비영리단체의 기업 인성·적성검사 용역 부가가치세 부과 사건

행동과학 연구를 목적으로 설립된 비영리 사단법인이 여러 기업에 직원들의 인성·적성검사 용역을 제공했습니다. 해당 법인은 이 용역이 부가가치세 면세 대상이라고 보아 세금을 신고하지 않았으나, 세무서장은 이를 과세 대상으로 보아 약 7억 4천만 원의 부가가치세를 부과했습니다. 법원은 해당 용역이 새로운 학술 연구가 아닌 기존 연구 결과를 응용하여 수익을 얻는 영리 활동에 해당하며, 실비 변상적인 성격으로 볼 수도 없다고 판단하여 세무서장의 부가가치세 부과 처분이 정당하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고 (사단법인 한국행동과학연구소): 행동과학 연구를 목적으로 설립된 비영리 사단법인으로, 기업들을 대상으로 인성·적성검사 용역을 제공하고 부가가치세 면세를 주장했습니다.
• 피고 (삼성세무서장): 사단법인 한국행동과학연구소에 인성·적성검사 용역에 대한 부가가치세를 부과한 기관입니다.

분쟁 상황

행동과학 전반에 걸친 이론적 실제적 연구를 목적으로 1968년에 설립된 비영리 사단법인인 한국행동과학연구소는 1999년 하반기부터 2005년 하반기까지 일반 기업체들로부터 직원들의 인성·적성검사를 의뢰받아 용역을 수행하고 그 대가로 총 4,449,359,321원을 지급받았습니다. 연구소는 이 용역을 부가가치세 면제 대상으로 보고 계산서만 발행하고 부가가치세 신고를 하지 않았습니다. 이에 삼성세무서장은 2006년 12월 11일, 해당 용역에 대해 총 745,459,450원의 부가가치세를 결정·고지했습니다. 한국행동과학연구소는 이 처분에 불복하여 2007년 1월 23일 심판청구를 제기했으나, 조세심판원은 2009년 11월 5일 이를 기각했습니다. 이에 연구소는 법원에 부가가치세 부과처분 취소 소송을 제기하여 자신의 주장을 이어나갔습니다.

핵심 쟁점

사단법인 한국행동과학연구소가 기업에 제공한 인성·적성검사 용역이 구 부가가치세법 제12조 제1항 제13호에서 정한 '학술연구용역' 또는 같은 항 제16호에서 정한 '학술연구와 관련하여 제공하는 용역'으로서 면세 대상에 해당하는지 여부가 이 사건의 주요 쟁점이었습니다. 특히, 해당 용역이 새로운 학술을 개발하기 위한 연구 용역인지, 아니면 실비 변상적인 성격으로 제공된 것인지가 중요하게 다루어졌습니다.

법원의 판단

법원은 원고인 사단법인 한국행동과학연구소의 청구를 기각하며, 세무서장의 부가가치세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다. 첫째, 법원은 부가가치세 면제 대상인 '학술연구용역'은 새로운 이론이나 방법을 연구하는 것을 의미하며, 기존 학술 연구 결과를 단순히 응용하거나 이용하여 제공하는 용역은 해당하지 않는다고 판단했습니다. 원고의 인성·적성검사 용역은 기존의 이론과 방법을 바탕으로 기업 맞춤형 검사를 실시하고 결과를 분석하는 것이었으므로 새로운 학술 연구로 볼 수 없다고 보았습니다. 둘째, '학술연구와 관련하여 제공하는 용역' 또한 새로운 학술을 개발하기 위한 연구와 관련된 용역을 의미한다고 보았습니다. 원고의 경우 1999년부터 2005년까지 연평균 138개 기업에 용역을 제공했고, 해당 용역으로 인한 수입이 전체 수입의 90% 이상을 차지했으며, 관련 연구 실적도 주로 고객사별 검사 기법 개발 및 분석에 집중되어 있었기에 수익 활동의 일환으로 제공된 것으로 판단했습니다. 셋째, '실비'는 이윤을 포함하지 않는 실제 비용만을 의미하는데, 원고는 이 사건 과세 기간 동안 용역 제공으로 4,449,359,321원의 이익을 얻었으며, 검사 수수료가 피검사자 1인당 33,000원에서 45,000원으로 유사 용역을 제공하는 영리 기업에 비해서도 낮지 않은 수준이었으므로 실비 변상적인 용역으로 볼 수 없다고 판단했습니다.

