학교 강당 건축 부지 취득세 부과 취소 판결

학교법인이 고등학교 강당 신축을 위해 토지와 건물을 매수하고 소유권이전등기를 마쳤으나, 강서구청장이 취득일로부터 1년 내에 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다며 취득세 4천여만원을 부과했습니다. 이에 학교법인은 강당 신축을 위한 일련의 절차를 꾸준히 밟아왔고, 부동산 취득 후에도 임시로 학교 운영에 필요한 용도로 사용했으므로 취득세 부과 처분이 위법하다고 주장하며 취득세부과처분취소 소송을 제기했습니다. 법원은 학교법인의 주장을 받아들여 구청의 취득세 부과 처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고: 학교법인 A (서울 강서구 C고등학교를 경영하는 비영리 학교법인으로 강당 신축을 목적으로 토지와 건물을 매수함)
• 피고: 서울특별시 강서구청장 (학교법인 A에 취득세 및 중과세를 부과한 행정기관)

분쟁 상황

학교법인 A는 서울 강서구에 위치한 C고등학교를 운영하는 학교법인입니다. 이 법인은 1991년 8월 20일 서울 강서구 D 대지 195㎡와 그 지상건물 155.04㎡를 매수하고, 1992년 8월 29일 소유권이전등기를 마쳤습니다. 이 부동산은 학교의 오랜 숙원사업이었던 다목적 강당 겸 특별활동시설을 신축하기 위한 부지로, 학교법인은 1988년부터 인접 토지들을 순차적으로 매입하며 강당 신축을 추진해 왔습니다. 피고인 강서구청장은 처음에는 학교법인의 목적사업을 위한 취득으로 보아 취득세를 과세하지 않았습니다. 그러나 원고가 이 부동산 취득일(잔금 지급일인 1991년 9월 30일)로부터 1년이 지나도록 정당한 사유 없이 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다며, 1993년 8월 14일 해당 부동산에 대해 일반 취득세율과 법인 비업무용 토지에 대한 중과세율을 적용하여 총 4천5백만원 상당의 취득세를 부과했습니다. 이에 학교법인은 강당 신축을 위해 주무관청 및 관계 행정기관에 대한 필요 절차를 꾸준히 밟았고, 현재는 건축허가를 받아 공사 중이며, 취득 후 철거 전까지는 학교의 특별활동교실, 관리인 숙소, 영선실 등으로 사용했다고 주장하며 취득세 부과 처분의 취소를 구했습니다. 또한 이전등기 지연은 서울특별시교육위원회의 행정 처리 지연 때문이지 학교법인의 귀책사유가 아니라고 반박했습니다.

핵심 쟁점

비영리 학교법인이 고유목적사업인 학교시설(강당) 신축을 위해 부동산을 취득한 후, 취득일로부터 1년 이내에 직접 사용하지 않았다는 이유로 취득세가 부과된 사안에서, 해당 부동산의 사용 형태가 '고유목적사업에 직접 사용'한 것으로 볼 수 있는지 여부와, 1년 이내에 신축에 나아가지 못한 데 '정당한 사유'가 있었는지 여부입니다. 특히, 지방세법상 '직접 사용'과 '정당한 사유'의 해석 범위가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

법원은 학교법인의 손을 들어주며, 피고 강서구청장이 1993년 8월 14일 원고에게 부과한 취득세 금 42,164,570원(토지분) 및 2,802,050원(건물분)의 과세처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 소송비용은 피고인 강서구청장이 부담하도록 했습니다.

결론

재판부는 학교법인이 해당 부동산을 취득 후 철거 전까지 학교의 특별활동교실, 야간경비 관리인 숙소, 책상 보수 등을 위한 작업실 및 부지로 사용한 것은 고유목적에 '직접 사용'한 것으로 보았고, 강당 신축 계획 확대와 추가 예산 확보 등의 사유로 착공이 지연된 것은 '정당한 사유'에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라 강서구청의 취득세 부과 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령은 '구 지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조'와 '구 지방세법 시행령(1991. 12. 14. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것) 제79조'입니다.

1. 지방세법 제107조 (비과세)​: 이 조항은 비영리사업자가 그 사업에 '직접 사용'하기 위한 부동산 취득에 대해 취득세를 부과하지 않는다고 규정합니다. 그러나 단서 조항으로 '취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우'에는 취득세를 부과한다고 명시하고 있습니다. 이 사건에서 법원은 학교법인의 경우 고등보통교육을 목적으로 하는 비영리사업자로서, 강당 신축 예정이었던 부동산을 임시적으로 특별활동실, 관리인 숙소, 영선실 등으로 사용한 것이 '고유목적에 직접 사용'한 것에 해당한다고 판단했습니다. 또한, '정당한 사유'의 해석에 있어서는 단순히 법령상 금지나 제한 같은 외부적인 사유뿐만 아니라, 법인이 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했으나 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 보았으며, 법인의 종류, 취득 목적, 준비 기간, 법령상 또는 사실상의 장애 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다고 설명했습니다.

2. 지방세법 시행령 제79조 (비영리사업자의 범위)​: 이 조항은 지방세법 제107조 제1호에서 정하는 '대통령령으로 정하는 비영리사업자'에 '교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인'을 포함한다고 규정하고 있습니다. 따라서 학교법인 A는 취득세 비과세 혜택을 받을 수 있는 비영리사업자에 해당합니다.

3. 지방세법 시행령 제73조 (취득시기)​: 이 조항은 유상승계취득의 경우 '계약상의 잔금지급일'에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있습니다. 다만, 잔금지급일 전에 등기를 한 경우에는 그 등기일에 취득한 것으로 봅니다. 이 사건에서는 잔금지급일인 1991년 9월 30일이 취득일로 적용되었습니다.

참고 사항

비영리법인이 고유목적사업을 위해 부동산을 취득하는 경우, 취득세 면제 혜택을 받을 수 있지만, '취득일로부터 1년 이내에 직접 사용'해야 하는 조건을 충족해야 합니다. 이때 '직접 사용' 여부는 부동산의 형식적인 용도가 아니라 실제 사용 형태를 기준으로 판단됩니다. 따라서 건축 전이라도 학교의 교육 목적에 부합하는 임시 용도로 사용했다면 '직접 사용'으로 인정될 수 있습니다. '정당한 사유'로 인해 1년 이내에 직접 사용하지 못한 경우에는 취득세가 부과되지 않을 수 있습니다. '정당한 사유'는 법령상 금지, 제한 등 외부적 요인뿐만 아니라, 사업계획의 확대 변경, 예산 확보 지연, 인허가 절차 지연 등 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했으나 시간적 여유가 부족했던 내부적 사유도 포함될 수 있습니다. 유사한 상황에 처했을 때는 부동산 취득 목적과 고유목적사업의 연관성, 사업 추진 과정에서 발생한 지연 사유(예: 예산 문제, 인허가 절차, 설계 변경 등)에 대한 구체적인 증빙 자료를 상세히 기록하고 보관하는 것이 매우 중요합니다. 특히 대규모 건설 사업의 경우 준비 기간이 길어질 수 있으므로, 각 단계별 진행 상황과 지연 사유를 명확히 입증할 수 있는 자료를 확보해야 합니다.