학교법인 G빌딩 매각대금 증여세 부과 사건

학교법인 C는 G빌딩 매각대금 2,600억 원 중 일부가 출연받은 재산의 매각대금에 해당하고 이를 공익목적사업 외에 사용했다는 이유로 중부세무서장으로부터 2007년 귀속 증여세 576억여 원을 부과받았습니다. 학교법인 C는 G빌딩이 출연받은 재산이 아니며, 이미 법인세를 납부했으므로 이중과세에 해당하고, 전 이사장의 불법행위로 인해 재산이 감소한 경우 증여세액이 감면되어야 한다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 G빌딩이 출연받은 재산 또는 출연받은 재산으로 취득한 재산의 매각대금에 해당하며, 증여세 부과가 이중과세가 아니고, 전 이사장이 출연자의 친족이므로 불법행위로 인한 증여세 감면 규정이 적용되지 않는다고 판단하여 학교법인 C의 항소를 기각했습니다.

관련 당사자

• 학교법인 C: 회생 절차를 밟고 있는 학교법인으로, G빌딩 매각대금에 대한 증여세 부과에 불복하여 소송을 제기한 당사자입니다.
• 중부세무서장: 학교법인 C에 증여세를 부과한 당사자입니다.
• R (AX): 학교법인 C의 이사장으로 취임하여 많은 재산을 출연하고 학교법인 C의 기본재산을 형성하는 데 크게 기여한 인물입니다.
• H: R의 아들이자 학교법인 C의 전 이사장으로, G빌딩 매각대금을 공익목적사업 외로 사용한 업무상 배임행위로 유죄판결을 받았습니다.

분쟁 상황

재단법인 I은 1948년 설립되어 교육사업을 시작했으며 1956년경 이사장으로 취임한 R의 막대한 출연으로 기본재산이 크게 증가했습니다. R은 현금을 출연하여 서울 중구 P 토지(이 사건 A토지)를 매입하고 그 지상에 교사(校舍)를 신축하는 등 학교의 기반을 다졌으며 이후에도 지속적으로 부동산을 출연하여 기본재산으로 편입했습니다. 재단법인 I은 1963년 학교법인 C로 조직 변경되었습니다. 1996년 학교법인 C는 서울 중구 AO으로부터 토지(이 사건 B토지)를 추가 취득하고 이 사건 A토지와 합병하여 G빌딩 건물부지를 조성했습니다. 1997년 학교법인 C는 G빌딩 건물부지 위에 지상 23층 지하 7층 규모의 G빌딩을 신축했습니다. G빌딩의 신축 비용 911억여 원 중 약 594억 원은 차입금으로 충당되었으며, 이는 후에 G빌딩 매각대금으로 상환되었습니다. 이후 학교법인 C는 G빌딩을 매각하였는데, 중부세무서장은 G빌딩의 건물 부지와 지상 건물이 '출연받은 재산'으로 조성된 것으로 보고, 그 매각대금 2,600억여 원 중 576억여 원 상당이 공익목적사업 외에 사용되었다며 2016년 8월 23일 학교법인 C에 2007년 귀속 증여세 57,626,481,717원을 부과했습니다. 학교법인 C의 전 이사장 H(원 출연자 R의 아들)는 G빌딩 매각대금을 공익목적사업 외로 사용한 업무상 배임행위로 유죄판결을 받았습니다. 학교법인 C는 이러한 증여세 부과 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 세 가지입니다. 첫째, G빌딩의 매각대금(특히 건물 부지와 건물 자체)이 상속세 및 증여세법상 '출연받은 재산의 매각대금'에 해당하는지 여부입니다. 둘째, G빌딩 매각이익에 대해 법인세가 부과된 상황에서 재차 증여세를 부과하는 것이 이중과세에 해당하는지 여부입니다. 셋째, 학교법인 C의 전 이사장 H의 업무상 배임행위로 인해 재산이 감소한 경우, 증여세법 시행령에 따라 증여세 부과액을 차감해야 하는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 학교법인 C의 항소를 기각하고 중부세무서장의 증여세 부과처분이 적법하다고 판단했습니다. 이에 따라 학교법인 C는 2007년 귀속 증여세 57,626,481,717원을 납부해야 합니다.

결론

이 판결은 공익법인이 출연받은 재산을 관리하고 운용하는 데 있어 세법상의 의무를 엄격하게 준수해야 한다는 점을 다시 한번 확인시켜 주었습니다. 특히 '출연받은 재산'의 범위가 직접적인 기부뿐 아니라 그 기부금으로 취득하거나 운용하여 발생한 재산까지 확장될 수 있음을 명확히 하였고, 법인세와 증여세의 과세 목적과 대상이 다르므로 이중과세가 아니라는 점도 분명히 했습니다. 또한 공익법인의 임직원 불법행위로 인한 재산 감소 시 증여세 감면 규정이 출연자와 친족 관계에 있는 자의 불법행위에는 적용되지 않음을 명시하여 세금 회피 수단으로 악용될 소지를 차단했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 '상속세 및 증여세법'(이하 '상증세법')과 그 시행령의 해석 및 적용에 관한 것입니다.

