종교단체의 부동산 양도소득세 부과 취소 요청 불허 사건

AA교회가 1995년 부여받은 고유번호가 의제법인 승인을 의미하는지에 따라 양도소득세 부과 처분의 적법성이 달라지는 사건입니다. AA교회는 이 고유번호가 의제법인 승인에 해당하므로 양도소득세 부과 처분이 부당하다고 주장했으나 법원은 세무서가 1995년에 부여한 고유번호는 의제법인 승인과는 별개의 목적, 즉 과세 자료 관리 및 세금계산서 제출 의무 이행을 위한 것이었다고 판단하여 양도소득세 부과 처분이 적법하다고 보았습니다.

관련 당사자

• AA교회: 종교단체로, 부동산 양도에 대한 양도소득세 76,808,060원(가산세 포함) 부과 처분의 취소를 구하는 원고입니다.
• BB세무서장: AA교회에 양도소득세를 부과한 피고입니다.

분쟁 상황

AA교회는 1995년 9월 6일 관할 세무서로부터 고유번호를 부여받았는데 이 고유번호 부여가 법인 아닌 단체를 법인으로 간주하는 '의제법인' 승인을 의미한다고 주장했습니다. AA교회는 의제법인으로 승인받았으므로 부동산 양도에 따른 양도소득세가 부과되는 것은 부당하다고 보아 피고 BB세무서장이 2016년 7월 5일 부과한 2015년 귀속 양도소득세 76,808,060원(가산세 포함)에 대한 취소 소송을 제기했습니다. 반면 BB세무서장은 해당 고유번호는 의제법인 승인이 아닌 종교단체의 과세 자료 관리를 위한 목적의 고유번호일 뿐이므로 양도소득세 부과는 적법하다고 맞섰습니다.

핵심 쟁점

1. 1995년 당시 종교단체인 AA교회가 부여받은 고유번호가 '구 국세기본법' 등에 따른 의제법인 승인으로 볼 수 있는지 여부.
2. 위 고유번호의 성격에 따라 2015년 귀속 양도소득세 부과 처분이 적법한지 여부.

법원의 판단

법원은 원고 AA교회의 항소를 기각하고 제1심 판결이 정당하다고 보았습니다. 이에 따라 AA교회에 대한 2015년 귀속 양도소득세 76,808,060원(가산세 포함) 부과 처분은 유지되었습니다.

결론

법원은 1995년 AA교회가 부여받은 고유번호는 의제법인 승인과는 무관하며 구 부가가치세법령에 따라 과세 자료 관리 목적으로 부여된 것으로 판단했습니다. 따라서 AA교회를 의제법인으로 볼 수 없으므로 피고 BB세무서장이 부과한 양도소득세 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

1. 구 소득세법 제1조 제3항 및 구 소득세법 시행규칙 제2조 제1항: 이 법령은 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정해져 있지 않은 단체를 '1거주자'로 보아 소득세법상 납세의무를 지게 합니다. 본 사건에서 AA교회는 비록 의제법인이 아니더라도 이 조항에 따라 소득세 납세의무가 있는 '1거주자'에 해당했습니다.
2. 구 부가가치세법 제20조 제3항, 구 부가가치세법 시행령 제8조 제2항, 제53조 제2항, 제67조 제1호: 이 법령들은 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세 납세의무가 있는 자는 부가가치세 납세의무가 없더라도 세금계산서를 정부에 제출해야 한다고 규정합니다. 또한 관할 세무서장은 과세 자료를 효율적으로 처리하기 위해 사업자등록번호에 준하여 고유번호를 부여할 수 있으며 재화 또는 용역을 공급받는 자가 사업자가 아닌 경우에도 등록번호에 갈음하여 고유번호를 기재할 수 있도록 합니다. 본 사건에서 법원은 AA교회가 이러한 규정에 따라 고유번호를 부여받을 수 있는 경우에 해당하며 1995년의 고유번호 부여가 의제법인 승인 목적이 아니었음을 뒷받침하는 근거로 삼았습니다.
3. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호: 종교단체가 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세가 면제됨을 규정하고 있습니다. AA교회도 이 조항에 따라 부가가치세 면제 대상이었습니다.
4. 구 부가가치세법 제8조 제2항: 과세관청이 과세 자료의 효율적 처리를 위해 고유번호를 부여할 수 있음을 규정합니다. 이 조항은 반드시 부가가치세법상 사업자등록이나 고유번호 부여 신청을 요건으로 하지 않으므로 세무서장이 직권으로 고유번호를 부여하는 것이 가능함을 명시합니다. 이는 1995년 세무서가 AA교회에 고유번호를 부여한 것이 직권으로 이루어졌을 가능성 및 의제법인 승인과 무관한 일반적 과세 관리 목적임을 설명합니다.

참고 사항

1. 고유번호와 의제법인 승인의 구분: 종교단체나 비영리단체가 세무서로부터 부여받는 '고유번호'는 '의제법인 승인'과는 다를 수 있습니다. 고유번호는 주로 과세 자료의 효율적 관리를 위해 부여되며 해당 단체가 소득세 납세의무가 있는 경우 세금계산서 수수 및 제출을 위한 목적으로 사용됩니다. 반면 의제법인 승인은 법인으로 간주되어 법인세법 등을 적용받는 것을 의미하며 별도의 신청 절차와 승인이 필요합니다.
2. 고유번호 부여 목적 확인의 중요성: 단체가 고유번호를 처음 부여받을 때 그 목적이 무엇이었는지 의제법인 승인 절차를 거쳤는지 명확히 확인해야 합니다. 과거에 부여받은 고유번호가 현재 시점의 법적 지위를 결정하는 유일한 기준이 아닐 수 있습니다. 특히 고유번호의 일부 숫자는 단체의 성격을 구분하는 데 사용될 수 있으니 고유번호의 세부적인 의미를 알아두는 것이 좋습니다. (예: 의제법인 '82', 의제법인 아닌 종교단체 '89').
3. 금융실명제와 고유번호: 과거 금융실명제 시행에 따라 단체 명의의 금융거래를 위해 고유번호가 필요했던 경우가 많았습니다. 하지만 고유번호를 부여받았다고 해서 반드시 의제법인으로 승인된 것은 아닙니다. 고유번호만으로도 단체 명의의 금융거래는 가능합니다.
4. 법령 개정에 따른 지위 변화: 관련 법령이 개정되면서 단체의 세법상 지위나 요구되는 절차가 달라질 수 있습니다. 단체 대표자 변경 등으로 인해 고유번호증을 새로 발급받았다고 해도 이것이 곧 의제법인으로 승인되었다는 의미는 아닙니다. 법령의 개정 내용을 항상 주시하고 단체의 지위에 미치는 영향을 파악해야 합니다.
5. 세무당국과의 명확한 소통: 단체의 법적 지위(예: 의제법인 여부)와 관련된 사항은 사전에 관할 세무서와 명확하게 소통하여 오해가 없도록 해야 합니다. 문서화된 승인 통보 등을 통해 단체의 지위를 확실히 해두는 것이 좋습니다.