결론

결론적으로 법원은 사단법인 한국행동과학연구소가 기업에 제공한 인성·적성검사 용역은 부가가치세 면세 대상인 순수 학술 연구 용역이나 실비 변상적인 용역에 해당하지 않으므로, 피고인 삼성세무서장의 부가가치세 745,459,450원 부과 처분은 정당하다고 판결했습니다. 따라서 원고의 청구는 받아들여지지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

본 사건에서는 구 부가가치세법(2006. 3. 24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제13호 및 제16호와 관련 시행령 규정들이 핵심적으로 적용되었습니다.

1. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 (학술연구용역 등의 면세)​: 이 조항은 학술연구용역에 대해 부가가치세를 면제한다고 규정합니다. 그러나 대법원 판례에 따르면 '학술연구용역'은 새로운 학술을 개발하기 위해 새로운 이론이나 방법을 연구하는 것을 의미하며, 이미 개발된 학술 연구 결과를 단순히 응용하거나 이용하여 공급하는 용역은 면세 대상에 해당하지 않습니다. 이 사건에서 법원은 사단법인 한국행동과학연구소가 제공한 인성·적성검사 용역이 기존에 개발된 검사 기법을 응용하여 기업들의 특성에 맞게 문제를 만들고 분석하는 것이었으므로, 새로운 학술을 연구하는 용역이 아니라고 판단하여 면세 대상에 해당하지 않는다고 보았습니다.
2. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 (그 밖의 용역의 면세) 및 동법 시행령 제35조, 시행규칙 제11조의3 제3항: 이 조항들은 학술연구단체가 학술연구와 관련하여 제공하는 용역으로서 실비 또는 이윤을 남기지 않고 제공하는 용역 등에 대해 면세를 규정합니다. 법원은 '학술연구와 관련하여 제공하는 용역' 역시 새로운 학술을 개발하기 위한 연구와 관련된 용역을 의미한다고 해석했습니다. 원고의 경우, 용역 수입이 전체 수입의 90% 이상을 차지하고 연구 실적이 주로 특정 기업의 검사 기법 개발 및 분석에 집중된 점 등을 들어 새로운 학술 개발 목적이 아닌 수익 활동으로 판단했습니다. 또한, '실비'는 이윤을 포함하지 않는 실제 비용만을 의미하는데, 원고가 상당한 이익을 얻었고 검사 수수료가 타 기업과 비교해도 낮은 수준이 아니었던 점을 고려할 때 실비만을 받고 용역을 제공했다고 볼 수 없다고 판단하여 이 조항 역시 적용되지 않는다고 보았습니다.

참고 사항

비영리 법인이라 할지라도 사업 활동의 실질적인 내용이 영리적 성격을 띠거나 기존 연구를 단순히 응용하는 수준에 그친다면 부가가치세 면제 혜택을 받기 어렵습니다. 학술연구용역으로 면세를 주장하려면, 새로운 학술 이론이나 방법을 개발하는 '연구' 자체가 주된 목적임을 구체적으로 입증할 수 있는 자료를 준비해야 합니다. 단순히 고객 맞춤형 서비스를 제공하는 것은 면세 대상이 아닐 수 있습니다. 용역 대가가 '실비'에 해당한다고 주장하려면, 이윤이 전혀 포함되지 않은 실제 비용 수준임을 명확히 보여줄 수 있어야 합니다. 유사 용역을 제공하는 영리 기업과 비슷한 수준의 수수료를 받거나 상당한 이익이 발생한다면 실비로 인정받기 어렵습니다. 전체 수입에서 특정 용역이 차지하는 비중이 매우 높고, 해당 용역과 직접 연결되는 순수 학술 연구 실적이 미미하다면, 과세 당국은 이를 영리 활동으로 판단할 가능성이 높으니 수입 구조와 연구 활동의 연관성을 명확히 관리해야 합니다. 위탁 연구 계약서 등에서 연구 결과의 소유권이나 지적재산권이 위탁 기업에 귀속되도록 명시된 경우, 이는 순수 학술 연구보다는 위탁 기업의 필요에 따른 용역 제공으로 해석될 여지가 크므로 계약 내용 작성 시 신중해야 합니다.