세금 · 행정
부동산 시행사인 원고 주식회사 A는 남양주시에서 대규모 주거단지 및 종합의료시설 조성 사업을 진행하며 다수의 토지를 취득하고 취득세를 납부했습니다. 이후 원고는 취득한 토지 중 일부가 국가 등에 귀속 또는 기부채납될 조건으로 취득된 것이므로 지방세법에 따라 취득세 비과세 대상에 해당한다고 주장하며 남양주시에 취득세 감액 경정 청구를 했습니다. 그러나 남양주시는 기부채납이 사실상 확정되지 않았다는 이유로 대부분의 청구를 거부했습니다. 이에 원고는 거부처분 취소 소송을 제기했고, 법원은 일부 특정 토지(별지 2 목록 제16항)에 대해서는 취득 당시 기부채납이 사실상 확정된 것으로 보아 원고의 손을 들어주었으나, 나머지 토지들에 대해서는 취득세 비과세 요건이 충족되지 않았다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 부동산 시행사가 취득한 토지가 지방세법 제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당하여 취득세 비과세 대상이 되는지 여부입니다. 특히 토지 취득 당시 기부채납의 약정이 '사실상 확정'되었는지, 또는 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 '구체적으로 특정'된 상태에서 기부채납에 대한 '협의가 진행 중'이었는지에 대한 판단이 중요했습니다.
법원은 피고 남양주시장이 2018년 12월 11일 원고에 대해 한 취득세 경정거부처분 중 '별지 2 목록 제16항 기재 부동산에 관한 부분'을 취소했습니다. 이는 해당 토지에 대한 취득세 비과세를 인정한다는 의미입니다. 그러나 원고의 나머지 청구(별지 2 목록 제1 내지 15항 기재 부동산에 관한 부분)는 기각했습니다. 소송비용은 원고가 90%, 피고가 10%를 각각 부담하도록 했습니다.
법원은 별지 2 목록 제16항 기재 토지의 경우, 원고가 2017년 4월 10일 토지를 취득할 당시 이미 피고의 2016년 3월 30일자 도시관리계획 고시로 해당 토지가 종합의료시설 부지로 결정되어 있었고, 피고가 원고에게 종합의료시설 부지의 기부채납을 전제로 협약 체결을 통보한 사실이 인정된다고 보았습니다. 따라서 이 토지는 위치와 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 기부채납 협의가 진행 중이었거나 사실상 확정된 것으로 판단하여 취득세 비과세 대상에 해당한다고 결론 내렸습니다.
그러나 별지 2 목록 제1 내지 15항 기재 토지들에 대해서는 비과세 요건을 충족하지 못한다고 보았습니다. 구체적으로 원고가 2014년 4월 22일 별지 2 목록 제1 내지 9항 토지를 취득했을 당시에는 도시계획시설 입안 제안 단계에 불과하여 기부채납 대상 토지가 구체적으로 특정되거나 협의가 진행 중이었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 또한, 2015년 3월 31일 별지 2 목록 제10 내지 15항 토지를 취득했을 때에도 피고의 입안 반영 통지가 세부 계획 수립 및 도시계획위원회 심의를 전제로 한 것이었고, 확약서에도 구체적인 위치나 면적이 특정되지 않았으며, 실제 도시계획 변경 가능성이 있어 기부채납이 사실상 확정되었다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 종합적으로 피고의 2016년 3월 30일 도시관리계획 결정 고시 이전에는 구체적인 기부채납 협의가 진행 중이었다고 보기 어렵다고 보았습니다.
