공익사업 대체 건물 취득세 감면 거부 취소 판결

주식회사 A는 공익사업으로 기존 공장을 수용당하고 보상금을 받았습니다. 이 보상금으로 대체 공장 건물 5개동을 신축 허가받아 착공했고 2023년 2월 7일 사용승인을 받았습니다. 주식회사 A는 대체 건물의 취득일을 사실상 사용일인 2022년 12월 5일로 보고 지방세특례제한법에 따른 취득세 감면을 신청했습니다. 그러나 포천시장은 마지막 보상금 수령일(2021년 12월 27일)로부터 1년 이내에 대체 부동산을 취득해야 하는데, 대체 건물의 취득일은 사용승인일인 2023년 2월 7일이므로 감면 요건을 충족하지 못했다는 이유로 감면을 거부하고 총 59,329,410원의 취득세 등을 부과했습니다. 주식회사 A는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각당했고, 결국 취득세 등 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 원고: 주식회사 A (공익사업으로 공장 부지가 수용되어 보상금을 받고 대체 공장을 신축한 회사)
• 피고: 포천시장 (주식회사 A에 취득세 및 가산금을 부과한 지방자치단체)

분쟁 상황

공익사업으로 공장 부지를 수용당한 회사가 보상금을 받아 새로운 공장을 지었지만, 새로운 공장 건물 일부의 사용승인 이전에 실제 사용이 이루어진 시점을 두고 취득세 감면 요건 충족 여부에 대해 회사와 지방자치단체 간의 이견이 발생했습니다. 회사는 사용승인 전 사실상 사용이 있었으므로 취득세 감면 대상이라고 주장했고, 지방자치단체는 사용승인일을 기준으로 감면을 거부하며 세금을 부과하여 소송이 진행되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 대체 건물의 취득 시점을 언제로 볼 것인지입니다. 지방세특례제한법상 취득세 감면 요건인 '마지막 보상금 수령일로부터 1년 이내 취득' 여부가 문제 되었으며, 특히 사용승인 이전에 건물을 사실상 사용한 경우에도 취득으로 볼 수 있는지 여부가 중요한 판단 기준이었습니다. 또한, 가산금 부과처분이 행정소송의 대상이 되는지에 대한 법리적 검토도 이루어졌습니다.

법원의 판단

1. 이 사건 소 중 취득세 가산금 1,577,120원, 지방교육세 가산금 90,110원, 농어촌특별세 가산금 112,160원 부과처분의 취소를 구하는 부분은 각하한다.
2. 피고가 2023년 7월 5일 원고에 대하여 한 취득세 52,570,820원, 지방교육세 3,003,880원, 농어촌특별세 3,754,710원(각 가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지 90%는 피고가 부담한다.

결론

법원은 먼저 가산금 부과처분 취소 청구에 대해 각하 판결을 내렸습니다. 지방세징수법상 가산금은 납부기한까지 지방세가 납부되지 않을 경우 당연히 발생하는 지연이자의 성격을 가지며, 과세관청의 별도 확정 절차 없이 법 규정에 의해 발생하고 그 액수도 확정되므로, 과세관청이 가산금의 납부를 독촉하는 등 이를 확정하는 행위를 하지 않았다면 가산금 부과처분은 존재하지 않는 처분 또는 항고소송의 대상이 되지 않는 처분에 해당한다고 보았습니다.

취득세 등 부과처분 취소 청구에 대해서는 원고의 손을 들어주며 취소 판결을 내렸습니다. 지방세특례제한법 제73조 제1항에 따라 공익사업으로 부동산이 수용된 사람이 마지막 보상금을 받은 날부터 1년 이내에 대체 부동산을 취득하면 취득세가 면제됩니다. 또한, 지방세법 시행령 제20조 제6항은 건축물 취득 시기를 사용승인일과 사실상의 사용일 중 빠른 날로 규정하며, 건축물 전체 사용승인 이전에 일부분만 먼저 사실상 사용한 경우 그 부분에 한하여 취득세 납세의무가 성립한다고 보았습니다.

