세금 · 행정
아파트 분양사업 시행사인 원고 회사는 시공사 청구 공사대금 기준으로 작업진행률을 산정하여 법인세를 신고했으나, 피고 세무서장은 시공사의 실제 공사비 발생액을 기준으로 재산정하여 법인세를 경정·부과했습니다. 또한 원고 회사가 토지 매도인 등에게 지급한 금원에 대해 원천징수를 하지 않았다며 소득세를 부과하고, 원고 회사 대표이사와 그 배우자를 과점주주로서 제2차 납세의무자로 지정했습니다. 원고들은 이에 불복하여 작업진행률 산정 기준의 부당성, 추가 금원의 매매대금 성격, 그리고 배우자의 제2차 납세의무 부당성 등을 주장하며 과세처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 원고들의 모든 주장을 기각하고 피고의 법인세, 소득세 및 제2차 납세의무 부과 처분들이 모두 적법하다고 판단했습니다.
원고 회사는 OO시 OO동에 DDD아파트 신축 및 분양사업을 시행하며, 시공사인 EE산업개발이 청구한 공사대금을 기준으로 작업진행률을 산정하여 2006년 및 2007년 귀속 법인세를 신고·납부했습니다. 중부지방국세청의 세무조사 결과, 피고 동안양세무서장은 EE산업개발의 실제 공사비 발생액을 기준으로 작업진행률을 재산정하여 원고 회사의 법인세를 경정·고지했습니다. 또한 피고는 원고 회사가 이 사건 사업 과정에서 토지 매도인 등에게 지급한 금원들이 이자소득, 사업소득, 기타소득에 해당함에도 원천징수하지 않았다며 2003년 내지 2007년 귀속 소득세(원천분)를 부과했습니다. 원고 회사가 세금을 납부하지 않자 피고는 원고 회사 대표이사 정BB와 그의 배우자 이CC를 과점주주로서 제2차 납세의무자로 지정하여 납부 통지했습니다. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 일부 소득세 부과에 대해 '재조사하여 과세표준과 세액을 경정하라'는 결정을 했으나, 법인세 작업진행률 관련 주장 및 이CC의 과점주주 책임 주장은 배척했습니다. 이후 피고는 조세심판원 결정 및 추가 재조사에 따라 소득세 일부를 감액 및 증액 경정하고, 대법원 판결 취지에 따라 법인세 가산세 일부를 취소 후 재부과하여 최종적인 법인세, 소득세, 제2차 납세의무 부과처분을 했습니다. 이에 원고들은 최종적으로 경정된 각 부과처분들의 취소 또는 무효확인을 구하며 이 사건 소송을 제기했습니다.
법원은 아파트 분양사업의 손익 귀속 시기 산정 기준, 토지 매매 관련 추가 금원의 소득 분류, 과점주주 배우자의 제2차 납세의무 등과 관련하여 원고들의 주장을 모두 배척하고, 피고 세무서장의 법인세, 소득세, 제2차 납세의무 부과 처분들이 모두 적법하다고 최종 판단했습니다.
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