건설사의 미회수 공사대금 부가가치세 공제 거부 사건

건설사가 아파트 및 주상복합건물 공사를 시행사에 위탁받아 진행했으나, 시행사들의 사업 부진 및 폐업으로 공사대금과 함께 대여금 및 구상금 채권을 변제받지 못했습니다. 건설사는 미분양 자산을 대물변제받았지만, 대손세액 공제 대상이 아닌 대여금 및 구상금 채권에 먼저 충당하여 공사대금 채권이 미회수 상태로 남았습니다. 이에 건설사는 미회수 공사대금에 대한 부가가치세 대손세액 공제를 신청했으나, 세무서는 이를 거부했고 법원은 이러한 거부 처분이 정당하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 건설사(시공사)로서 아파트와 주상복합건물 신축 공사를 수행하고, 공사대금 채권을 회수하지 못하자 부가가치세 경정청구를 제기한 원고입니다.
• 종로세무서장: 주식회사 A의 부가가치세 경정청구를 거부한 피고입니다.
• 주식회사 F (구 주식회사 E): 부산 연제구 아파트 신축 분양 사업을 시행한 회사로, 주식회사 A에게 공사대금 및 자금 대여금 채무를 부담했습니다.
• 주식회사 G’: 서울 마포구 주상복합건물 신축 분양 사업을 시행한 회사로, 주식회사 A에게 공사대금 및 대출금 대위변제에 따른 구상금 채무를 부담했습니다.
• 주식회사 B, 주식회사 N: 연제구 아파트 토지신탁사업약정의 수탁자 및 대출채권 수탁자입니다.
• P 주식회사, 한국산업은행, Q 유한회사, J 주식회사: 마포구 주상복합건물 사업의 대주 및 수탁자입니다.
• 주식회사 O: 연제구 아파트 신탁수익 정산 합의의 당사자입니다.

분쟁 상황

주식회사 A(원고)는 주식회사 F와 주식회사 G’(시행사들)의 아파트 및 주상복합건물 건설 공사를 맡았습니다. 사업이 어려워지자 원고는 시행사들에게 자금을 대여하거나 대출금을 대신 갚아주면서 공사대금 외에 대여금과 구상금 채권도 가지게 되었습니다. 이후 시행사들은 분양 부진으로 폐업했고, 원고는 미분양 자산을 대물변제 받았습니다. 그러나 원고는 대물변제 시 부가가치세 대손세액 공제 대상인 공사대금 채권이 아닌, 대여금 채권(㈜F) 또는 구상금 채권(㈜G’)에 먼저 변제를 충당했습니다. 이로 인해 공사대금 채권 중 각각 24,134,208,000원(㈜F)과 19,443,550,000원(㈜G’)이 미회수 상태로 남았습니다. 원고는 이 미회수 공사대금을 대손처리하고 부가가치세 대손세액 공제를 신청했으나, 종로세무서장은 이를 거부했습니다. 원고는 조세심판원을 거쳐 최종적으로 법원에 경정거부처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

시행사의 사업 폐지로 인해 발생한 미회수 공사대금 채권에 대해 부가가치세 대손세액 공제를 받을 수 있는지 여부, 특히 채권자가 다른 채권(대여금, 구상금)에 먼저 대물변제를 충당한 경우 대손의 원인이 채무자의 사업 폐지로 인정될 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

원고의 항소를 기각하고 항소 비용은 원고가 부담하도록 했습니다. 이는 1심 판결과 동일한 결론으로, 피고(종로세무서장)의 부가가치세 경정청구 거부 처분이 정당하다고 판단한 것입니다.

결론

법원은 채무자의 사업 폐지가 매출채권 회수 불능의 직접적인 원인이 되어야 대손세액 공제가 인정된다는 입장을 취했습니다. 원고가 시행사로부터 대물변제를 받았을 때, 부가가치세 공제 대상인 공사대금 채권을 먼저 변제받을 수 있었음에도 공제 대상이 아닌 대여금이나 구상금 채권에 우선 충당했습니다. 따라서 공사대금 채권의 미회수는 원고의 자의적인 변제충당에 따른 결과이지, 시행사의 사업 폐지가 직접적인 대손 원인이라고 볼 수 없으므로 대손세액 공제를 불인정했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 「부가가치세법」(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조의2 제1항에 규정된 대손세액 공제와 관련된 판례입니다. 이 조항은 사업자가 재화나 용역을 공급하고 발생한 매출채권이 채무자의 파산, 강제집행 또는 대통령령으로 정하는 사유(「법인세법 시행령」제19조의2 제1항 제8호에 따른 채무자의 사업 폐지 포함)로 회수할 수 없게 된 경우, 해당 대손세액을 매출세액에서 뺄 수 있도록 하고 있습니다. 대손세액 공제는 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래 외형에 대해 부과되는 부가가치세의 원칙에 대한 예외로서, 세 부담을 덜어주기 위한 제도입니다. 법원은 '채무자의 사업 폐지로 회수할 수 없는 채권'이란 사업 폐지로 인해 채권 전부의 회수 불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미하며, 채무자의 사업 폐지가 대손의 원인이 되어야 한다고 해석합니다. 이 사건에서 원고는 대물변제 시 공사대금 채권을 먼저 충당하여 전액 회수할 수 있었음에도, 대손세액 공제 대상이 아닌 대여금 또는 구상금 채권에 먼저 충당했습니다. 따라서 법원은 원고의 공사대금 채권 대손이 시행사의 사업 폐지 때문이 아니라 원고의 자의적인 변제충당에 기인한 것이라고 보아 대손세액 공제를 인정하지 않았습니다.

참고 사항

채권 회수 상황에서 대물변제 등 자산을 받을 때는 변제충당 순서에 대한 신중한 고려가 필요합니다. 부가가치세 대손세액 공제를 고려한다면 과세 대상 매출채권을 다른 비과세 채권보다 우선적으로 변제받는 것이 중요합니다. 채무자의 사업 폐지가 채권 회수 불능의 유일하고 직접적인 원인임을 입증할 수 있어야 대손세액 공제 혜택을 받을 수 있습니다. 만약 채권자가 다른 채권에 자의적으로 먼저 변제충당을 하여 매출채권이 회수 불가능하게 되었다면, 이는 사업 폐지가 아닌 채권자의 선택이 대손의 원인으로 간주될 수 있습니다.