불법 세무조사로 부과된 세금, 나중에라도 바로잡을 수 있나? 종합소득세 경정청구 사건

원고는 옥제품 도매업체를 운영하던 중 현금 매출 누락 의심으로 두 차례 세무조사를 받았습니다. 이 조사를 바탕으로 부가가치세와 종합소득세가 부과되었고, 이후 일부 세액이 감액 경정되었습니다. 원고는 관련 부가가치세 부과처분이 위법한 재조사에 기초했다는 대법원 판결에 따라 취소되자, 동일한 세무조사를 기반으로 부과된 종합소득세에 대해서도 세액을 바로잡아달라는 '후발적 경정청구'를 제기했습니다. 피고인 세무서장은 이를 거부했으나, 법원은 위법한 세무조사가 과세표준 및 세액 계산의 근거가 되는 행위가 판결로 다른 것으로 확정된 경우에 해당하여 후발적 경정청구가 가능하다는 원고의 주장을 일부 받아들여 종합소득세 부과처분 중 일부를 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 춘천에서 옥제품 도매업체 'C'를 운영하며 옥제품을 판매한 사업자. 세무조사로 부과된 종합소득세에 대해 경정청구를 한 당사자입니다.
• 피고 동대문세무서장: 원고의 주소지 관할 세무서장으로, 춘천세무서로부터 통보받은 조사 내용을 바탕으로 원고에게 종합소득세를 부과하고 원고의 경정청구를 거부한 당사자입니다.

분쟁 상황

원고 A는 2005년부터 옥제품 도매업을 운영하던 중 2008년 현금 매출 누락 의심으로 춘천세무서로부터 첫 번째 '현지확인' 조사를 받았습니다. 이 조사는 실질적으로는 세무조사였으며, 원고의 사업장에서 컴퓨터 하드디스크, 노트, 메모 등을 점검하고 매출 확인서를 작성받는 방식으로 진행되었습니다. 이어서 2009년에는 춘천세무서장이 타인 명의 계좌를 통한 매출 누락을 이유로 2차 '부가가치세 및 종합소득세 통합조사'에 착수했고, 이 조사는 나중에 조세범칙조사로 전환되었습니다. 이러한 조사를 바탕으로 2009년 원고에게 부가가치세 및 2005년2007년 귀속 종합소득세가 경정·고지되었습니다. 원고는 조세심판원 심판청구를 통해 2011년 일부 세액이 감액 경정되었으나, 여전히 세금 부과가 부당하다고 보아 2011년 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 취소소송을 제기했습니다. 종합소득세 부분은 소송 중 취하되었으나, 부가가치세 소송은 대법원까지 이어졌습니다. 대법원은 2017년 3월 16일, 첫 번째 '현지확인' 조사가 실질적으로는 세무조사였고, 두 번째 통합조사는 동일 세목 및 과세기간에 대한 금지된 '재조사'에 해당하여 위법하다고 판결하며 사건을 파기환송했습니다. 이에 따라 과세관청은 부가가치세 부과처분 중 일부를 직권 취소하고, 최종적으로 관련 부가가치세 부과처분이 모두 위법하다는 이유로 직권취소했습니다. 이러한 대법원 판결을 근거로 원고는 2017년 8월 25일, 위법한 세무조사를 기초로 부과된 2005년2007년 귀속 종합소득세와 스스로 신고 납부했던 2008년 귀속 종합소득세에 대해 '후발적 경정청구'를 했습니다. 그러나 피고 동대문세무서장은 이 청구를 거부하였고, 원고는 이에 불복하여 이의신청과 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

1. 후발적 경정청구의 가능성: 위법한 세무조사에 근거한 과세처분에 대해 통상적인 경정청구 기간이 지났더라도 '후발적 경정청구'를 할 수 있는지 여부입니다.
2. 세무조사 위법성 판결의 의미: 대법원 판결로 세무조사의 위법성이 확정된 것이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 '과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'에 해당하는지 여부입니다. 즉, 과세의 근거가 된 사실관계가 아니라 과세 과정 자체의 위법성 확인도 후발적 경정청구 사유가 되는지입니다.
3. 경정청구 기간 준수 여부: 후발적 경정청구 사유가 발생한 것을 '안 날'로부터 3개월 이내에 청구해야 한다는 요건을 원고가 충족했는지 여부입니다. 특히, 대법원 파기환송 판결 시점과 최종 파기환송심 판결 시점 중 어느 때를 '안 날'로 볼 것인지가 쟁점이었습니다.
4. 자진신고한 세액에 대한 후발적 경정청구: 과세관청의 부과처분 없이 납세자가 스스로 신고 납부한 세액에 대해서도 후발적 경정청구가 가능한지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같이 판결했습니다:

1. 피고 동대문세무서장이 2017년 9월 29일 원고에게 한 종합소득세 경정청구 거부처분 중 다음 부분을 모두 취소한다:
   • 2005년 귀속 종합소득세 부분
   • 2006년 귀속 종합소득세 중 9,140,260원을 초과하는 부분
   • 2007년 귀속 종합소득세 중 11,237,774원을 초과하는 부분
2. 원고의 나머지 청구(2008년 귀속 종합소득세 부분)는 기각한다.
3. 소송비용은 원고가 1/3, 피고가 나머지를 부담한다.

