특허권 양도대금 소득세 부과 처분 취소 요구 불허 사건

한 철제창호 제조업체의 대표이사였던 원고 A는 자신이 발명했다고 주장하는 특허권을 회사에 10억 5,000만 원에 양도했습니다. 회사는 이를 무형자산으로 계상하고 감가상각비를 손금처리했으나 세무서는 이를 가공자산으로 보고 회사 자금이 원고에게 사외유출된 것으로 판단했습니다. 이에 세무서는 해당 양도대금을 원고에 대한 '상여'로 소득처분하여 원고에게 추가 종합소득세를 부과했습니다. 원고는 자신이 특허 발명자이므로 특허권 양도가 정상 거래라고 주장하며 추가로 납부한 세금의 환급을 요청하는 경정청구를 했지만 세무서가 이를 거부하자 해당 거부 처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다. 법원은 특허발명이 원고 개인의 창작행위로 보기 어렵고 회사 연구개발의 결과로 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 철제창호 제조업체 B 주식회사의 전 대표이사. 특허권을 회사에 양도했으나, 그 대금이 개인 상여로 소득처분되어 추가 종합소득세를 부과받았습니다. 이에 불복하여 세무서의 경정거부처분 취소를 청구한 사람입니다.
• 피고 경기광주세무서장: 원고 A에게 특허권 양도대금을 상여로 소득처분하고 종합소득세를 부과했으며, 원고의 경정청구를 거부한 세무 당국입니다.
• B 주식회사: 원고 A가 대표이사로 재직했던 철제창호 제조업체. 원고로부터 특허권을 양수받았으나, 해당 거래가 가공자산 계상 및 사외유출로 판단되어 법인세가 경정고지되었고, 원고에게 지급한 특허권 양도대금은 원고의 상여로 소득처분되었습니다.

분쟁 상황

원고 A는 자신이 대표이사로 재직하던 B 주식회사에 C 관련 특허권을 10억 5,000만 원에 양도했습니다. B는 이 특허권을 무형자산으로 처리하고 감가상각비를 손금에 산입하여 법인세를 신고했습니다. 그러나 세무서는 이 양도대금을 B의 가공자산 계상 및 자금 사외유출로 보고, 원고 A에 대한 '상여'로 소득처분하여 법인세와 원고의 종합소득세를 추가로 경정 고지했습니다. 원고는 자신이 실제 발명자이므로 정상적인 거래였다고 주장하며 납부한 종합소득세 중 327,600,000원을 환급해달라는 경정청구를 했지만 세무서가 이를 거부했습니다. 이에 원고는 세무서의 경정거부처분을 취소해달라며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

대표이사가 회사에 특허권을 양도한 거래가 정당한 특허권 이전인지 아니면 대표이사에 대한 부당한 자금 유출인지를 판단하는 것이 핵심 쟁점이었습니다. 특히 해당 특허발명의 실질적인 발명자가 대표이사 개인인지 아니면 회사의 직무발명인지 여부가 중요하게 다루어졌습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이는 피고(세무서)가 원고에 대해 내린 종합소득세 경정거부처분이 적법하다는 것을 인정한 것입니다.

결론

재판부는 원고가 특허발명에 대한 아이디어를 제공하거나 연구자를 일반적으로 관리했을 뿐, 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여했다고 인정하기 어렵다고 판단했습니다. B 주식회사는 연구개발 전담부서를 운영하고 있었고 매년 억 단위의 연구원 인건비와 재료비 등을 지출했으며 원고가 제출한 개인연구노트 또한 발명행위에 대한 자료로 보기 어려웠습니다. 따라서 해당 특허발명은 B 주식회사의 업무 범위에 속하는 직무발명으로 보았고 특허권의 실질적인 귀속자가 원고가 아니라는 전제로 이루어진 세무서의 처분이 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

특허법 제33조 제1항은 '발명을 한 자 또는 그 승계인'이 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하며, 특허법 제2조 제1호는 '발명'을 '자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것'으로 정의합니다. 대법원 판례(2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320 판결 등)에 따르면 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 아이디어나 관리 역할에 그치지 않고 기술적 과제 해결을 위한 구체적인 착상을 제시하거나 실험을 통해 착상을 구체화하는 등 '기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여'해야 합니다. 이 사건에서는 원고가 이러한 발명자 요건을 충족했는지 여부가 중요한 판단 기준이 되었습니다. 또한 회사의 자금이 대표이사에게 부당하게 유출된 것으로 볼 때 법인세법상 '부당행위계산 부인' 및 소득세법상 '상여'로 소득처분하는 세무상의 원칙이 간접적으로 적용되었습니다.

참고 사항

회사의 대표이사나 주요 주주가 자신의 명의로 등록된 특허권 등 지식재산권을 회사에 양도하는 경우 해당 거래의 정당성을 입증하는 것이 매우 중요합니다. 특히 발명자가 누구인지에 대한 명확한 증거를 확보해야 합니다. 단순히 아이디어를 제공하거나 전반적인 연구 관리를 담당했다는 정도만으로는 발명자로 인정받기 어려우며 기술적 사상 창작에 실질적으로 기여했다는 구체적인 증거가 필요합니다. 회사가 연구개발 부서를 운영하고 있거나 연구 인력, 시설, 자금 등을 제공하여 발명이 이루어진 경우 해당 발명은 직무발명으로 간주될 가능성이 큽니다. 개인의 발명 활동을 증명하기 위해서는 회사 업무와 명확히 구분되는 개인 연구 노트, 비용 지출 내역 등 객관적인 자료를 철저히 관리해야 합니다. 특수관계인 간의 거래는 세무당국으로부터 그 경제적 실질에 대해 면밀한 심사를 받게 되므로 거래의 타당성과 합리적인 근거를 사전에 충분히 마련하는 것이 중요합니다.