건설사 분양계약 해지 법인세 감액 청구 판결

주택신축판매업을 영위하는 대양산업개발 주식회사가 아파트 분양계약 해지로 인해 과거 사업연도에 납부한 법인세 환급을 청구했으나 세무서가 이를 거부한 사건입니다. 특히 2012년 1월 1일 이후 해지된 계약에 대해 개정된 법인세법 시행령 조항의 적용 시점을 두고 다툼이 있었습니다. 대법원은 개정 법령의 적용 시기 해석에 오류가 있다며 원심을 파기하고 사건을 다시 심리하도록 환송했습니다.

관련 당사자

• 대양산업개발 주식회사: 아파트 건설 및 분양 사업을 하는 법인
• 고양세무서장: 대양산업개발 주식회사의 법인세 부과 및 징수를 담당하는 세무 기관

분쟁 상황

대양산업개발 주식회사는 2008년부터 2010년까지 아파트를 건설하여 분양하고, 작업진행률과 분양률을 기준으로 해당 사업연도 법인세를 신고·납부했습니다. 그러나 분양계약 중 약 17%(2011년), 6%(2012년), 11%(2013년)가 수분양자들의 잔금 미지급 등으로 해제되었습니다.

회사는 분양계약 해제로 감소된 분양률을 기준으로 2008년~2010년 법인세를 재산정하여 2009년 사업연도 법인세에 대한 환급을 요구하는 경정청구를 2013년 3월 29일에 제기했습니다. 고양세무서장은 2013년 5월 8일 이를 거부했습니다. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 한 결과, 2012년 1월 1일 이전 해제된 계약에 대해서는 경정청구를 인정했으나, 그 이후 해제된 계약에 대해서는 기각되었습니다.

결과적으로 2012년 및 2013년에 해제된 분양계약과 관련하여 2009년 법인세에 대한 후발적 경정청구를 거부하는 부분만 남아 이 사건 소송의 쟁점이 되었습니다. 원심(서울고등법원)은 2012년 1월 1일 이후 해제된 계약은 개정 법인세법 시행령 제69조 제3항이 적용되어 해약일이 속하는 사업연도에 차감해야 하며, 또는 회사의 관행상 해제일이 속하는 사업연도 소득에서 차감해 왔으므로, 2009년 법인세에 대한 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 보았습니다.

핵심 쟁점

아파트 분양계약 해제가 발생했을 때, 법인세법 시행령 개정 조항의 적용 시점이 언제인지, 그리고 특정 시점(2012년 1월 1일) 이후에 발생한 계약 해제가 그 이전 사업연도(2009년)의 법인세에 대한 '후발적 경정청구사유'가 될 수 있는지 여부가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

원심 판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 다시 돌려보냅니다 (환송).

결론

대법원은 개정된 법인세법 시행령 제69조 제3항(이 사건 조항)이 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도 분의 과세에 적용되며, 그 이전 사업연도 분의 과세에 대해서는 설령 그 이후에 계약 해제라는 후발적 경정청구 사유가 발생했더라도 적용되지 않는다고 판단했습니다.

이는 후발적 경정청구 제도가 납세자의 권리 구제를 확대하려는 취지임을 강조하며, 특별한 사정이 없는 한 개정 규정의 시행 전에 이루어진 잘못된 과세에 대한 경정청구권에 영향을 미치지 않는다고 해석한 것입니다. 또한, 아파트 분양계약 해제가 경상적·반복적인 상품 판매 계약의 매출 에누리와 동일하게 볼 수 없으므로, 해제일이 속하는 사업연도의 소득에서 차감하는 방식의 기업회계 관행이 있다고 보기 어렵다고 보았습니다.

따라서 원심이 2012년 1월 1일 이후 계약 해제가 이루어졌다는 이유만으로 2009년 사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 판단한 것은 법리를 오해한 위법이 있다고 판시했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 주요하게 적용된 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 및 시행령 제25조의2 제2호 (후발적 경정청구 사유)​

   • 이 조항들은 납세의무자가 세금 신고를 한 후, 그 신고의 근거가 된 거래나 행위의 효력이 계약 해제 등으로 인해 없어지거나 취소된 경우, 나중에 세액을 다시 계산해달라고 요청할 수 있는 '후발적 경정청구'의 사유를 규정하고 있습니다.
   • 법인세에서도 계약의 해제는 원칙적으로 이러한 후발적 경정청구 사유가 됩니다. 다만, 법인세법 등 다른 규정에서 계약 해제로 인해 실현되지 않은 소득을 특정 사업연도의 소득에서 차감하도록 별도로 규정하고 있거나, 상품 판매 계약처럼 반복적으로 발생하는 해제에 대해 납세자가 기업회계 기준이나 관행에 따라 해당 해제일이 속하는 사업연도의 소득을 차감하여 신고해 왔다는 특별한 사정이 있다면, 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 보기도 합니다.

