세금 · 행정
A 주식회사가 2005년 설립된 프로젝트금융투자회사로서, 서울 영등포구에 건물을 신축하고 2020년 7월 소유권을 취득한 후 취득세 등을 신고 납부했습니다. 이후 A 주식회사는 2009년 12월 31일 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사는 취득세 등이 50% 감면되어야 한다며 2021년 8월 영등포구청장에게 경정청구를 했습니다. 그러나 영등포구청장은 이를 거부했고, A 주식회사는 이에 불복하여 거부 처분 취소 소송을 제기했습니다.
A 주식회사는 2005년 4월 프로젝트금융투자회사로 설립되어 서울 영등포구에 오피스, 판매시설, 호텔 등을 포함하는 대규모 건축 사업을 시작했습니다. 이 사업은 2007년 7월 착공되었으나 2010년 12월 공사가 중단된 후 2016년경 재개되어 2020년 7월에야 건물 소유권을 취득했습니다. 건물 취득 후 A 주식회사는 취득가액 3조 670억여 원에 대한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 등 약 970억 원을 신고 납부했습니다. 이후 2021년 8월, A 주식회사는 자신이 2009년 12월 31일 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사이므로 관련 법령에 따라 취득세 등 50% 감면 혜택을 받아야 한다며 영등포구청장에게 경정청구를 했습니다. 그러나 영등포구청장은 이러한 청구를 거부했고, A 주식회사는 그 거부 처분이 위법하다고 주장하며 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. 주된 쟁점은 지방세특례제한법 부칙 제23조의 '종전의 규정' 해석 문제로, 원고는 이 조항이 취득 시기 제한 없이 감면 혜택을 영구적으로 부여한다고 보았고, 피고는 일정 기한(2016년 12월 31일)까지만 감면이 적용된다고 보았습니다.
2009년 12월 31일 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일 이후에 취득한 부동산에 대해서도 취득세 등 50% 감면 규정이 적용되는지 여부와 관련 법령인 지방세특례제한법 부칙 제23조의 '종전의 규정'의 해석에 관한 다툼입니다.
법원은 원고인 A 주식회사의 청구를 기각하며, 피고인 서울특별시 영등포구청장이 내린 경정거부처분은 적법하다고 판단했습니다. 소송비용은 원고가 부담합니다.
법원은 지방세특례제한법 부칙 제23조에서 언급하는 '종전의 규정'은 2014년 12월 23일 개정된 조세특례제한법 부칙 제76조를 의미하며, 이에 따라 2010년 1월 1일 이전에 설립된 프로젝트금융투자회사라 할지라도 2016년 12월 31일까지 취득한 부동산에 대해서만 취득세 감면 혜택이 적용된다고 보았습니다. 법률 개정 연혁과 입법 취지, 그리고 다른 관련 법령(농어촌특별세법 시행령)과의 체계적 일관성을 고려할 때, 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 대규모 개발사업 지원이라는 정책적 목적이 상당 부분 달성되었고, 특정 주체에게 무기한 감면 혜택을 주는 것이 형평성에 맞지 않다는 취지에서 감면 기한을 제한한 것으로 해석하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 따라서 원고 A 주식회사가 2020년 7월에 부동산을 취득한 것은 해당 감면 기한을 넘긴 것이므로, 감면 대상이 아니라고 결론 내렸습니다.
구 법인세법 제51조의2 제1항 (프로젝트금융투자회사의 요건): 이 조항은 프로젝트금융투자회사 설립 요건을 규정하며, 원고 A 주식회사가 이 요건을 갖추고 설립되었습니다. 조세특례제한법 (법률 제7216호, 제9921호, 제11614호, 제12853호): 최초 2004년에는 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 50% 감면 규정이 신설되어 대규모 개발사업과 민간 자본 참여를 촉진하려는 목적이 있었습니다. 이후 개정을 통해 감면 적용 기한이 2012년 12월 31일, 2014년 12월 31일로 연장되거나, 2010년 1월 1일 이전 설립 회사에 대해 취득 시기 제한 없이 감면이 적용되는 부칙 조항이 추가되기도 했습니다. 그러나 2014년 법률 제12853호 개정으로 프로젝트금융투자회사 취득세 감면 규정이 삭제되었고, 부칙 제76조를 통해 2010년 1월 1일 이전에 설립된 회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 한하여 종전 규정을 따르도록 기한이 명시되었습니다. 이는 정책적 목적 달성과 형평성 문제를 고려하여 무기한 감면을 방지하려는 취지였습니다. 지방세특례제한법 (법률 제12955호) 부칙 제23조: 이 법은 조세특례제한법에 있던 지방세 감면 규정을 이관하면서 제정되었습니다. 부칙 제23조는 "법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라... 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다"고 규정하고 있습니다. 법원은 이 '종전의 규정'을 해석함에 있어, 2014년 12월 23일 개정된 조세특례제한법(법률 제12853호)의 부칙 제76조에서 정한 2016년 12월 31일이라는 취득 기한을 적용해야 한다고 보았습니다. 이는 법률 개정의 전반적인 취지와 다른 법률과의 모순을 피하기 위한 체계적인 해석 원칙에 따른 것입니다. 농어촌특별세법 및 시행령: 농어촌특별세는 취득세 등 다른 세금의 감면분에 대해 부과되는 보완적 성격의 세금입니다. 관련 시행령 또한 프로젝트금융회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세 규정에서 2016년 12월 31일까지의 취득 기한을 명시하고 있어, 취득세 감면 기한과 일관성을 유지하고 있습니다. 만약 취득세 감면이 무기한 적용된다면, 농어촌특별세 비과세와의 체계적 정합성이 깨지게 됩니다. 조세법률주의의 엄격해석 원칙: 조세 법규는 명확하게 해석되어야 하지만, 법규의 해석은 입법 목적과 전체 법 체계 속에서 종합적으로 이루어져야 한다는 원칙이 적용됩니다. 단순히 문언만을 놓고 판단할 것이 아니라, 법률 개정의 경위와 취지를 고려하여 해석해야 합니다.
프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 때 세금 감면 혜택을 받으려면 관련 법규의 개정 연혁과 부칙 조항을 면밀히 확인해야 합니다. 특히 '종전의 규정'과 같은 표현은 법률 개정의 취지 및 다른 관련 법령과의 체계적인 관계를 통해 해석될 수 있으므로, 단순한 문언 해석을 넘어 종합적인 검토가 필요합니다. 세금 감면 혜택에는 정책적인 목적과 기한이 있는 경우가 많으므로, 설립 시기와 부동산 취득 시기 등을 고려하여 감면 대상 여부와 감면 기한을 정확하게 파악하는 것이 중요합니다. 대규모 개발 사업의 경우, 공사 기간이 길어지면서 예상치 못하게 세금 감면 기한을 넘길 수 있으므로, 초기 단계부터 장기적인 세금 계획을 세우고 법률 변화에 대한 지속적인 모니터링이 필요합니다.
