2014년 지방세법 개정 후 에너지 절약 투자 공제 미적용 판결

A 주식회사는 2012년 에너지 절약 시설에 투자하여 구 조세특례제한법에 따라 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상 투자비를 지출했습니다. 하지만 최저한세 미달 등으로 인해 해당 사업연도에 법인세 공제를 받지 못했고, 이 공제는 이후 사업연도로 이월될 예정이었습니다. 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서 지방세 과세체계가 법인세액의 10%를 부과하는 방식에서 법인세 과세표준에 세율을 적용하는 독립세 방식으로 변경되었습니다. 이 개정법의 부칙에는 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 경과규정이 포함되어 있었습니다. 원고는 2014 사업연도 법인세 신고 시 이월공제를 적용했지만, 법인지방소득세에는 독립세 방식으로 변경된 과세체계 때문에 이월공제를 적용하지 않았습니다. 이후 원고는 위 경과규정을 근거로 2012년의 투자비 관련 법인세 이월공제가 2014년 법인지방소득세에도 적용되어야 한다고 주장하며 29,357,857원의 법인지방소득세 경정청구를 하였으나, 피고인 경주시장은 이를 거부하였습니다. 대법원의 환송을 거쳐 항소심 법원은 피고의 항소를 받아들여 1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하였습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 2012년 에너지 절약 시설에 투자하여 법인세 이월공제를 받으려 했고, 지방세법 개정 후 2014년 법인지방소득세에도 이월공제를 적용해야 한다고 주장하며 환급을 청구한 회사
• 피고 경주시장: 원고 A 주식회사의 법인지방소득세 경정청구를 거부한 행정기관

분쟁 상황

어떤 기업이 에너지 절약 시설에 투자한 후 조세특례제한법에 따라 법인세 이월공제를 받을 예정이었으나, 지방세 과세체계가 독립세 방식으로 변경되면서 해당 이월공제를 법인지방소득세에도 적용받을 수 있는지 여부가 문제가 된 상황입니다. 기업은 과거 투자 시점의 법률이 개정된 법률의 경과규정에 의해 보호되어야 한다고 주장했으나, 지방자치단체는 이를 거부했습니다.

핵심 쟁점

2014년 지방세법 개정 시 부칙에 포함된 경과규정이 법인세 이월공제 규정에도 적용되어 개정 전의 세액공제 혜택이 개정 후의 법인지방소득세에 미칠 수 있는지 여부

법원의 판단

피고 경주시장의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고 A 주식회사의 경정거부처분 취소 청구를 기각하였습니다. 소송 총비용은 원고가 부담합니다.

결론

법원은 경과규정에서 말하는 '종전의 규정'은 개정된 지방세법의 대상이 된 '구 지방세법 본칙'만을 의미하며, 구 조세특례제한법은 이에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 또한, 구 조세특례제한법은 법인세에 대한 세액공제 규정일 뿐 지방소득세의 감면을 정한 규정이 아니며, 구 지방세법 본칙 역시 지방소득세의 산출 방법만 규정했을 뿐 조세감면을 명시하지 않았다고 보았습니다. 따라서 장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 '종전의 규정'이 존재하지 않으므로, 2014 사업연도 법인지방소득세에 대해 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제25조의2, 제144조 제1항: 이 조항들은 에너지 절약 시설 투자비에 대한 법인세 세액공제 및 이월공제에 관한 규정입니다. 이 사건에서 원고는 이 규정에 따라 2012년 투자비에 대한 법인세 이월공제를 받으려 했으나, 최저한세 미달 등으로 해당 연도에는 공제받지 못하고 다음 연도로 이월될 상황이었습니다. 이 법률은 '법인세'에 대한 공제 규정으로, 지방세와는 직접적인 관련이 없습니다.

• 개정 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정된 것) 부칙 제15조 (이 사건 경과규정)​: '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있습니다. 이 경과규정의 핵심은 '종전의 규정'의 범위가 어디까지인지와, '지방세'에 대한 '감면'이 명시되어 있는지 여부였습니다. 법원은 이 '종전의 규정'을 개정된 지방세법의 대상이 된 '구 지방세법 본칙'으로 한정하여 해석했으며, 조세특례제한법이나 구 지방세법 본칙에 지방소득세에 대한 명시적인 감면 규정이 없다고 판단했습니다.

• 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항: 이 조항들은 개정 전 지방소득세 법인세분의 산출 방법을 규정한 것으로, 법원에서는 이 규정들이 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면을 직접 명시한 것이 아니라고 보았습니다.

• 관련 법리 (대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등)​: 납세의무자의 '기득권' 또는 '신뢰보호'를 위해 개정 세법 부칙 조항을 적용할 경우가 있더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시 유효했던 종전 규정이 '장래의 한정된 기간 동안 과세요건 충족 시 비과세나 면제 또는 과세 유예'를 명시적으로 규정하고 있지 않다면, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰했더라도 이는 단순한 기대에 불과하며 보호되어야 할 기득권으로 볼 수 없다는 법리가 적용되었습니다. 즉, 세법 개정 시에는 명시적인 감면 규정이 없는 한 과거의 기대만으로는 새로운 세법 적용을 피하기 어렵다는 원칙입니다.

참고 사항

세법이 개정될 때는 개정된 법률의 부칙(경과규정)을 면밀히 살펴보아야 합니다. 특히 '종전의 규정'이라는 문구가 있다면, 해당 규정이 정확히 어떤 법률 조항까지 포함하는지 그 범위를 구체적으로 확인해야 합니다. 법인세 감면 혜택과 지방세 감면 혜택은 서로 다르게 적용될 수 있으므로, 한쪽에서 받은 혜택이 다른 쪽에도 자동으로 이월 적용될 것이라고 단정해서는 안 됩니다. 특정 세액공제나 감면 규정이 '명시적으로' 장래의 특정 기간 동안의 조세감면을 규정하고 있지 않다면, 과거의 법적 행위를 근거로 미래의 세금 혜택을 주장하기 어려울 수 있습니다. 세법 개정으로 인한 과세 방식 변경 시 기존 투자에 대한 세금 혜택을 계속 받을 수 있을지에 대한 기대는 '기득권'으로 보호되지 않을 수 있다는 점을 유의해야 합니다.