2. 법인세법 제40조 제1항 (익금과 손금의 귀속 사업연도)​

   • 내국법인의 사업연도별 수익(익금)과 비용(손금)은 그 금액이 '확정된 날'이 속하는 사업연도에 포함되어야 한다고 규정합니다. 이는 '권리확정주의'를 기본 원칙으로 합니다.

3. 구 법인세법 시행령 제69조 제1항 (작업진행률에 의한 익금·손금 산입)​

   • 건설, 제조 등 용역 제공으로 인한 수익과 비용은 진행된 작업의 비율(작업진행률)을 기준으로 계산하여 해당 사업연도의 수익과 비용으로 포함하도록 합니다.

4. 개정 법인세법 시행령 제69조 제3항 (이 사건 조항: 계약 해약 시 차액 처리)​

   • 2012년 2월 2일 신설된 이 조항은 작업진행률에 따라 계산된 수익과 비용이 공사계약 해약으로 인해 실제 확정된 금액과 차이가 발생한 경우, 그 차액을 '해약일이 속하는 사업연도'의 수익 또는 비용으로 보아 산입하도록 규정합니다.
   • 이 조항은 계약 해제로 인해 실현되지 않은 소득금액을 해제일이 속하는 사업연도의 손금(비용)으로 처리하게 하여, 원칙적인 후발적 경정청구권 행사를 제한하는 역할을 합니다.

5. 개정 법인세법 시행령 부칙 제2조 (적용례)​

   • 이 시행령은 '2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다'고 규정하고 있습니다. 대법원은 이 부칙 조항이 개정 시행령 시행 '이전'의 사업연도 과세분에 대한 후발적 경정청구권까지 제한하는 것은 아니라고 해석했습니다.

참고 사항

만약 사업을 운영하면서 계약이 해제되어 세금 납부의 근거가 변동되는 상황이 발생했다면, 다음 사항들을 고려해 볼 수 있습니다.

1. 세법 개정 내용 및 적용 시기 확인: 세법이 개정될 경우, 신설되거나 변경된 규정이 언제부터, 어느 사업연도부터 적용되는지를 명확히 파악하는 것이 중요합니다. 특히 법령의 부칙에 명시된 적용 시기에 대한 규정을 꼼꼼히 살펴보아야 합니다.
2. 후발적 경정청구 제도 활용: 세금 신고 후 계약 해제, 취소, 소송 판결 등 예측하지 못한 사유로 인해 세금 납부의 근거가 사라지거나 감소하는 경우, 국세기본법에서 정하는 '후발적 경정청구' 제도를 통해 이미 낸 세금을 돌려받거나 감액받을 수 있는 기회가 있습니다. 이 제도는 납세자의 권리 구제를 위한 것이므로 적극적으로 검토해 볼 필요가 있습니다.
3. 과세연도별 법령 적용의 주의: 세법 개정이 여러 과세연도에 걸쳐 영향을 미치는 경우, 각 과세연도에 적용되는 세법 조항과 부칙을 명확히 구분하여 적용해야 합니다. 특정 시점 이후에 발생한 계약 해제라도, 그 계약으로 인해 세금 납부 의무가 발생했던 시점에 따라 다른 법규가 적용될 수 있습니다.
4. 권리확정주의의 이해: 법인세법상 수익은 '권리가 확정된 날'이 속하는 사업연도의 소득으로 보는데, 계약 해제 등으로 권리 자체가 소멸되면 당초 확정되었던 권리의 전제가 상실될 수 있습니다. 이러한 경우 기존 과세에 대한 재검토가 필요합니다.
5. 기업회계 기준과 세법의 관계: 기업회계 기준이나 특정 업계의 관행이 세법 적용에 영향을 미칠 수 있지만, 모든 계약 해제에 대해 일반적으로 통용되는 회계 관행이 있다고 보기 어려운 경우도 있습니다. 특히 대규모 건설 계약 해제와 같은 비경상적인 상황은 더욱 그러합니다.