종교단체 명의신탁 부동산의 취득세 면제 불인정 사건

이 사건은 종교단체 A성전이 명의신탁된 부동산의 취득세 면제를 주장하며 서울특별시 강북구청장을 상대로 낸 취득세 등 경정 거부 처분 취소 소송의 항소심 판결입니다. A성전은 부동산을 종전 재단법인 명의로 명의신탁했다가 2015년에 명의신탁 해지를 원인으로 다시 A성전 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 이후 2017년에 현 소속 재단법인에 다시 명의신탁했습니다. A성전은 과거 명의신탁 기간에도 사실상 소유자로서 부동산을 종교 목적으로 2년 이상 직접 사용했으므로 취득세 면제 대상이라고 주장했으나, 법원은 이를 받아들이지 않고 취득세 면제 요건을 충족하지 못한다고 판단하여 A성전의 항소를 기각했습니다.

관련 당사자

• A성전: 종교시설 운영 주체로, 부동산 소유권 이전과 관련하여 취득세 면제를 주장하며 소송을 제기한 원고
• 서울특별시 강북구청장: A성전에 취득세 등 경정 거부 처분을 내린 행정기관이자 피고

분쟁 상황

A성전은 2004년과 2005년에 토지와 건물을 종전 재단법인 명의로 소유권이전등기했으나, 이는 명의신탁이며 실제로는 A성전이 소유하고 종교 목적으로 사용해왔다고 주장했습니다. 이후 2015년 12월 10일 명의신탁 해지를 원인으로 A성전 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 2017년 1월 26일에는 다시 현 소속 재단법인에 명의신탁했습니다. A성전은 이 사건 부동산을 2004/2005년부터 현재까지 2년 이상 종교 목적으로 직접 사용했으므로 취득세 면제 대상이 되어야 한다고 주장하며, 이미 납부한 취득세 215,591,150원, 지방교육세 12,319,510원, 농어촌특별세 15,399,370원을 돌려받기 위해 경정 거부 처분 취소 소송을 제기했습니다. 그러나 강북구청장은 A성전이 2015년 12월에 정식으로 부동산을 취득한 것이므로 그 이후 2년 사용 요건을 충족하지 못했다는 입장이었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 종교단체가 부동산을 명의신탁한 경우, 명의신탁자가 해당 부동산의 '사실상 취득자'로서 직접 사용한 기간으로 인정받을 수 있는지 여부입니다. 둘째, 지방세특례제한법상 취득세 면제 조항에서 규정하는 '종교단체가 해당 용도로 직접 사용'하는 기간의 시작 시점이 언제로 보아야 하는지입니다.

법원의 판단

재판부는 원고 A성전의 항소를 기각하고, 항소비용은 원고가 부담하도록 결정했습니다. 이는 제1심 판결과 동일하게 서울특별시 강북구청장의 취득세 등 경정 거부 처분이 적법하다고 본 것입니다.

결론

법원은 종교단체가 명의신탁 해지를 원인으로 소유권이전등기를 마친 시점에 비로소 '부동산 취득자'로서 취득세 납세의무자가 된다고 보았습니다. 따라서 A성전이 2015년 12월 10일 소유권이전등기를 마친 후 2년이 지나기 전인 2017년 1월 26일에 다시 현 소속 재단법인에 부동산을 이전하여 소유자 지위를 상실했으므로, 취득세 면제 요건인 2년 이상의 직접 사용 기간을 충족하지 못한다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 지방세특례제한법 제50조 제1항 (이 사건 면제조항 및 추징조항):
   • 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 취득한 부동산에 대해서는 취득세가 면제됩니다.
   • 다만, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각, 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세가 추징됩니다.
   • 이 조항에서 '종교단체가 부동산을 해당 용도로 직접 사용'한다는 것은 종교단체가 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 종교 활동에 직접 사용하는 것을 의미합니다.
2. 지방세법 제7조 제1항 및 제2항:
   • 부동산 등을 취득한 자에게 취득세를 부과합니다. '부동산의 취득'은 소유권 이전의 형식에 의한 모든 경우를 포함하며, 명의신탁 해지로 인한 소유권이전등기도 여기에 해당합니다.
   • 등기·등록을 하지 않았더라도 '사실상 취득'한 자에게 취득세를 부과하는데, 이는 소유권 취득의 실질적 요건(예: 대금 지급)을 갖춘 경우를 뜻합니다.
   • 그러나 명의신탁 관계 해지 단계이거나, 명의신탁 해지를 원인으로 한 소유권이전등기청구 소송에서 승소했지만 아직 등기를 마치지 않은 경우에는 '부동산 취득' 또는 '사실상 취득'으로 볼 수 없습니다.
3. 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 (부동산실명법) 제4조:
   • 원칙적으로 명의신탁 약정 및 이에 따른 물권 변동은 무효로 규정하고 있습니다. 다만, 특정 조건에서는 유효성이 인정될 수 있습니다.
   • 이 사건에서는 명의신탁 약정 및 등기가 유효한 경우를 전제로 판단이 이루어졌습니다.

참고 사항

종교단체나 다른 비영리 단체가 부동산 취득세 면제 혜택을 받기 위해서는 다음 사항을 주의해야 합니다.

1. 소유권의 형식적 요건과 실질적 요건: 부동산 취득세는 소유권이전등기 등 형식적 요건과 함께 대금 지급 같은 실질적 요건을 갖춘 경우에 부과됩니다. 명의신탁 관계에서는 명의신탁 해지를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐야 비로소 부동산 취득자로서의 지위가 인정될 수 있습니다.
2. 직접 사용 기간의 기준점: 취득세 면제를 위한 '직접 사용 기간'은 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 해당 용도에 직접 사용하는 시점부터 계산됩니다. 단순히 명의신탁자였다는 이유만으로 공식적인 등기 이전 시점보다 먼저 기간이 시작된다고 인정받기 어렵습니다.
3. 명의신탁의 법적 효과: 부동산 명의신탁은 그 약정의 유효/무효 여부에 따라 법적 효과가 달라집니다. 이 사건의 경우 유효한 명의신탁 약정을 전제로 판단되었으며, 무효인 명의신탁과는 법 적용이 다를 수 있다는 점을 유의해야 합니다.
4. 세금 면제 요건 철저 확인: 지방세특례제한법 등 관련 법령에서 정하는 취득세 면제 및 추징 조항의 문언과 입법 취지를 정확히 이해하고, 면제된 취득세가 추징될 수 있는 사유(예: 2년 미만 사용 후 매각·증여 또는 다른 용도로 사용)에 해당하지 않도록 주의해야 합니다.