결론

법원은 위법한 세무조사에 근거한 과세처분은 국세기본법상 '후발적 경정청구' 사유가 된다고 보았습니다. 즉, 과세표준 및 세액의 계산 근거가 되는 행위 자체가 판결에 의해 위법한 것으로 확정되면, 이는 세액 산정의 근거가 다른 것으로 확정된 것으로 판단될 수 있습니다. 또한, 후발적 경정청구는 과세관청의 부과처분이 없더라도 납세자가 자진 신고·납부한 세액에 대해서도 가능하나, 이 사건에서는 2008년 귀속 종합소득세가 직접적으로 위법한 세무조사(2차 조사)에 근거한 부가가치세 부과처분과 연결되었다고 볼 증거가 부족하다고 보아 원고의 해당 부분 청구는 기각되었습니다. 결과적으로 원고는 2005년, 2006년, 2007년 귀속 종합소득세 중 위법한 재조사에 기반한 과세분 일부를 취소받아 세액을 돌려받을 수 있게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 판례는 국세 기본법 제45조의2(경정 등의 청구) 제2항에 명시된 '후발적 경정청구' 제도와 '재조사 금지 원칙'을 주요 법리로 다루고 있습니다.

1. 국세기본법 제45조의2 제2항(후발적 경정청구): 이 조항은 납세의무가 성립된 후 특정 '후발적 사유'가 발생하여 과세표준 및 세액 산정의 기초가 변동된 경우, 납세자가 그 사실을 증명하여 세액 감액을 청구할 수 있도록 납세자의 권리 구제를 확대하려는 취지입니다. 판례는 특히 제1호에 규정된 "과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때"라는 사유를 해석했습니다. 법원은 과세처분의 기초가 된 세무조사 자체가 위법하다는 판결이 확정된 경우도 이 조항에서 말하는 '과세표준 및 세액 계산 근거가 되는 행위 등이 다른 것으로 확정된 때'에 해당한다고 보았습니다. 즉, 단순히 과세 물건에 대한 사실관계 변경뿐만 아니라, 과세 절차의 위법성 확인도 후발적 경정청구 사유가 될 수 있다는 중요한 판단입니다. 이러한 청구는 해당 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 해야 합니다.

2. 국세기본법 제81조의4 제2항(재조사 금지): 이 조항은 세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 원칙적으로 재조사를 할 수 없다고 규정합니다. 이는 납세자의 영업의 자유와 법적 안정성을 보호하고, 세무조사권 남용을 방지하기 위함입니다. 판례는 이 사건의 2차 세무조사가 1차 조사가 실질적으로 세무조사였음에도 불구하고 동일한 과세기간과 세목에 대해 이루어진 '금지되는 재조사'에 해당하여 위법하다고 판단했습니다. 이러한 위법한 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법하다는 원칙이 이 판결의 핵심 근거가 되었습니다.

적용 및 중요성: 이 판결은 과세관청의 세무조사 절차적 위법성이 인정될 경우, 이미 납부된 세금에 대해서도 후발적 경정청구를 통해 뒤늦게라도 구제받을 수 있는 길을 열어주었습니다. 이는 조세법률주의와 납세자의 재산권 보장이라는 헌법적 가치에 부합하는 해석으로, 납세자 권리 보호에 중요한 의미를 가집니다. 또한, 후발적 경정청구는 과세관청의 부과처분 여부와 관계없이 납세자가 자진 신고·납부한 세액에 대해서도 그 사유가 충족되면 적용될 수 있음을 명확히 했습니다.

참고 사항

• 세무조사의 적법성 확인: 세무조사를 받을 때에는 조사의 종류(현지확인, 세무조사, 조세범칙조사 등)와 그에 따른 절차를 꼼꼼히 확인해야 합니다. 특히 이미 조사를 받은 과세기간이나 세목에 대해 다시 조사가 진행되는 경우, 이는 '재조사 금지 원칙'에 위배될 수 있으므로 유의해야 합니다.
• 증거 확보 및 기록 유지: 세무조사 과정에서 세무공무원의 질문 내용, 요구 자료, 현장 확인 내용 등을 정확히 기록하고, 관련 서류나 대화 내용을 보존하는 것이 중요합니다. 이는 나중에 세무조사의 위법성을 다툴 때 중요한 증거가 될 수 있습니다.
• 후발적 경정청구 제도 활용: 세금 부과 처분 이후에 해당 과세의 근거가 되는 거래나 행위가 소송 판결 등으로 인해 변경되거나, 이 사건처럼 세무조사 자체가 위법한 것으로 확정될 경우, 납세자는 '후발적 경정청구'를 통해 세액 감액을 요청할 수 있습니다. 일반적인 경정청구 기간(신고기한으로부터 3년)이 지났더라도 후발적 사유 발생을 안 날로부터 3개월 이내에 청구할 수 있습니다.
• '안 날'의 중요성: 후발적 경정청구는 사유가 발생한 것을 '안 날'로부터 3개월 이내에 해야 합니다. 이 '안 날'은 단순히 대법원 판결 선고일만이 아니라, 해당 판결에 따라 실질적으로 과세의 근거가 달라졌음을 알게 된 시점으로 해석될 수 있으므로, 최종적인 행정처분이나 후속 조치 시점을 기준으로 판단할 필요가 있습니다.
• 자진 신고·납부 세액도 대상: 과세관청의 부과처분이 없더라도 납세자가 자진하여 신고 납부한 세액에 대해서도 후발적 경정청구가 가능할 수 있습니다. 단, 자진 신고·납부된 세액의 과세 근거가 후발적 사유(예: 위법한 세무조사)와 직접적으로 연관되어야 합니다.