프로젝트금융투자회사 취득세 감면 불인정 처분 취소 사건

주식회사 A는 주거 및 업무복합건물 신축 및 분양 사업을 목적으로 설립된 법인입니다. A는 2014년 부동산 취득 시 프로젝트금융투자회사(PFIC)로 인정받아 취득세 50% 감면을 받고 취득세 등 합계 169,213,270원을 납부했습니다. 그러나 금천구청장은 2019년 A가 PFIC 요건을 갖추지 못했다고 판단하여, 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세 합계 850,411,560원(가산세 포함)을 추가로 부과했습니다. 이에 A는 위 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 원고: 주식회사 A - 주거 및 업무복합건물 신축 및 분양 사업을 수행하고, 프로젝트금융투자회사로 취득세 감면을 받은 법인입니다.
• 피고: 금천구청장 - 원고에게 프로젝트금융투자회사 요건 불충족을 이유로 취득세 등 추가 세금을 부과한 주체입니다.
• 주식회사 D, E, F 주식회사: 원고의 지분 대부분을 보유하거나 원고와 특수관계인으로, 원고의 설립목적과 무관하다고 지적된 대여금 관련 관계사들입니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 대규모 부동산 개발 사업을 위해 설립되었고, 세금 감면 혜택을 받기 위해 스스로를 프로젝트금융투자회사(PFIC)로 등록했습니다. 그러나 세무 당국은 A가 법에서 정한 PFIC의 까다로운 요건, 특히 자산 운용 방식, 상근 임원 유무, 자본금 규모 등에서 미흡하다고 보아, 이전에 감면해 주었던 세액을 포함하여 막대한 액수의 세금을 추가로 부과했습니다. A는 이러한 처분이 부당하다고 주장하며 법원에 소송을 제기하여 세무 당국과 다투게 된 상황입니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

1. 원고 주식회사 A가 구 법인세법에서 정하는 프로젝트금융투자회사의 요건(특정 사업에 자산 운용 및 수익 배분, 본점 외 영업소 및 상근 임원 부재, 자본금 규모 등)을 충족하는지 여부.
2. 피고의 취득세 등 부과처분이 지방세기본법에 따른 부과제척기간(세금을 부과할 수 있는 기간) 내에 이루어졌는지 여부.

법원의 판단

법원은 원고 주식회사 A가 구 법인세법상 프로젝트금융투자회사의 요건을 충족한다고 보았으며, 설령 일부 행위가 설립 목적과 무관하다 해도 취득세 감면 취지에 부합한다면 PFIC 요건을 불충족했다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한 피고의 부과처분은 지방세기본법에 따른 5년의 부과제척기간이 경과한 후에 이루어져 위법하다고 보았습니다. 이에 따라 법원은 피고가 원고에 대하여 한 모든 부과처분을 취소한다고 판결했습니다.

결론

원고 주식회사 A의 청구가 받아들여져 금천구청장의 취득세 등 부과처분은 모두 취소되었고, 소송비용은 피고가 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 판결에서는 주로 다음 법령과 법리가 적용되었습니다.

