외국인 투자기업 토지 종부세 과다 부과 환급 판결

원고인 A 주식회사와 주식회사 B는 외국인투자기업으로서 재산세 경감 혜택을 받는 토지를 소유하고 있었습니다. 피고인 대한민국 산하 세무 당국은 이 토지 중 경감 대상 부분을 종합부동산세 과세 대상에 포함시켜 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과했습니다. 원고들은 해당 과세처분이 잘못된 토지 분류로 인해 과다하게 부과된 것이라며 부당이득금 반환 소송을 제기했습니다. 법원은 재산세 경감 대상 토지는 종합부동산세 부과 시 분리과세대상으로 분류되어야 함에도 불구하고 세무 당국이 이를 잘못 분류하여 부과한 것은 중대하고 명백한 하자로 무효라고 판단했습니다. 이에 따라 피고는 원고들에게 과오납된 세액과 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 지급하라고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고들: A 주식회사와 주식회사 B - 인천 연수구 일대 토지를 소유한 법인으로, 외국인투자기업 관련 재산세 경감 혜택을 받는 토지를 보유하고 있었습니다.
• 피고: 대한민국 - 원고들에게 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 국가 기관입니다.

분쟁 상황

원고인 A 주식회사와 주식회사 B는 인천 연수구 일대에 외국인 투자기업의 사업을 위해 취득 및 보유하는 토지(이 사건 토지)를 소유하고 있었습니다. 이 토지는 구 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제2호(이 사건 경감규정)에 따라 취득세 및 재산세의 과세표준에서 일정 금액을 공제하여 재산세가 경감되는 대상이었습니다. 피고 산하 삼성세무서장 및 남대문세무서장은 이 사건 토지 중 경감규정에 해당하는 부분(이 사건 경감 부분)을 종합부동산세 과세 대상에 포함시킨 후 과세표준을 경감하는 방식으로 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하여 원고들에게 부과했습니다. 이에 원고들은 이러한 부과처분이 구 지방세법 제106조 제1항에 따른 토지 과세대상 분류 원칙에 위배되어 이 사건 경감 부분이 ‘분리과세대상’으로 분류되어야 함에도 불구하고 잘못 분류되어 과다한 세금이 부과되었다고 주장하며, 국가를 상대로 부당이득금 반환 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다.

1. 과세대상 분류의 적정성: 구 지방세법 제106조 제1항에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분이 종합부동산세 과세대상 중 ‘분리과세대상’으로 분류되어야 하는지, 아니면 ‘종합합산과세대상’ 또는 ‘별도합산과세대상’으로 분류되어야 하는지.
2. 과세처분의 무효 여부: 세무 당국의 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연 무효에 해당하는지 여부.
3. 부당이득반환 금액 산정 방식: 과오납된 세액과 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 어떤 계산 방식(유형2 대 유형4)으로 산정할 것인지.

법원의 판단

1. 피고는 원고 A 주식회사에게 393,137,565원 및 그중 ① 391,397,571원에 대하여는 2016년 2월 16일부터 2024년 11월 22일까지 연 1.6%에서 연 5%까지 변동되는 이율로 계산한 돈을, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다. ② 1,739,994원에 대하여는 2016년 2월 16일부터 2024년 11월 22일까지 연 1.2%에서 연 5%까지 변동되는 이율로 계산한 돈을, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다.
2. 피고는 원고 주식회사 B에게 3,690,525,060원 및 그중 ① 3,688,785,073원에 대하여는 2016년 2월 16일부터 2024년 11월 22일까지 연 1.6%에서 연 5%까지 변동되는 이율로 계산한 돈을, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다. ② 1,739,987원에 대하여는 2016년 2월 16일부터 2024년 11월 22일까지 연 1.2%에서 연 5%까지 변동되는 이율로 계산한 돈을, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라고 판결했습니다.
3. 원고들의 나머지 청구는 모두 기각되었습니다.
4. 소송비용 중 35%는 원고들이, 65%는 피고가 각각 부담하도록 했습니다.
5. 제1항은 가집행할 수 있습니다.

결론

법원은 구 지방세법 제106조 제1항의 규정 내용과 구조를 면밀히 검토하여, 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분은 ‘종합합산과세대상’이나 ‘별도합산과세대상’이 아닌 ‘분리과세대상’으로 분류되어야 한다고 판단했습니다. 이에 따라 세무 당국이 이 부분을 종합부동산세 과세 대상에 포함시켜 세금을 부과한 것은 그 위법이 중대하고 명백하여 당연 무효인 과세처분에 해당한다고 보았습니다. 또한, 농어촌특별세 역시 종합부동산세를 과세표준으로 산출되므로, 종합부동산세 부과처분의 위법이 중대하고 명백한 이상 농어촌특별세 부과처분도 마찬가지로 위법하다고 판단했습니다. 따라서 피고(대한민국)는 원고들이 잘못 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세에 대해 부당이득 반환 의무가 있으며, 국세기본법상의 환급가산금과 소송촉진 등에 관한 특례법에 따른 지연손해금을 가산하여 지급해야 한다고 결론 내렸습니다. 반환 금액 산정은 ‘과세대상 구분 후 과세표준에 경감률을 적용하여 과세표준에서 공제 후 세액을 산출하는 방식(유형2 계산방식)’이 타당하다고 판단했습니다.