1. 공익법인에 대한 증여세 과세가액 불산입 원칙 및 예외 (구 상증세법 제48조 제1항, 제2항)​

   • 상증세법은 공익사업을 장려하기 위해 공익법인에 출연된 재산에 대해서는 원칙적으로 증여세를 부과하지 않습니다(제48조 제1항 본문).
   • 그러나 공익법인이 출연받은 재산을 공익목적 외에 사용하거나 일정 기간 내에 공익목적사업에 사용하지 않는 등 법에서 정한 의무를 위반할 경우, 그 재산은 '증여'받은 것으로 보아 증여세를 부과합니다(제48조 제2항).
   • 이 사건에서는 특히 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 3년 이내에 사용하지 아니한 경우(제48조 제2항 제4호)에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었습니다.

2. '직접 공익목적사업에 사용'의 의미 (구 상증세법 시행령 제38조 제2항 본문)​

   • 법원은 '직접 공익목적사업에 사용'이란 매각대금의 사용용도나 목적이 공익법인의 정관상 고유목적사업에 한정되어야 하며, 법적 효과나 이익이 중간에 아무것도 거치지 않고 곧바로 고유목적사업에 귀속되는 것을 의미한다고 해석했습니다.
   • 따라서 실질적인 의도가 공익 목적에 있었다 해도, 중간에 별도의 처분행위가 개입되면 '직접 사용'으로 인정되기 어렵습니다.

3. '출연받은 재산의 매각대금'의 범위 (구 상증세법 제48조 제2항 제4호)​

   • 법원은 이 조항의 '출연받은 재산의 매각대금'이 단순히 직접 기부받은 재산의 매각대금만을 의미하는 것이 아니라고 보았습니다.
   • 공익사업의 악용 및 탈세 방지라는 법의 취지를 고려하여 '출연받은 당해 재산의 매각대금'뿐만 아니라, '출연받은 재산으로 취득한 재산의 매각대금' 및 '출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 취득한 재산의 매각대금'까지 포함된다고 폭넓게 해석했습니다.
   • 이러한 해석에 따라 G빌딩의 건물 부지 및 지상 건물도 출연받은 재산의 연장선상에 있는 것으로 보아 증여세 부과대상이 된다고 판단했습니다.

4. 이중과세 해당 여부 (구 상증세법 제4조의2 제2항, 법인세법 제29조 제6항)​

   • 학교법인 C는 G빌딩 매각 이익에 대해 법인세를 납부했으므로 증여세 부과는 이중과세라고 주장했습니다.
   • 그러나 법원은 상증세법상 증여세 과세대상은 '출연받은 재산의 매각대금을 공익목적사업 등에 사용하지 않고 있는 상태'인 반면, 법인세의 과세대상은 '출연재산의 양도소득'(처분이익)으로서 각 과세대상이 서로 다르다고 보았습니다.
   • 따라서 동일한 과세대상에 대한 이중과세가 아니므로 학교법인 C의 주장을 받아들이지 않았습니다.

5. 불법행위로 인한 재산 감소 시 증여세 감면 적용 여부 (구 상증세법 시행령 제38조 제9항 제1호)​

   • 학교법인 C는 전 이사장 H의 배임행위로 인해 재산이 감소했으므로 증여세액이 차감되어야 한다고 주장했습니다.
   • 이 시행령 조항은 공익법인 이사 또는 사용인의 불법행위로 재산이 감소하여 공익목적에 사용할 수 없게 된 경우 증여세를 감면할 수 있도록 합니다. 다만 '출연자 및 그 친족의 불법행위로 인한 경우는 제외한다'는 단서 조항이 있습니다.
   • 법원은 전 이사장 H가 G빌딩의 출연자로 판단되는 R의 아들이므로, H는 출연자의 친족에 해당하여 단서 조항에 따라 증여세 감면 규정을 적용할 수 없다고 판단했습니다.

참고 사항

공익법인은 출연받은 재산뿐만 아니라 출연받은 재산으로 취득하거나 운용하여 생긴 모든 재산에 대해 엄격한 관리가 필요합니다. 재산을 매각할 경우 그 매각대금은 3년 이내에 법인의 정관상 고유목적사업에 '직접' 사용해야 하며, 중간에 다른 용도로 처분하는 행위가 개입되면 '직접 사용'으로 인정되지 않을 수 있습니다. 기본재산의 취득 원천이 출연재산과 비출연재산이 혼합되어 있는 경우, 세무서가 추정하는 출연재산 조성 비율에 대해 납세의무자가 반증 자료를 충분히 제시해야 합니다. 법인세와 증여세는 과세 대상과 목적이 다르므로, 특정 거래에 대해 두 가지 세금이 모두 부과될 수 있음을 인지해야 합니다. 공익법인의 이사나 사용인의 불법행위로 재산이 감소하더라도, 해당 이사나 사용인이 출연자의 친족 등 특수관계인에 해당하면 증여세 감면 규정이 적용되지 않습니다. 따라서 공익법인은 재산 운용 및 관리에 대한 철저한 내부 통제 시스템을 갖추고 모든 거래 내역과 자금 출처, 사용처를 명확하게 기록, 보관하는 것이 중요합니다.