1. 구 조세특례제한법 제120조 제4항 제3호: 이 법 조항은 '법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 프로젝트금융투자회사'가 부동산을 취득할 경우 취득세의 50%를 감면하도록 규정하여, 사회간접자본시설 투자 등 대규모 사업의 활성화를 유도하는 취지가 있습니다.
2. 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호: 이 조항은 배당가능이익의 90% 이상을 배당할 경우 소득공제를 받을 수 있는 프로젝트금융투자회사의 세부 요건을 규정합니다. 이 사건에서는 특히 다음 요건들이 쟁점이 되었습니다.
   • 가목 (자산 운용 및 수익 배분)​: '회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것'을 요구합니다. 법원은 원고가 주거 및 업무복합건물 신축 및 분양 사업을 실제 진행했고, 이는 PFIC 설립 취지에 부합한다고 판단했습니다. 다른 특수관계인과의 대여금 문제가 법인세법상 부당행위계산 부인 대상일 수는 있어도, PFIC 요건 충족 여부와는 별개로 보았습니다.
   • 나목 (영업소 및 상근 임원 부재)​: '본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것'을 요건으로 합니다. 법원은 원고가 본점 외 영업소를 두지 않았고, 정관상 직원과 상근 임원을 두지 않는다고 정했음을 인정했습니다. 특히 '상근 임원'의 정의와 관련하여, 법인세법상 소득처분 목적의 임원(실질 경영 참여자) 개념과 달리, PFIC 요건의 '상근'은 '날마다 일정한 시간에 출근하여 주 40시간에 상응하는 근로를 상시 제공'하는 것을 의미한다고 보아, 피고의 주장을 기각했습니다.
   • 아목 (자본금 규모)​: '자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것'을 요구하며, 시행령에서 자본금 50억 원 이상을 규정합니다. 법원은 원고가 이 사건 부동산 취득 시까지 자본금이 계속 50억 원이었음을 인정하여 요건을 충족했다고 보았습니다. 상법상 자본금은 발행주식의 액면총액으로, 기업회계상 자본잠식 여부와는 관계없다고 설명했습니다.
3. 지방세기본법 제38조 제1항 제3호 (부과제척기간)​: 이 조항은 지방세 부과권의 소멸시효인 부과제척기간을 규정합니다. 원칙적으로 세금을 부과할 수 있는 기간은 납세의무 성립일로부터 5년입니다(사기 등 부정한 행위가 있는 경우 10년). 법원은 원고가 허위 사실을 작출하는 등 적극적인 부정한 행위를 했다고 볼 수 없으므로 5년의 제척기간이 적용되며, 피고의 부과처분은 취득세 납부기한 다음 날인 2014년 10월 29일부터 5년이 경과한 2019년 12월 2일에 이루어져 위법하다고 판단했습니다.

참고 사항

비슷한 상황에 처할 경우 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

1. 프로젝트금융투자회사(PFIC) 요건 철저 확인: 프로젝트금융투자회사로 인정받아 세금 감면 혜택을 받고자 한다면, 관련 법령(구 조세특례제한법 및 구 법인세법)에서 정한 자산 운용 방식, 본점 외 영업소 및 상근 임원의 유무, 자본금 규모(50억 원 이상) 등 모든 요건을 정확히 이해하고 충족해야 합니다.
2. 사업 목적과의 부합 여부: 회사의 자산이 설비투자, 사회간접자본시설투자 등 '상당한 기간과 자금이 소요되는 특정 사업'에 운용되고 그 수익이 주주에게 배분되는지 명확히 증명할 수 있어야 합니다. 설령 특수관계인에 대한 대여금 등 일부 부적절해 보이는 거래가 있더라도, 회사의 주된 설립 목적에 따라 대규모 사업을 실제로 진행하고 있다면 PFIC 요건 충족으로 인정될 수 있습니다.
3. '상근 임원'의 정의 이해: 법인세법상 임원의 개념(실질적 경영 참여자 포함)과 프로젝트금융투자회사 요건상의 '상근 임원' 개념은 다를 수 있습니다. PFIC 요건의 '상근'은 일반적으로 주 40시간에 상응하는 상시 근로를 제공하는 경우를 의미하므로, 회사의 등기된 임원이 아니더라도 실질적으로 상근하는 것으로 볼 수 있는 사람이 있다면 문제가 될 수 있습니다.
4. 자본금과 자본잠식의 구별: PFIC 요건에서 요구하는 '자본금'은 발행 주식의 액면총액을 의미하며, 기업회계기준상의 자산에서 부채를 뺀 순자산과는 다른 개념입니다. 따라서 회사가 결손금으로 인해 자본잠식 상태에 있더라도 발행 자본금이 요건을 충족하면 PFIC로 인정될 수 있습니다.
5. 부과제척기간 확인: 세금 부과처분은 법에서 정한 '부과제척기간' 내에 이루어져야 합니다. 취득세의 경우 보통 납부기한 다음 날로부터 5년이며, 사기 등 부정한 행위가 없는 한 10년으로 연장되지 않습니다. 부과제척기간이 지나서 받은 세금 부과처분은 위법하므로, 반드시 그 기간을 확인해야 합니다.