연관 법령 및 법리

1. 구 지방세법 제106조 제1항: 토지에 대한 재산세 과세대상을 ‘종합합산과세대상’, ‘별도합산과세대상’, ‘분리과세대상’으로 구분하며, 특히 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있습니다. 본 판결은 이 규정의 문언상 해당 토지가 ‘분리과세대상’으로 간주되어야 한다고 판단했습니다.
2. 구 종합부동산세법 제11조: 종합부동산세의 과세대상을 ‘종합합산과세대상 토지’와 ‘별도합산과세대상 토지’로 한정하고 있습니다. 따라서 ‘분리과세대상’으로 분류되는 토지는 종합부동산세 과세대상에서 제외됩니다.
3. 조세특례제한법(구 법률 제13372호 개정 전): 외국인투자기업이 사업을 위해 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세의 과세표준을 일정 금액 공제하도록 하여 세금을 경감해주는 규정을 포함하고 있습니다.
4. 지방세특례제한법 제179조(세액 경감 방법): 토지에 대한 재산세 경감 규정이 있는 경우, 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 공제하여 세액을 경감하도록 규정합니다. 이는 단순히 세액을 경감하는 것이 아니라, 과세표준을 먼저 공제하는 방식으로 세금을 산정해야 함을 의미합니다.
5. 국세기본법 제52조 제1항 및 국세기본법 시행령 제43조의3, 시행규칙 제19조의3: 국세환급금에 대한 환급가산금 지급 규정을 포함하며, 이는 부당이득에 대한 법정이자 성격을 가집니다.
6. 민법 제748조(부당이득 반환 범위): 부당이득 반환 의무에 대한 일반적인 규정으로, 조세환급가산금 규정은 이의 특칙으로 적용됩니다.
7. 소송촉진 등에 관한 특례법: 소송 지연에 따른 지연손해금 이율을 규정하여, 이행청구일 다음 날부터는 법정 지연손해금을 적용합니다 (본 판결에서는 판결 선고일까지는 민법 연 5%, 그 다음날부터 연 12%).
8. 조세법률주의 원칙: 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석해야 하며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다는 원칙입니다.
9. 과세처분 무효의 중대ㆍ명백한 하자 법리: 과세처분이 당연 무효가 되려면 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백해야 합니다. 법원이 명확히 밝힌 법리임에도 불구하고 과세관청이 이를 잘못 적용했다면 하자가 중대하고 명백한 것으로 봅니다. 이 사건에서는 재산세 감면 토지를 분리과세대상으로 보지 않은 과세처분의 하자가 중대·명백하다고 판단되었습니다.

참고 사항

1. 세금 감면 혜택 토지의 정확한 과세대상 분류 확인: 특정 법령(예: 조세특례제한법)에 따라 재산세 감면 혜택을 받는 토지의 경우, 종합부동산세 부과 시 해당 토지가 ‘분리과세대상’으로 제대로 분류되었는지 반드시 확인해야 합니다.
2. 과세처분 통지서 면밀히 검토: 세무 당국으로부터 받은 과세처분 통지서의 토지 분류 및 세액 산정 기준을 꼼꼼히 확인하고, 법령에 따른 감면 규정이 올바르게 적용되었는지 따져봐야 합니다.
3. 재산세와 종합부동산세 간의 연관성 이해: 재산세 경감 토지가 종합부동산세 과세 대상에서 어떻게 제외되는지, 또는 과세표준 산정에 어떤 영향을 미치는지 등 두 세금 간의 관계를 이해하는 것이 중요합니다.
4. 과다 납부 의심 시 이의 제기 절차 확인: 만약 세금 과다 부과가 의심된다면, 부과처분 당시의 법령 해석과 대법원 판례를 참고하여 이의 신청이나 심사청구 등 불복 절차를 진행할 수 있는지 확인해야 합니다.
5. 법령 개정 사항 주시: 관련 세법(지방세법, 종합부동산세법, 조세특례제한법 등)은 수시로 개정될 수 있으므로, 현재 적용되는 법령과 개정된 법령의 내용 및 시행 시기를 정확히 파악해야 합니다.
6. 납부한 세금의 반환 범위 이해: 과오납 세금을 돌려받을 때, 납부한 원금 외에 국세환급가산금 및 지연손해금이 언제부터 어떤 이율로 가산되는지 알아두면 도움이 됩니다.