법인세 부과를 놓고 벌어진 주차장 토지 양도세 논란 사건

주식회사 A는 2014년에 매수한 토지를 2019년에 매도하면서 해당 토지를 사옥의 부설주차장으로 사용되는 사업용 토지로 판단하여 비사업용 토지 양도소득에 대한 추가 법인세를 신고하지 않았습니다. 그러나 남대문세무서장은 해당 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2020 사업연도 법인세 65,166,340원(가산세 포함)을 추가 부과했습니다. 이에 주식회사 A는 세무서의 처분이 위법하다며 소송을 제기했으나 법원은 해당 토지가 사옥의 부속토지로서 재산세 별도합산과세대상으로 보기 어렵다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: 주식회사 A (복합운송주선업 등을 영위하며 부산 사옥을 소유하고 해당 토지를 매수 및 매도한 법인)
• 피고: 남대문세무서장 (주식회사 A에 대해 2020 사업연도 법인세 65,166,340원을 추가 부과한 행정기관)

분쟁 상황

주식회사 A는 2014년 부산 중구의 토지를 1,467,403,794원에 매수하여 2019년 2,000,000,000원에 매도했습니다. 원고는 이 토지가 부산 사옥의 부설주차장으로 사용되는 사업용 토지에 해당한다고 주장하며 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 따른 비사업용 토지 양도소득에 대한 추가 법인세를 신고·납부하지 않았습니다. 그러나 남대문세무서장은 이 토지가 '종합합산과세대상'으로 재산세가 부과되었고 주차장법상 부설주차장으로 신고 또는 허가된 사실이 없어 비사업용 토지에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라 2022년 7월 21일 원고에게 2020 사업연도 법인세 65,166,340원(가산세 11,906,720원 포함)을 추가 부과했습니다. 주식회사 A는 이 처분이 위법하다며 법인세부과처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

주식회사 A가 양도한 토지가 법인세법상 '비사업용 토지'에 해당하는지 여부가 쟁점이었습니다. 특히 이 토지가 주식회사 A 부산 사옥의 '부속토지'로서 재산세 별도합산과세대상에 해당하여 비사업용 토지에서 제외될 수 있는지가 핵심이었습니다.

법원의 판단

법원은 이 사건 토지를 주식회사 A 사옥의 부속토지로서 재산세 별도합산과세대상으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 구체적으로 사옥 자체에 지하 4층 규모의 주차장이 있어 토지의 주차장 필요성이 의문이며, 해당 토지가 유료 주차장으로 운영되었을 뿐 사옥을 위한 부설주차장으로 사용되었음을 입증할 자료가 부족하다고 보았습니다. 또한 토지 보유 기간 동안 재산세가 종합합산과세대상으로 부과되었음에도 원고가 이의를 제기하지 않았고, 사옥과 토지가 별개로 처분되었다는 점 등을 근거로 피고의 법인세 추가 부과 처분은 위법하지 않다고 판시했습니다.

결론

재판부는 원고 주식회사 A의 청구가 이유 없다고 보아 이를 기각하며 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 주요 법적 쟁점은 토지 양도 시 부과되는 법인세와 관련된 것이었습니다.

• 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 '비사업용 토지'를 양도하는 경우 양도소득에 10%를 곱한 세액을 법인세에 추가하여 납부하도록 규정합니다. 이는 토지 투기를 억제하고 기업의 본업에 집중하도록 유도하려는 목적을 가집니다.

• 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 (나)목은 '비사업용 토지'에서 제외되는 경우를 명시하는데, 그중 하나로 '지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상으로 된 토지 등'을 언급합니다. 즉 재산세가 별도합산과세대상으로 분류되면 법인세법상 비사업용 토지에서 제외되어 추가 법인세 부담을 피할 수 있습니다.

• 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목은 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 '건축물의 부속토지'를 재산세 '별도합산과세대상'으로 규정합니다. 따라서 해당 토지가 건축물의 부속토지로 인정받는지 여부가 중요합니다.

• 대법원 판례의 '건축물의 부속토지' 관련 법리: '건축물의 부속토지'는 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지를 의미하며, 토지의 실제 이용 현황에 따라 객관적으로 판단해야 한다고 판시합니다. 토지가 건축물이 있는 필지와 별개이거나 건축물이 신축된 이후 취득한 것인지는 부속토지 여부를 결정하는 주요 요인이 아닙니다.

이 사건에서 주식회사 A는 양도한 토지가 사옥의 '부속토지'로서 재산세 '별도합산과세대상'에 해당하므로 법인세법상 '비사업용 토지'에서 제외되어야 한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 토지의 실제 사용 현황, 주차장으로서의 필요성, 유료 주차장 운영 여부, 재산세 부과 내역, 사옥과 토지의 별도 처분 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 해당 토지를 사옥의 부속토지로 인정하지 않았습니다. 이로 인해 해당 토지는 법인세법상 비사업용 토지로 분류되어 추가 법인세 부과 처분이 정당하다고 판단되었습니다.

참고 사항

토지를 사업용으로 분류하기 위해서는 단순히 소유하는 것을 넘어 해당 건축물의 효용과 편익을 위해 실질적으로 사용되고 있음을 객관적으로 입증해야 합니다. 주차장으로 사용하려는 경우 '부설주차장'으로 인정받기 위해서는 주차장법 등 관련 법규에 따른 신고나 허가 여부, 그리고 실제 이용 형태(무료 이용, 특정 건물 전용 여부)가 중요하게 고려될 수 있습니다. 만약 유료 주차장으로 운영된다면 특정 사업용 건축물의 부설주차장으로 인정받기 어려울 수 있습니다. 재산세 과세 내역(별도합산과세대상 대 종합합산과세대상)은 토지의 사업용 여부를 판단하는 중요한 근거가 되므로 토지 매수 및 보유 시 재산세 부과 현황을 면밀히 확인하고 이의가 있다면 적시에 제기해야 합니다. 건축물과 물리적으로 떨어져 있는 토지를 부속토지로 주장할 때는 더 명확한 사용 목적과 증빙이 필요하며 건축물과 별개로 처분될 가능성 등 여러 요소를 종합적으로 고려해야 합니다.