법원은 주식회사 A의 대체 공장 건물 5개동 중 2, 4, 5동은 2022년 11월경 이미 내외부 공사가 마무리되었고 기계 설비 이전 설치 후 실제 생산 공장을 가동하며 직원이 사무실과 기숙사를 사용한 사실이 입증된다고 판단했습니다. 이에 따라 2, 4, 5동은 마지막 보상금 수령일인 2021년 12월 27일로부터 1년 이내인 2022년 11월경에 사실상 취득이 이루어졌으므로 취득세 감면 대상에 해당한다고 보았습니다. 반면, 1, 3동은 사용승인 전 사실상 사용을 입증할 객관적인 자료가 없어 사용승인일인 2023년 2월 7일에 취득된 것으로 보았습니다. 하지만 법원은 제출된 자료만으로는 감면 대상인 2, 4, 5동과 감면 비대상인 1, 3동을 구분하여 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없었으므로, 피고의 취득세 등 부과처분 전부를 취소하는 것이 타당하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 지방세특례제한법 제73조 제1항: 이 조항은 공익사업의 시행으로 인해 부동산이 매수, 수용 또는 철거된 사람이 대체 부동산에 대한 건축허가를 받고 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체 부동산을 취득했을 때 취득세를 면제해주는 규정입니다. 이는 공익사업으로 인한 개인이나 기업의 손실을 보전하고 대체 자산 취득을 지원하여 재산권 보호를 목적으로 합니다.

2. 지방세법 시행령 제20조 제6항: 건축물을 건축하여 취득하는 경우 취득세 과세대상이 되는 취득 시기는 '사용승인서를 내주는 날' 또는 '사실상의 사용일 중 빠른 날'로 정해져 있습니다. 만약 사용승인서를 받을 수 없는 건축물이라면 '사실상 사용이 가능한 날'이 취득일이 됩니다. 또한, 전체 건축물에 대한 사용승인을 받기 이전에 일부분만을 먼저 사실상 사용한 경우에는 그 부분에 한하여 이를 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무가 성립합니다. 이 판례에서는 원고의 대체 건물 중 2, 4, 5동이 사용승인 전에 이미 기계설비를 이전하여 공장을 가동하고 직원이 사무실 및 기숙사를 사용한 사실이 인정되어, 마지막 보상금 수령일로부터 1년 이내에 사실상 취득한 것으로 판단되어 취득세 감면 대상에 해당했습니다.

3. 구 지방세징수법(2020. 12. 29. 법률 제17770호로 개정되기 전의 것) 제30조 및 지방세징수법 부칙 제4조: 이 법규정에 따른 가산금은 지방세가 납부기한까지 납부되지 않는 경우 미납분에 대한 지연이자의 의미로 부과되는 부대세의 일종입니다. 이는 과세권자의 가산금 확정절차 없이 법 규정에 따라 당연히 발생하고 그 액수도 확정됩니다. 따라서 과세관청이 가산금의 납부를 독촉하는 등 이를 확정하는 행위를 하지 않았다면, 가산금 부과처분은 존재하지 않는 처분 또는 행정소송의 대상이 되지 않는 처분으로 보아 취소를 구하는 소송은 부적법합니다. 본 판결에서 피고가 가산금의 납부를 독촉하는 행위를 하지 않았으므로, 원고의 가산금 부과처분 취소 청구는 각하되었습니다.

4. 과세처분 취소소송의 범위에 대한 법리: 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 경우 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소해야 합니다. 그러나 본 판결의 경우와 같이 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없는 경우에는, 법원이 과세처분 전부를 취소할 수 있습니다.

참고 사항

공익사업으로 인해 부동산이 수용되어 대체 부동산을 취득할 경우, 취득세 감면 요건을 꼼꼼히 확인해야 합니다. 특히 '마지막 보상금 수령일로부터 1년 이내 취득'이라는 기한을 준수하는 것이 중요합니다.

건물을 건축하여 취득하는 경우, 취득 시점은 사용승인일과 사실상의 사용일 중 빠른 날이므로, 사용승인 이전에 건물의 전부 또는 일부를 실제 사용했다면 그 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙 자료를 철저히 확보해야 합니다. 이는 사진, 공사대금 지급 내역, 전기요금 납부 내역, 근로자 근무 기록, 원자재 구입 내역, 기계 설비 이전 설치 기록 등이 될 수 있습니다.

건물 전체가 아닌 일부 건물만을 먼저 사실상 사용했더라도, 그 부분에 한하여 취득세 납세의무가 성립하고 감면 여부가 결정될 수 있습니다. 따라서 여러 동의 건물을 신축하는 경우, 각 동별 사용 시점을 명확히 구분하여 증빙하는 것이 유리할 수 있습니다.

세금 부과처분에 포함된 가산금은 과세관청의 별도 부과처분 없이 법 규정에 따라 발생하는 경우가 많으므로, 가산금 자체에 대한 취소 소송은 부적법하게 각하될 수 있음을 유의해야 합니다.