세금 · 행정
금융지주회사가 국내 법인의 주식을 취득하여 자회사로 편입하며 과점주주가 된 경우, 구 조세특례제한법상의 취득세 등 감면 규정이 적용될 수 있는지에 대한 판례입니다. 법원은 이미 설립된 금융지주회사라도 새로운 자회사를 편입하는 행위는 기업 구조조정 지원이라는 입법 취지에 부합하여 감면 대상에 해당한다고 판단했습니다.
농협금융지주 주식회사는 2013년 3월 2일 금융지주회사로 전환된 상태에서 2014년 6월 27일 특정 법인의 발행 주식 98.89%를 취득하여 금융지주회사법에 따른 자회사로 편입했습니다. 이에 서대문구청장은 농협금융지주에 대해 취득세 55,934,420원과 농어촌특별세 5,593,440원을 부과했으나, 농협금융지주는 해당 세금이 감면 대상이라며 경정 거부 처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.
이미 금융지주회사로 전환된 회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 취득하여 자회사로 새로 편입하며 과점주주가 된 경우에도, 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 취득세 등 감면 규정이 적용될 수 있는지 여부.
제1심 판결을 취소하고 피고가 원고에 대하여 한 취득세 55,934,420원 및 농어촌특별세 5,593,440원의 경정거부처분을 취소한다. 소송 총비용은 피고가 부담한다.
법원은 이미 설립된 금융지주회사가 새로운 국내 회사의 주식을 취득하여 자회사로 편입함으로써 과점주주가 된 경우에도, 이는 기업 구조조정을 지원하기 위한 세제 혜택의 입법 취지에 부합하므로 구 조세특례제한법상의 감면 규정이 적용된다고 판단하여 원고의 손을 들어주었습니다.
구 지방세법(2010년 3월 31일 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 되면 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있습니다. 이를 '간주취득세'라고 합니다. 구 조세특례제한법(2010년 12월 27일 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제120조 제6항 제8호는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사 포함)가 되거나, 지주회사가 자회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우, 간주취득세 부과 규정을 적용하지 않는다고 명시하고 있습니다. 법원은 이 조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 전환에 세제 혜택을 주어 소유와 경영의 합리화를 위한 기업 구조조정을 지원하려는 데 있다고 보았습니다. 따라서 이미 지주회사로 설립 또는 전환된 경우라도 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 지주회사가 되는 구조조정 역시 해당 세제 혜택을 부여할 필요가 있다고 판단했습니다. 이는 새로운 지주회사를 설립하는 경우와 마찬가지로 기업 구조조정을 지원하는 취지에 부합하기 때문이며, 대법원 판례(2017. 4. 13. 선고 2016두59713 판결) 역시 이러한 법리를 뒷받침하고 있습니다.
금융지주회사나 일반 지주회사가 계열사가 아닌 국내 회사의 주식을 취득하여 자회사로 새로 편입하는 경우, 해당 법인은 이미 지주회사로 설립 또는 전환된 상태였더라도 취득세 감면 혜택을 받을 수 있습니다. 이는 지주회사의 설립이나 전환뿐만 아니라, 이미 설립된 지주회사가 새로운 자회사를 편입하는 형태의 기업 구조조정 역시 세제 지원의 대상이 된다는 점을 의미합니다. 다만, 적용되는 법률은 주식 취득 시점의 구 지방세법 및 구 조세특례제한법 등 관련 법령의 구체적인 내용과 요건을 정확히 확인해야 합니다. 주식 취득을 통해 과점주주가 되면서 자회사로 편입되는 경우에 해당합니다.
