이들로부터 B 주식을 매입함)
• I, J, K: 주식회사 B의 해외 자회사들 (재고자산 과소계상 문제가 발생한 회사들)

분쟁 상황

주식회사 A는 2015년 4월 2일, 특수관계인인 B의 주주들로부터 B 주식 99,455주를 주당 589,245원에 매입했습니다. 이후 서울지방국세청은 2016년 9월부터 2017년 1월까지 원고에 대한 통합세무조사를 실시했습니다. 조사 결과, B의 해외 자회사들(I, J, K)이 2012년부터 2014년까지 누적된 재고자산을 매출원가에 반영하는 방식으로 재무제표상 손익을 과소계상한 사실을 확인했습니다. 이에 따라 B의 해외 자회사 주식 100%를 보유한 B의 재무제표상 손익도 과소계상되었고, 결국 원고가 매입한 B 주식의 실제 가치가 주당 71,363원 낮은 가격으로 책정되었다고 판단했습니다. 세무당국은 누락된 매입가액 7,097,385,054원을 원고의 2015년도 익금에 산입해야 한다고 보고, 2017년 11월 2일 원고에게 2015사업연도 법인세 1,936,088,560원(가산세 포함)을 부과했습니다. 원고는 이 부과처분에 불복하여 과세전적부심사 및 조세심판을 청구했으나 모두 기각되었고, 결국 이 사건 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

세무당국이 기업의 내부 관리 목적으로 작성된 '가공자산' 관련 내부 문서를 주식 가치 평가의 근거 자료로 사용하여 법인세를 부과한 것이 '근거 과세의 원칙'에 부합하는지 여부입니다. 즉, 장부 외의 내부 문서가 과세 자료로서의 합리성과 진실성을 갖추었는지에 대한 판단이 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

원고의 청구를 기각한다. 즉, 피고인 서부산세무서장이 원고에게 부과한 법인세 1,936,088,560원(가산세 포함)의 처분은 적법하다.

결론

법원은 주식회사 B의 내부 문서, 임직원들의 이메일, 관련자의 진술 등이 회사 내부에서 체계적으로 가공자산 등을 관리하는 과정에서 작성되었고 그 내용이 구체적이며 합리적이고 진실성이 있다고 판단했습니다. 특히, 해외 자회사들의 재고자산 과소계상 및 정리 내역이 상세하게 기록되어 있고, 외부감사보고서상 이익과 내부 결산보고서상 이익이 가공자산 조정을 통해 일치하는 점 등을 근거로 들었습니다. 따라서 과세관청이 이러한 내부 문서들을 장부 외의 신뢰할 수 있는 자료로 삼아 주식 가치를 재산정하고 법인세를 부과한 것은 '근거 과세의 원칙'에 위배되지 않는다고 보아 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 '국세기본법 제16조 제1항과 제2항'에 따른 근거과세의 원칙과 예외 조항에 대한 해석을 다루고 있습니다.

국세기본법 제16조 제1항 (장부의 비치 기록)​: '납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다'고 명시하고 있습니다. 이는 세무 조사의 기본 원칙으로, 납세자가 작성한 장부를 존중하는 것을 의미합니다.

국세기본법 제16조 제2항 (장부 외의 자료에 의한 결정)​: '제1항에도 불구하고 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다'고 규정하고 있습니다. 이 조항은 장부의 내용이 실제와 다르거나 불완전한 경우, 세무당국이 다른 합리적인 자료를 바탕으로 과세표준을 결정할 수 있는 법적 근거를 제공합니다.

법원은 대법원 판례를 인용하여 세액을 경정할 때 장부나 증빙 외에 다른 자료에 의해서도 그 신고 내용에 오류나 탈루가 인정되고 실지 조사가 가능하다면 경정할 수 있다고 보았습니다. 또한 세무조사 과정에서 작성된 자료라도 그 작성 경위와 내용이 당사자의 자유로운 의사에 반하지 않고 과세 자료로서 합리적이며 진실성이 인정되면 실지 조사의 근거가 될 수 있다고 판단했습니다.

이 사건에서 법원은 B의 내부 문서들이 단순히 내부 보고용 자료에 그치지 않고, 회사의 체계적인 자산 관리 과정에서 구체적이고 합리적인 근거를 가지고 작성되었으며, 해외 자회사들의 실제 재고자산 현황을 반영한다고 보아 국세기본법 제16조 제2항에 따라 과세 자료로서의 신뢰성을 인정했습니다. 원고가 주장하는 '가공자산'의 의미에 대한 해석이나 내부 문서의 추정적 성격에 대한 주장을 받아들이지 않음으로써, 과세관청이 제시한 내부 자료의 증명력을 높게 평가했습니다.

참고 사항

특수관계인 간의 주식 거래에서는 거래 가격의 적정성이 세무당국의 엄격한 검토 대상이 됩니다. 기업 내부적으로 관리하는 문서나 이메일 등도 그 내용이 구체적이고 체계적이며, 회사의 실제 상황을 반영한다고 판단되면 세무조사 시 중요한 과세 자료로 활용될 수 있습니다. 특히 해외 자회사를 운영하는 경우, 본사와의 자산 및 재고 관리 현황에 대한 소통 내용, 내부 보고서 등이 세무당국의 조사 대상이 될 수 있으므로, 재무회계와 관리회계의 차이를 명확히 하고 모든 문서의 작성 경위와 근거를 명확하게 보관해야 합니다. 재고자산의 과소계상이나 누락은 나중에 큰 금액의 세금 추징으로 이어질 수 있으므로, 회계 처리를 투명하고 정확하게 하는 것이 매우 중요합니다. 장부의 내용이 사실과 다르거나 누락된 부분이 있을 경우, 세무당국은 장부 외의 다른 합리적인 증거 자료를 바탕으로 세액을 결정할 수 있다는 점을 유념해야 합니다.